Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ATRNL1_0007700
Sequence Length
616 nt
GC Content
0.3750
UGAUGCUGCGUAUAAUCUAACUGGUUUCAACAUUUUCUAUUCAAUGUAGAAAUUGGUAACCAGAGAAUUUUUCACCAGAAAUAUUAUAAAUAUCCUUGAAUCAGCAAUUUAUUAUGGAAUUUAUUUAUCCUACAACGUAUCCAAAAUCAAUUCUUGUCCUAACAAUUGCUCUGGUCAUGGGAAGUGUACAACUAGUGUCUCUGUUCCAAGUCAAGUAUAUUGUGAAUGUGAUAAAUACUGGAAGGGUGAAGCUUGUGAUAUUCCUUACUGUAAAGCCAAUUGCGGCAGUCCAGAUCACGGUUACUGUGACCUGACUGGAGAAAAAUUAUGUGUCUGCAAUGAUAGUUGGCAAGGUCCUGAUUGUUCUUUGAAUGUUCCCUCUACUGAGUCUUACUGGAUUCUGCCAAACGUUAAACCCUUCAGUCCUUCUGUAGGUCGGGCUUCACAUAAAGCAGUUUUACACGGGAAAUUUAUGUGGGUGAUUGGUGGAUAUACUUUUAACUACAGUUCUUUUCAAAUGGUCCUAAAUUACAAUUUAGAAAGCAGUAUAUGGAAUGUAGGAACUCCAUCAAGGGGACCUCUCCAGAGAUAUGGACACUCUCUUGCUUUAUAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-132.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -146.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 219.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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