Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATRNL1_0016000

Sequence Length

1488 nt

GC Content

0.4160

CUUGUGAUGAAUGGAAAAUACUACCAAAACCAAAUCUUCAUAGAGAUGUCAACAGAUUUGGACACUCUGCAGUAGUCAUUAACGGGUCCAUGUAUAUAUUUGGGGGAUUUUCUAGUGUACUCCUUAAUGAUAUCCUUGUAUACAAGCCUCCAAAUUGCAAGGCUUUCAGAGAUGAAGAACUUUGUAAAAAUGCUGGUCCAGGGAUAAAAUGUGUUUGGAAUAAAAAUCACUGUGAAUCUUGGGAAUCUGGGAAUACUAAUAAUAUUCUUAGAGCAAAGUGCCCUCCUAAAACAGCUGCUUCUGAUGACAGAUGUUACAGAUAUGCAGAUUGUGCCAGCUGUACUGCCAAUACAAAUGGGUGCCAAUGGUGUGAUGACAAGAAAUGCAUUUCGGCAAAUAGUAACUGCAGUAUGUCUGUCAAGAACUACACCAAAUGUCAUGUGAGAAAUGAGCAGAUUUGUAACAAACUUACCAGCUGUAAAAGCUGUUCACUAAACUUGAAUUGCCAGUGGGAUCAGAGACAGCAAGAAUGCCAGGCUUUACCAGCUCAUCUUUGUGGAGAAGGAUGGAGUCAUAUUGGGGAUGCUUGUCUUAGAGUCAAUUCCAGUAGAGAAAACUAUGACAAUGCAAAACUUUAUUGCUAUAAUCUUAGUGGAAAUCUUGCUUCAUUAACAACCUCAAAAGAAGUAGAAUUUGUUCUGGAUGAAAUACAGAAGUAUACACAACAGAAAGUAUCACCUUGGGUAGGCUUGCGCAAGAUCAAUAUAUCCUAUUGGGGAUGGGAAGACAUGUCUCCUUUUACAAACACAACACUACAGUGGCUUCCUGGCGAACCCAAUGAUUCUGGGUUUUGUGCAUAUCUGGAAAGGGCUGCAGUGGCAGGCUUAAAAGCUAAUCCUUGUACAUCUAUGGCAAAUGGCCUUGUCUGUGAAAAACCUGUUGUUAGUCCAAAUCAAAAUGCGAGGCCGUGCAAAAAGCCAUGCUCUCUGAGGACAUCAUGUUCCAACUGUACAAGCAAUGGCAUGGAGUGUAUGUGGUGCAGCAGUACGAAACGAUGUGUUGACUCUAAUGCCUAUAUCAUCUCUUUUCCAUAUGGACAAUGUCUAGAGUGGCAAACUGCCACCUGCUCCCCUCAAAAUUGUUCUGGAUUGAGAACCUGUGGACAGUGUUUGGAACAGCCUGGAUGUGGCUGGUGCAAUGAUCCUAGUAAUACAGGAAGAGGACAUUGCAUUGAAGGUUCUUCACGGGGACCAAUGAAGCUUAUUGGAAUGCACCACAGUGAGAUGGUUCUUGACACCAAUCUUUGCCCCAAAGAAAAGAACUAUGAGUGGUCCUUUAUCCAGUGUCCAGCUUGCCAGUGUAAUGGACAUAGCACUUGCAUCAAUAAUAAUGUGUGCGAACAGUGUAAAAAUCUCACCACAGGAAAGCAGUGUCAAGAUUGUAUGCCAGGUUAUUAUGGAGAUCCAACCAAUGGUGGACAGUGCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-397.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -426.83

Frequency: 0.0000

Diversity: 399.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((....(((.........)))...((((((((.....((....))...))))))))(((.(((((.(((((..((.(((((...........(((((((((.....((.((((((.................)))))).)))))))))))(((((((.(((((....)))))..))))))).....(((((((((((.(((...))).)))))....................((((((.((((((((((.......))))))))))(((...)))..)))))).((((((((.((((.((((....))))))))...)))).)))))))))).(((((((...(((.......((((...(((((.((........)))))))..))))....)))...))))))).))))).))..)))))........((((.......)))))))))..))).......)))).))((((....(((((((((((..(((..(((.((((((((((..((....(((((..(((((((...(((..((((((((((......)))))).))))..((((((((.(((((......))).)).))))))))......((((.((..((((((.......)))).))..)).))))..((((.(((((((................))))))).)))).(((((......((((....))))......))))).)))...)))..))))..)))))......)).....)))))))))).)))...)))....((((((..............(((....)))....(((((((((((((.......)))))))....((.((((((((((((..((((((((((........((((...((((((((..((((((..((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)))))).....((.(((((...)))))))..))))))))...))))..((((((.((((((.(((..((.....(((.....)))....))..))))))))))).))))(((((((.(((((...)))))..)))).))))))))).))))..))))........))))))))))....((((((((((.(((((....(((((.......)))))((((((((.((((..(........)..))))))))))))(((((...))))).((((((((......(((((((..........)))))))(((((((((........((((((...)))))).)))))))))...))))))))......(((((((..((((....))))))))))).((((..((((........))))))))))))).)))..........)))))))...(((((......)))))..)))))).......))))))........)))))))))))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.(((.((({.,..,,{{|||...,(((((((..,,.{,..,,},...)))))))|(((..(((((((.(((((({,{{{{,((({{{{{..,((((((((.....{{.((((((.................)))))).))))))))))|(((((((.(((((....)))))..))))))),....(((((((({(({((.....||{|||,,......},.}}}..}..,}}||||{{.((((((((((.......))))))))))(({...}))..,,,,,..((((((((.((((.((((....))))))))...)))).))))}))))).{{{,..,,,.,,,...))))})),..}}}},)))))))......(((......))}.......)))))))..)))}{(((((((((((,.,,,..{{(,.{{({...,{|{{{{|,.,,|||..,....}}}}(((((.....))))),{{{,......||.(((.((((((((((..,,,...{{,,,..((((((((({..(({((((((((((......))))))}}))),.,,,,(((({(((((,,,,..}}|,|,.||||||||{,{{..{{((,({,,{{({{{.....,,)))},}}..)),))})}}||,(,{((((((................))))))),,}}}.{((((..,,..{(((....))))......))))},}}}},.}}||})||)},))))}})}.,.}}.....}))))))))).))){{{||{|...,}))))}....(((((((....((((((.,{{(,,,.}||(((((((.......))))))),,|.|{.{,{{|{|{((((..((((((((((.,,.....((({...((((((((..{(((((..((((((((((...(((.....(((....)))......)))....)))))))))).......)))))).....{{.(((({...})))))}..)))))))).,.})))..((((((.((((((.(((..((,.,,.,{(...,}))),,,,}}..))))))))))).)))),|,||||.||{{|...)))))..)})),},.))))))}})))..)))).......{||||,,,,..}}}})))))))...))))))),..(((((.......)))))((((((((.((((..{........,..)))))))))))),,,.((((({|...})))))}......,|||||||....,},..}))}))}}.)))))))))))}....((((((...)))))).,,|.,||,},.})))).,})}.)))}(((((((..{{{{....))}}))))))).((((((((((,,,,....,)},))))),..})))).......))).))))))...(((.((((...,,,,..{(((((((.....{((....))))))..))))})))).)))....