Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ATRNL1_0013800
Sequence Length
1446 nt
GC Content
0.3983
AAACUAAAGGAGCUAUUGUACAAGGUGGAUAUGGCCAUACUAGUGUGUAUGAUGAAAUAACAAAGUCCAUUUAUGUUCAUGGAGGGUAUAAAGCAUUGCCAGGGAACAAAUAUGGAUUGGUUGAUGAUCUUUAUAAAUAUGAAGUUAACACUAAGACUUGGACUAUUUUGAAAGAAAGUGGGUUUGCCAGAUACCUUCAUUCAGCUGUUCUUAUCAAUGGAGCUAUGCUUAUUUUUGGAGGAAAUACCCAUAAUGACACUUCCUUGAGUAACGGUGCAAAAUGUUUUUCUGCCGAUUUCCUGGCAUAUGACAUAGCUUGUGAUGAAUGGAAAAUACUACCAAAACCAAAUCUUCAUAGAGAUGUCAACAGAUUUGGACACUCUGCAGUAGUCAUUAACGGGUCCAUGUAUAUAUUUGGGGGAUUUUCUAGUGUACUCCUUAAUGAUAUCCUUGUAUACAAGCCUCCAAAUUGCAAGGCUUUCAGAGAUGAAGAACUUUGUAAAAAUGCUGGUCCAGGGAUAAAAUGUGUUUGGAAUAAAAAUCACUGUGAAUCUUGGGAAUCUGGGAAUACUAAUAAUAUUCUUAGAGCAAAGUGCCCUCCUAAAACAGCUGCUUCUGAUGACAGAUGUUACAGAUAUGCAGAUUGUGCCAGCUGUACUGCCAAUACAAAUGGGUGCCAAUGGUGUGAUGACAAGAAAUGCAUUUCGGCAAAUAGUAACUGCAGUAUGUCUGUCAAGAACUACACCAAAUGUCAUGUGAGAAAUGAGCAGAUUUGUAACAAACUUACCAGCUGUAAAAGCUGUUCACUAAACUUGAAUUGCCAGUGGGAUCAGAGACAGCAAGAAUGCCAGGCUUUACCAGCUCAUCUUUGUGGAGAAGGAUGGAGUCAUAUUGGGGAUGCUUGUCUUAGAGUCAAUUCCAGUAGAGAAAACUAUGACAAUGCAAAACUUUAUUGCUAUAAUCUUAGUGGAAAUCUUGCUUCAUUAACAACCUCAAAAGAAGUAGAAUUUGUUCUGGAUGAAAUACAGAAGUAUACACAACAGAAAGUAUCACCUUGGGUAGGCUUGCGCAAGAUCAAUAUAUCCUAUUGGGGAUGGGAAGACAUGUCUCCUUUUACAAACACAACACUACAGUGGCUUCCUGGCGAACCCAAUGAUUCUGGGUUUUGUGCAUAUCUGGAAAGGGCUGCAGUGGCAGGCUUAAAAGCUAAUCCUUGUACAUCUAUGGCAAAUGGCCUUGUCUGUGAAAAACCUGUUGUUAGUCCAAAUCAAAAUGCGAGGCCGUGCAAAAAGCCAUGCUCUCUGAGGACAUCAUGUUCCAACUGUACAAGCAAUGGCAUGGAGUGUAUGUGGUGCAGCAGUACGAAACGAUGUGUUGACUCUAAUGCCUAUAUCAUCUCUUUUCCAUAUGGACAAUGUCUAGAGUGGCAAACUGCCACCUGCUCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-379.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -409.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 274.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((..(((((((.(.((((((((..(((((......))))).....................((((((.((((((((((...((.((((((.(((....(((.(((((((((.....(((((..((((((.(((((........))))).)..)))))..)))))...((((((((((((...((..(((((((..(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....((((.((((((((((.(...((((....((.((((.(((.....(((((......)))))..((((((..((.((((.((.(((...............)))..)).))))))..)))))))))..)))).)))))).).))).)))))))..))))...((((((((.....(((((..((................)).)))))))))))))..))))))))..))).))).))))..)))).))))).)))....))))..))((((((.(((...))).)))))).......((((((((....((((((.((((((((((.......))))))))))(((...)))..)))))).((((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))).(((..((((.......))))..)))(((.((.(((((((.(((((.((..((((.(((........).)).)))).....))))))).....)))))))..)).)))(((((......(((....)))......)))))(((((.....))))).(((.......)))(((.((((((((((..((....(((((..(((((((...(((..((((((((((......)))))).))))..((((((((.(((((......))).)).))))))))......((((.((..((((((.......)))).))..)).))))..((((.(((((((................))))))).)))).(((((......((((....))))......))))).)))...)))..))))..)))))......)).....)))))))))).)))((((.((....))))))................))))))))....))))))))))))....((((((((.........))))))))(((.((((....)))).)))...))))))))).)))...))).))))))((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)).)))))))))).)))))))))).)))).))))))))...((((...((((((.((((((.(((..((.....(((.....)))....))..))))))))))).))))...)))).(((((...)))))..((((((...))))))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
........(((((..(((((({,(.((((((((..(((((......))))).,,..................{(((((.((((((((((...{{.((((((.(((....{{{.(((((((((..,..(((((..((((((.(((((........))))).}..)))))..)))))...{(((((((((((...((..(({({{({.(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....((((.((((((((((.,...((((....((.((((.(((,....(((((......)))))..{(((((..({{((((.((.(((...............)))..)).))))))..)))))))))..)))).)))))).}.))).)))))))..))))...{(((((((...{((((((.....,,.|..,,})).,,.}},,)}}}))))))))..))))))))..))).))))}}))..))))}})))).,,}....))))..))|(((((.((,...})).))))),.......,({{{(({....{(((((.((((((((((.......))))))))))(({...}))..)))))}.,,,((((,,(((({(,,{...{||||||||,.{||,,.||||((({.,((((.,,,...}}}}..}})|||},,.(((((((.(((({,((..((((.,.{.,,.....),,,.)))).....))))))).....)))))))...,{{{{.......})}}))).})})))}})}.......(((((.....))))),{({.......,},|{,.{{||||||||}}}}}.}}}}..,..((((((((((..(({((((((((((......))))))}}))},.,,,,(((({(((((..,...}}}.}}.|||||}||{{{,..,{((,(,,,{{({{,.....,,)))},}}..)),))})}}||,{,{((((((................))))))),,}},.{((((..,...{(((....)))}......)))))}}}}}}.}}})))..))))))).)))...},.....|||||}}}})}))){((,,({....)))))}....,...........}))))))}....)))))))))))}....((((((((.........))))))))(((.((((....)))).)))...))))))))).)))...))).))))))((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)).)))))))))).))))))))))}}))).))))))))...((((...((((((.((((((.(((..((,.,,.{((...,}))),.,,}}..))))))))))).))))...)))).{((((...))))|{.((((({...})))))},))))).
Back