Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATRNL1_0005800

Sequence Length

1231 nt

GC Content

0.3721

AACCUUCUGGAUAUUUAACAGAUGGCCCAAUUAACUAUAAAUAUAAAACUAAAUGUACUUGGCUCAUUGAAGGCUAUCCAAAUGCAGUGUUAAGAUUAAGAUUCAAUCAUUUUGCUACAGAAUGUAGCUGGGAUCAUAUGUAUGUUUAUGAUGGAGAUUCAAUAUAUGCACCUUUAAUAGCUGUACUUAGUGGUUUGAUAGUCCCUGAAAUAAGGGGCAAUGAAACUGUGCCUGAAGUUGUUACUACAUCUGGCUAUGCACUGUUACAUUUUUUUAGUGAUGCUGCGUAUAAUCUAACUGGUUUCAACAUUUUCUAUUCAAUCAAUUCUUGUCCUAACAAUUGCUCUGGUCAUGGGAAGUGUACAACUAGUGUCUCUGUUCCAAGUCAAGUAUAUUGUGAAUGUGAUAAAUACUGGAAGGGUGAAGCUUGUGAUAUUCCUUACUGUAAAGCCAAUUGCGGCAGUCCAGAUCACGGUUACUGUGACCUGACUGGAGAAAAAUUAUGUGUCUGCAAUGAUAGUUGGCAAGGUCCUGAUUGUUCUUUGAAUGUUCCCUCUACUGAGUCUUACUGGAUUCUGCCAAACGUUAAACCCUUCAGUCCUUCUGUAGGUCGGGCUUCACAUAAAGCAGUUUUACACGGGAAAUUUAUGUGGGUGAUUGGUGGAUAUACUUUUAACUACAGUUCUUUUCAAAUGGUCCUAAAUUACAAUUUAGAAAGCAGUAUAUGGAAUGUAGGAACUCCAUCAAGGGGACCUCUCCAGAGAUAUGGACACUCUCUUGCUUUAUAUCAGGAAAACAUCUUUAUGUAUGGAGGCAGAAUUGAAACAAAUGAUGGCAAUGUCACAGAUGAAUUAUGGGUUUUUAACAUACAUAGUCAGUCAUGGAGUACAAAAACUCCUACUGUUCUUGGACAUGGUCAGCAGUAUGCUGUGGAGGGACAUUCAGCACAUAUUAUGGAGUUGGAUAGUAGAGAUGUUGUCAUGAUCAUAAUAUUUGGAUAUUCUGCAAUAUAUGGUUAUACAAGCAGCAUACAGGAAUACCAUAUCUCAUCAAACACUUGGCUUGUUCCAGAAACUAAAGGAGCUAUUGUACAAGGUGGAUAUGGCCAUACUAGUGUGUAUGAUGAAAUAACAAAGUCCAUUUAUGUUCAUGGAGGGUAUAAAGCAUUGCCAGGGAACAAAUAUGGAUUGGUUGAUGAUCUUUAUAAAUAUGAAGUUAACACUAAGACUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-309.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -333.72

Frequency: 0.0000

Diversity: 292.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((....))..........(((((((((((...(((...((((........))))...)))...))))..))))))).......((((((((......(((((.........((((((...))))))..))))).....(((((((((((.(((...(((((((((.((((((((((((((.(..((((((((((.((.((((((......)))))).)).)))))..(((.((.((.......)).)).)))((((((.((((((.........)))))).)))))).......(((((((...(((((((((((...((((....((((....))))......)))).)))))))))))..)))))))...((((...((((((((((.....(((((((((.((....(((.....(((..((((((((((.((.(((((((...(((((((((((((((((((.(((.(((((...)))))))))))))..............))))..)).)))))))).((.((((((((((...((((((((.((((((((..(((..((((((((((((((.........((((.....((((..((((((....((((......))))...)))))).)))).........))))..((((((((...........(((((.((((.......((.(.((((((....))))))..).))......)))))))))....))))))))((((....))))(((((.........)))))..((.(((((.((((.....)))).))))).)).)))))))))...........((((.(((((.(((((..((((((.............))))))..)))..(((((......))))).........))))))).)))).))))).))))))))))))))))))).))).)))).))).))..))))))).))...))))(((((((((.((((((((...)))).)))))))))))))))))))..))).)))...)).))))).)))).....))))))))))...)))).))))).).))))))))...)))))).))))...(((((......)))))............(((((((...(((((......((((........))))...)))))...))))))).)))))...))))))))))))))...))))))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.{(.{{{||,,.,{,,.{,(((((((((((...(({...{(((........})))...))).,.))))..))))))).......{{||||{|,,{{,,{{{|({{{{.....((((({...}))))).,}}||{,{{..,{{,,,|||||,{{{,.,{{{,(((((.((((((((((((((.{..((((((((((.((.((((((......)))))).)).)))))..(((.((,({,,.....)),)).)))((((((.{(((((.........)))))}.)))))).......(((((((...(((((((((((,{{,.(({{,.{(({....)}))}})...)))..)))))))))))..)))))))...((((...((((((((((...{{((({{(({(.{|....{{{....,(({..(({((((,(({({{({(((((...((((((((({(((((((((.(((.(((({...)))))))))))))..............))))..}}.)))))))).((.((((((((((...((((((({{((((((((..(((..((((((((((((((....,,....,(({.{((.,,..}}}.}))...}||{{((((((({...,({{{....,,}}..))))))))}},..{(((((((...........(((({.((((.......((.{.((((((....))))))..,.))......)))))))))....)))))))}((((,...,|||(,,{{,,,|||...}}}}}|,,{.{{{{{,{|||.....)))},))))},)),)))))))))...........((((.(((((.{(((,..((((((..,..........)))))){{{|,..(((((......))))).}}}}.,},,}))))).)))).))))).))))))))))))))))))).))).)))).))).))..))))))}.}}||||||,(((((((({,(((({(({...}))}.)))))))))))))}}}})),}))}.))),,,}}.))))}.)))}},...))))))))))...)))).))))).}.))))))))...)))))).))))}..(((((......))))).........,..(((((((...(((((.{{{..{((,....,}..},))}..)))))...))))))),))))}.,})))}}}},,,,}))||||}},}}}}..},,))}