Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ATRNL1_0014400
Sequence Length
1505 nt
GC Content
0.4120
GACUAUUUUGAAAGAAAGUGGGUUUGCCAGAUACCUUCAUUCAGCUGUUCUUAUCAAUGGAGCUAUGCUUAUUUUUGGAGGAAAUACCCAUAAUGACACUUCCUUGAGUAACGGUGCAAAAUGUUUUUCUGCCGAUUUCCUGGCAUAUGACAUAGCUUGUGAUGAAUGGAAAAUACUACCAAAACCAAAUCUUCAUAGAGAUGUCAACAGAUUUGGACACUCUGCAGUAGUCAUUAACGGGUCCAUGUAUAUAUUUGGGGGAUUUUCUAGUGUACUCCUUAAUGAUAUCCUUGUAUACAAGCCUCCAAAUUGCAAGGCUUUCAGAGAUGAAGAACUUUGUAAAAAUGCUGGUCCAGGGAUAAAAUGUGUUUGGAAUAAAAAUCACUGUGAAUCUUGGGAAUCUGGGAAUACUAAUAAUAUUCUUAGAGCAAAGUGCCCUCCUAAAACAGCUGCUUCUGAUGACAGAUGUUACAGAUAUGCAGAUUGUGCCAGCUGUACUGCCAAUACAAAUGGGUGCCAAUGGUGUGAUGACAAGAAAUGCAUUUCGGCAAAUAGUAACUGCAGUAUGUCUGUCAAGAACUACACCAAAUGUCAUGUGAGAAAUGAGCAGAUUUGUAACAAACUUACCAGCUGUAAAAGCUGUUCACUAAACUUGAAUUGCCAGUGGGAUCAGAGACAGCAAGAAUGCCAGGCUUUACCAGCUCAUCUUUGUGGAGAAGGAUGGAGUCAUAUUGGGGAUGCUUGUCUUAGAGUCAAUUCCAGUAGAGAAAACUAUGACAAUGCAAAACUUUAUUGCUAUAAUCUUAGUGGAAAUCUUGCUUCAUUAACAACCUCAAAAGAAGUAGAAUUUGUUCUGGAUGAAAUACAGAAGUAUACACAACAGAAAGUAUCACCUUGGGUAGGCUUGCGCAAGAUCAAUAUAUCCUAUUGGGGAUGGGAAGACAUGUCUCCUUUUACAAACACAACACUACAGUGGCUUCCUGGCGAACCCAAUGAUUCUGGGUUUUGUGCAUAUCUGGAAAGGGCUGCAGUGGCAGGCUUAAAAGCUAAUCCUUGUACAUCUAUGGCAAAUGGCCUUGUCUGUGAAAAACCUGUUGUUAGUCCAAAUCAAAAUGCGAGGCCGUGCAAAAAGCCAUGCUCUCUGAGGACAUCAUGUUCCAACUGUACAAGCAAUGGCAUGGAGUGUAUGUGGUGCAGCAGUACGAAACGAUGUGUUGACUCUAAUGCCUAUAUCAUCUCUUUUCCAUAUGGACAAUGUCUAGAGUGGCAAACUGCCACCUGCUCCCCUCAAAAUUGUUCUGGAUUGAGAACCUGUGGACAGUGUUUGGAACAGCCUGGAUGUGGCUGGUGCAAUGAUCCUAGUAAUACAGGAAGAGGACAUUGCAUUGAAGGUUCUUCACGGGGACCAAUGAAGCUUAUUGGAAUGCACCACAGUGAGAUGGUUCUUGACACCAAUCUUUGCCCCAAAGAAAAGAACUAUGAGUGGUCCUUUAUCCAGUGUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-407.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -437.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 310.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((.......((((((((((((...((..(((((((..(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....((((.((((((((((.(...((((....((.((((.(((.....(((((......)))))..((((((..((.((((.((.(((...............)))..)).))))))..)))))))))..)))).)))))).).))).)))))))..))))...((((((((.....(((((..((................)).)))))))))))))..))))))))..))).))).))))..)))).))))).)))....))))..))((((((.(((...))).)))))).......((((((((....((((((.((((((((((.......))))))))))(((...)))..)))))).((((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))).(((..((((.......))))..)))(((.((.(((((((.(((((.((..((((.(((........).)).)))).....))))))).....)))))))..)).)))(((((......(((....)))......)))))(((((.....))))).(((.......)))(((.((((((((((..((....(((((..(((((((...(((..((((((((((......)))))).))))..((((((((.(((((......))).)).))))))))......((((.((..((((((.......)))).))..)).))))..((((.(((((((................))))))).)))).(((((......((((....))))......))))).)))...)))..))))..)))))......)).....)))))))))).)))((((.((....))))))................))))))))....)))))))))))).....((((((..((((.((((..((((((((.((((....)))).)).....((((...((((((((..((((((..((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)))))).....((.(((((...)))))))..))))))))...))))..((((((.((((((.(((..((.....(((.....)))....))..))))))))))).)))))))))))))).))))..))))))((((((...)))))).........))))))).)))((((((.((((((((.(.((......)).)..(((((.......)))))((((((((.((((..(........)..))))))))))))...))))))))...((((((((......(((((((..........)))))))(((((((((........((((((...)))))).)))))))))...))))))))........))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((((((..,....((((((((((((...((..(({({{({.(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....((((.((((((((((.,...((((....((.((((.(((,....(((((......)))))..{(((((..({{((((.((.(((...............)))..)).))))))..)))))))))..)))).)))))).}.))).)))))))..))))...{(((((((...{((((((.....,,.|..,,})).,,.}},,)}}}))))))))..))))))))..))).))))}}))..))))}})))).,,}....))))..))|(((((.((,...})).))))),.......,({{{(({....{(((((.((((((((((.......))))))))))(({...}))..)))))}.,,,((((,,(((({(,,{...{||||||||,.{||,,.||||((({.,((((.,,,...}}}}..}})|||},,.(((((((.(((({,((..((((.,.{.,,.....),,,.)))).....))))))).....)))))))...,{{{{.......})}}))).})})))}})}.......(((((.....))))),{({.......,},|{,.{{||||||||}}}}}.}}}}..,..((((((((((..(({((((((((((......))))))}}))},.,,,,(((({(((((..,...}}}.}}.|||||}||{{{,..,{((,(,,,{{({{,.....,,)))},}}..)),))})}}||,{,{((((((................))))))),,}},.{((((..,...{(((....)))}......)))))}}}}}}.}}})))..))))))).)))...},.....|||||}}}})}))){((,,({....)))))}....,...........}))))))}....)))))))))))).....((((((..((((.((((..{(((((((.((((....)))).)},....((((...((((((((..((((((..((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)))))).....{{.(((({...})))))}..))))))))...))))..((((((.((((((.(((..((,.,..,{{...,}})),,},}}..))))))))))).))))}))))))))).))))..))))))((((({...))))))....,....))))))).)))((((((,((((((((.,.{{,.....)).}..(((((.......)))))((((((((.((((..{........,..))))))))))))...})))))))}}.{(((((((......(((((((,.........)))))))(((((((((........((((((...)))))).)))))))))...)))))))}........))))))
Back