Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ATRNL1_0014500
Sequence Length
1643 nt
GC Content
0.4133
GACUAUUUUGAAAGAAAGUGGGUUUGCCAGAUACCUUCAUUCAGCUGUUCUUAUCAAUGGAGCUAUGCUUAUUUUUGGAGGAAAUACCCAUAAUGACACUUCCUUGAGUAACGGUGCAAAAUGUUUUUCUGCCGAUUUCCUGGCAUAUGACAUAGCUUGUGAUGAAUGGAAAAUACUACCAAAACCAAAUCUUCAUAGAGAUGUCAACAGAUUUGGACACUCUGCAGUAGUCAUUAACGGGUCCAUGUAUAUAUUUGGGGGAUUUUCUAGUGUACUCCUUAAUGAUAUCCUUGUAUACAAGCCUCCAAAUUGCAAGGCUUUCAGAGAUGAAGAACUUUGUAAAAAUGCUGGUCCAGGGAUAAAAUGUGUUUGGAAUAAAAAUCACUGUGAAUCUUGGGAAUCUGGGAAUACUAAUAAUAUUCUUAGAGCAAAGUGCCCUCCUAAAACAGCUGCUUCUGAUGACAGAUGUUACAGAUAUGCAGAUUGUGCCAGCUGUACUGCCAAUACAAAUGGGUGCCAAUGGUGUGAUGACAAGAAAUGCAUUUCGGCAAAUAGUAACUGCAGUAUGUCUGUCAAGAACUACACCAAAUGUCAUGUGAGAAAUGAGCAGAUUUGUAACAAACUUACCAGCUGUAAAAGCUGUUCACUAAACUUGAAUUGCCAGUGGGAUCAGAGACAGCAAGAAUGCCAGGCUUUACCAGCUCAUCUUUGUGGAGAAGGAUGGAGUCAUAUUGGGGAUGCUUGUCUUAGAGUCAAUUCCAGUAGAGAAAACUAUGACAAUGCAAAACUUUAUUGCUAUAAUCUUAGUGGAAAUCUUGCUUCAUUAACAACCUCAAAAGAAGUAGAAUUUGUUCUGGAUGAAAUACAGAAGUAUACACAACAGAAAGUAUCACCUUGGGUAGGCUUGCGCAAGAUCAAUAUAUCCUAUUGGGGAUGGGAAGACAUGUCUCCUUUUACAAACACAACACUACAGUGGCUUCCUGGCGAACCCAAUGAUUCUGGGUUUUGUGCAUAUCUGGAAAGGGCUGCAGUGGCAGGCUUAAAAGCUAAUCCUUGUACAUCUAUGGCAAAUGGCCUUGUCUGUGAAAAACCUGUUGUUAGUCCAAAUCAAAAUGCGAGGCCGUGCAAAAAGCCAUGCUCUCUGAGGACAUCAUGUUCCAACUGUACAAGCAAUGGCAUGGAGUGUAUGUGGUGCAGCAGUACGAAACGAUGUGUUGACUCUAAUGCCUAUAUCAUCUCUUUUCCAUAUGGACAAUGUCUAGAGUGGCAAACUGCCACCUGCUCCCCUCAAAAUUGUUCUGGAUUGAGAACCUGUGGACAGUGUUUGGAACAGCCUGGAUGUGGCUGGUGCAAUGAUCCUAGUAAUACAGGAAGAGGACAUUGCAUUGAAGGUUCUUCACGGGGACCAAUGAAGCUUAUUGGAAUGCACCACAGUGAGAUGGUUCUUGACACCAAUCUUUGCCCCAAAGAAAAGAACUAUGAGUGGUCCUUUAUCCAGUGUCCAGCUUGCCAGUGUAAUGGACAUAGCACUUGCAUCAAUAAUAAUGUGUGCGAACAGUGUAAAAAUCUCACCACAGGAAAGCAGUGUCAAGAUUGUAUGCCAGGUUAUUAUGGAGAUCCAACCAAUGGUGGACAGUGCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-445.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -478.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 363.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.....(((......((((((((((((...((..(((((((..(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....((((.((((((((((.(...((((....((.((((.(((.....(((((......)))))..((((((..((.((((.((.(((...............)))..)).))))))..)))))))))..)))).)))))).).))).)))))))..))))...((((((((.....(((((..((................)).)))))))))))))..))))))))..))).))).))))..)))).))))).)))....))))..))((((((.(((...))).)))))).......((((((((....((((((.((((((((((.......))))))))))(((...)))..)))))).((((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))).(((..((((.......))))..)))(((.((.(((((((.(((((.((..((((.(((........).)).)))).....))))))).....)))))))..)).)))(((((......(((....)))......)))))(((((.....))))).(((.......)))(((.((((((((((..((....(((((..(((((((...(((..((((((((((......)))))).))))..((((((((.(((((......))).)).))))))))......((((.((..((((((.......)))).))..)).))))..((((.(((((((................))))))).)))).(((((......((((....))))......))))).)))...)))..))))..)))))......)).....)))))))))).)))((((.((....))))))................))))))))....))))))))))))....)))..))))((((((((((((((((((((..((((((((((........((((...((((((((..((((((..((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)))))).....((.(((((...)))))))..))))))))...))))..((((((.((((((.(((..((.....(((.....)))....))..))))))))))).))))(((((((.(((((...)))))..)))).))))))))).))))..))))........))))))))......((((((((((.(((((....(((((.......)))))((((((((.((((..(........)..))))))))))))(((((...))))).((((((((......(((((((..........)))))))(((((((((........((((((...)))))).)))))))))...))))))))......(((((((..((((....))))))))))).((((..((((........))))))))))))).)))..........)))))))...(((((......)))))...(((........)))...((((.((...))))))..))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.....((,..,...((((((((((((...((..(({({{({.(((((((((..(((((((.(((.....((((((((....((((.((((((((((.,...((((....((.((((.(((,....(((((......)))))..{(((((..({{((((.((.(((...............)))..)).))))))..)))))))))..)))).)))))).}.))).)))))))..))))...{(((((((...{((((((.....,,.|..,,})).,,.}},,)}}}))))))))..))))))))..))).))))}}))..))))}})))).,,}....))))..))|(((((.((,...})).))))),.......,({{{(({....{(((((.((((((((((.......))))))))))(({...}))..)))))}.,,,((((,,(((({(,,{...{||||||||,.{||,,.||||((({.,((((.,,,...}}}}..}})|||},,.(((((((.(((({,((..((((.,.{.,,.....),,,.)))).....))))))).....)))))))...,{{{{.......})}}))).})})))}})}.......(((((.....))))),{({.......,},|{,.{{||||||||}}}}}.}}}}..,..((((((((((..(({((((((((((......))))))}}))},.,,,,(((({(((((..,...}}}.}}.|||||}||{{{,..,{((,(,,,{{({{,.....,,)))},}}..)),))})}}||,{,{((((((................))))))),,}},.{((((..,...{(((....)))}......)))))}}}}}}.}}})))..))))))).)))...},.....|||||}}}})}))){((,,({....)))))}....,...........}))))))}....))))))))))))....})),.))))((((((((({((((({((((..((((((((((.,,.....((({...((((((((..{(((((..((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)))))).....{{.(((({...})))))}..)))))))).,.})))..((((((.((((((.(((..((,.,,.,((...,}))),,,,}}..))))))))))).)))),|,||||.||{||...))))),.)})),},.))))))},)))..)))),......,})|||}},......((((((((((.((((({{{.(((((.......)))))((((((((.((((..{........,..))))))))))))(((((...))))).{(((((((......(((((((..........)))))))(((((((((........((((((...)))))).)))))))))...)))))))}..}}},(((((((.,{{{{....))},))))))).((((..((((........))))))))))))).)))..........)))))))...(((((......)))))..,(((|||.....|||...{||||||...))))))},))))))))
Back