Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ATRNL1_0004100
Sequence Length
2336 nt
GC Content
0.3831
GUUAACAGAACCUUCUGGAUAUUUAACAGAUGGCCCAAUUAACUAUAAAUAUAAAACUAAAUGUACUUGGCUCAUUGAAGGCUAUCCAAAUGCAGUGUUAAGAUUAAGAUUCAAUCAUUUUGCUACAGAAUGUAGCUGGGAUCAUAUGUAUGUUUAUGAUGGAGAUUCAAUAUAUGCACCUUUAAUAGCUGUACUUAGUGGUUUGAUAGUCCCUGAAAUAAGGGGCAAUGAAACUGUGCCUGAAGUUGUUACUACAUCUGGCUAUGCACUGUUACAUUUUUUUAGUGAUGCUGCGUAUAAUCUAACUGGUUUCAACAUUUUCUAUUCAAUCAAUUCUUGUCCUAACAAUUGCUCUGGUCAUGGGAAGUGUACAACUAGUGUCUCUGUUCCAAGUCAAGUAUAUUGUGAAUGUGAUAAAUACUGGAAGGGUGAAGCUUGUGAUAUUCCUUACUGUAAAGCCAAUUGCGGCAGUCCAGAUCACGGUUACUGUGACCUGACUGGAGAAAAAUUAUGUGUCUGCAAUGAUAGUUGGCAAGGUCCUGAUUGUUCUUUGAAUGUUCCCUCUACUGAGUCUUACUGGAUUCUGCCAAACGUUAAACCCUUCAGUCCUUCUGUAGGUCGGGCUUCACAUAAAGCAGUUUUACACGGGAAAUUUAUGUGGGUGAUUGGUGGAUAUACUUUUAACUACAGUUCUUUUCAAAUGGUCCUAAAUUACAAUUUAGAAAGCAGUAUAUGGAAUGUAGGAACUCCAUCAAGGGGACCUCUCCAGAGAUAUGGACACUCUCUUGCUUUAUAUCAGGAAAACAUCUUUAUGUAUGGAGGCAGAAUUGAAACAAAUGAUGGCAAUGUCACAGAUGAAUUAUGGGUUUUUAACAUACAUAGUCAGUCAUGGAGUACAAAAACUCCUACUGUUCUUGGACAUGGUCAGCAGUAUGCUGUGGAGGGACAUUCAGCACAUAUUAUGGAGUUGGAUAGUAGAGAUGUUGUCAUGAUCAUAAUAUUUGGAUAUUCUGCAAUAUAUGGUUAUACAAGCAGCAUACAGGAAUACCAUAUCUCAUCAAACACUUGGCUUGUUCCAGAAACUAAAGGAGCUAUUGUACAAGGUGGAUAUGGCCAUACUAGUGUGUAUGAUGAAAUAACAAAGUCCAUUUAUGUUCAUGGAGGGUAUAAAGCAUUGCCAGGGAACAAAUAUGGAUUGGUUGAUGAUCUUUAUAAAUAUGAAGUUAACACUAAGACUUGGACUAUUUUGAAAGAAAGUGGGUUUGCCAGAUACCUUCAUUCAGCUGUUCUUAUCAAUGGAGCUAUGCUUAUUUUUGGAGGAAAUACCCAUAAUGACACUUCCUUGAGUAACGGUGCAAAAUGUUUUUCUGCCGAUUUCCUGGCAUAUGACAUAGCUUGUGAUGAAUGGAAAAUACUACCAAAACCAAAUCUUCAUAGAGAUGUCAACAGAUUUGGACACUCUGCAGUAGUCAUUAACGGGUCCAUGUAUAUAUUUGGGGGAUUUUCUAGUGUACUCCUUAAUGAUAUCCUUGUAUACAAGCCUCCAAAUUGCAAGGCUUUCAGAGAUGAAGAACUUUGUAAAAAUGCUGGUCCAGGGAUAAAAUGUGUUUGGAAUAAAAAUCACUGUGAAUCUUGGGAAUCUGGGAAUACUAAUAAUAUUCUUAGAGCAAAGUGCCCUCCUAAAACAGCUGCUUCUGAUGACAGAUGUUACAGAUAUGCAGAUUGUGCCAGCUGUACUGCCAAUACAAAUGGGUGCCAAUGGUGUGAUGACAAGAAAUGCAUUUCGGCAAAUAGUAACUGCAGUAUGUCUGUCAAGAACUACACCAAAUGUCAUGUGAGAAAUGAGCAGAUUUGUAACAAACUUACCAGCUGUAAAAGCUGUUCACUAAACUUGAAUUGCCAGUGGGAUCAGAGACAGCAAGAAUGCCAGGCUUUACCAGCUCAUCUUUGUGGAGAAGGAUGGAGUCAUAUUGGGGAUGCUUGUCUUAGAGUCAAUUCCAGUAGAGAAAACUAUGACAAUGCAAAACUUUAUUGCUAUAAUCUUAGUGGAAAUCUUGCUUCAUUAACAACCUCAAAAGAAGUAGAAUUUGUUCUGGAUGAAAUACAGAAGUAUACACAACAGAAAGUAUCACCUUGGGUAGGCUUGCGCAAGAUCAAUAUAUCCUAUUGGGGAUGGGAAGACAUGUCUCCUUUUACAAACACAACACUACAGUGGCUUCCUGGCGAACCCAAUGAUUCUGGGUUUUGUGCAUAUCUGGAAAGGGCUGCAGUGGCAGGCUUAAAAGCUAAUCCUUGUACAUCUAUGGCAAAUGGCCUUGUCUGUGAAAAACCUGUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-602.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -649.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 699.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.....)))(..(.((.......((((((((((..(((..(((((.............((((((((((((..((..(((((..(((..((((((...........(((((.(((.((((.((((((((((.((((((.......(((((((...(((.......)))..)))))))....((((((((((((.....(((((.((.((((((......)))))).)).)))))))))....)))))))).....((((((((((((.((((((.........)))))).)))))).......(((((((...(((((((((((...((((....((((....))))......)))).)))))))))))..)))))))((((((((((((..((((((.....((((((((.((((((.(((....((((.((.((.(((((..(..(((((((..(((......)))..(((((.(((.(((((...))))))))))))).........(((((..(((...(((((((((....(((((..(((...((((((((.((((((((..(((..((((((((((((((.........((((.....((((..((((((....((((......))))...)))))).)))).........))))..((((((((...........(((((.((((.......((.(.((((((....))))))..).))......)))))))))....))))))))((((....))))(((((.........)))))..((.(((((.((((.....)))).))))).)).)))))))))...........((((.(((((.(((((..((((((.............))))))..)))..(((((......))))).........))))))).)))).))))).))))))))))))))))))).)))((((((........))))))...(((((((.(((((((((.((((((((...)))).)))))))))))))....))))))).)))))...(((((((.((((..(((..((((((.((..........)).)))))).)))....))))))))))).(((((......)))))(((((((((..........)))).)))))(((((((((...((.((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((((..((((((.(((((........))))).)..)))))..))))....(((..(((..((.....((((((((((((((....((((.((((...((.(((((..(((.(......)))).))))))).))))))))..))))))((((.(((((....(((((......)))))...)))))...))))..)))))))).....))..)))..)))........(((((.((((..........))))))))).....))))))))).)))))))))....(((((((((.....((.((((((.................)))))).)))))))))))(((((((.(((((....)))))..)))))))..........((((((.(((...))).))))))...........)))...)))))).))((((((((((.......))))))))))))...)))))))))....((((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))))))))))))..)))..)))))......((((...(((((.((........)))))))..)))).........))))))).)..))))).)).)).)))).....((((.......)))).))))))))).))).......(((((.....))))))))))...))))))........))))).))))))).........)))))).....))))))))).))))))))))).))).))))).((((((((.(((((......))).)).))))))))......((((.((..((((((.......)))).))..)).))))..((((.(((((((................))))))).)))).(((((......((((....))))......))))).......((((...((((..(((((((((((.....(((..((((((..(((((((.(((...........................))).))))))).....)))))))))....)))))))))))..))))..)))))))))).)))..))))).)))))))).....)))))).)))))..)))))))..))))))......)).)..)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.....)))(..(.((...(({.((((((((((..,((..(((((.............((((((,,((({,,((,.{((((.,(((..((((((.{{,{{{{{,,((((({{((,{{,.((((((...|))))),,{,((((((...,....}))}}},.....||,.{((((.((((((((((((((.{..{(((((((((.((.((((((......)))))).)).)))))..(((.({,({,,,....}),}).)))((((((.{(((((.........)))))}.)))))).......(((((((...(((((((((((,{{,.(({{,.{(({....)}))}})...)))..)))))))))))..))))))),,.((((...((((((((((...,,(((((((({.,,....(((....,{({..({{((((,(({{{{{((((((...((({{{{{{||{{{(((((.(((.(((({...)))))))))))))..........,,,,}}||,.,}.|}}}}|||.{{.(((((({(((...{(((((({{((((((((..(((..((((((((((((((....,,....,(({.{((.,,..}}}.}))...}||{{((((((({...,({{{....,,}}..))))))))}},..{(((((((...........(((({.((((.......((.{.((((((....))))))..,.))......)))))))))....)))))))}((((,...,|||(,,{{,,,|||...}}}}}|,,{.{{{{{,{|||.....)))},))))},)),)))))))))...........((((.(((((.{(((,..((((((..,..........)))))){{{|,..(((((......))))).}}}}.,},,}))))).)))).))))).))))))))))))))))))).}}}.}}}}.))).)}..))))))}.}|||||||,(((((((({,(((((({{...}})}.)))))))))))))}}}}))}})}}.})),,.,,.)}))|,}))||,...})))))))))...)))}.}))}).,.))))))))...)))))).)))))..(((((......)))))......,,,{..{((((((.,.(((((.{((,,((({....||..},))|..))))).,.})))))}.}}}||{,,{((((..{{{{{|.(((((........))))).}..}}}}}..}}})}..,{(((((((((((...{{,,(({({{({.(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....{(((.((((((((((.{...((((....((.((({.(((,....(((((......)))))..,(((((..({{((((.((.(((...............)))..)).))))))..))))))}))..)))).)))))).}.))).)))))))..)))).,.{(((((((,,.((((({{......{.{,.,.}}}....,},,},}}}))))))),,))))))))..))).)))}}}))..)))))))))).}}},...}}}),,))|(((((.((,...}||,}||}},.....,.,|||{{|,..,,||{|{{.((((((((((.......)))))))))){{,...))),,)))}},.{{{(((({,((((,({{{...,||||||||,.,||}}.|||||{||,||{{{.|||..,}})}..}|}|||}|,.(((((((.((((,,((..((({.,.,.{,.....).,,.)))).....))))))).....))))))}..,,{|||,,,,,..})},))).,}})))}})}..,,,.,(((((.....)))))||||,....,.}}},,,.,,||||||||}}}}},}}||..,..{((({(({{{..({||{((((((({......)))))),))))|.,,,{(((({(((((..,...}}}.}}.|||||}||{,{,..,{((,({,,{{({{{.....,,)))},}}..)),))}),,|{,(,{((((((................))))))),,}}}.{((((..,,..{(((....))))......))))},}}}},.}|||}).,)}})))),})},,.||.....|||||}}}})|))}{(({{({....)))))}.............,,.,}}})))},,..)))))))))))),}}}},,}})))))))}}}},,}})}},.,}})))})),)))..}||}}...)))),,..,..)))))).)))))..)}}))))..)))))),}),..)).)..)
Back