Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATRNL1_0024700

Sequence Length

553 nt

GC Content

0.3671

AUGUGACUCUGAAAAUCGCUAUGUUGGUAAUCCACUUAGAGGAACAUGUUAUUAUGCUUUCAUUGGGUACUGAUUAUAUGACAGCCUUUUGAUUGAUUAUCAAUUUACCUUCAGCUUAUUACAGGAAGAUGAUCGCCACCAUACUGCCAUAAACUUUAUAGCAAACCCAGAACAGUCGAACAAAAAUCUGGAUAUAUCAAUUAAUGCAUCAAACAACUUUAAUCUCAACAUUACGUGGUCUGUCGGUUCAACAGCUGGAACAAUAUCUGGGGAAGAGACUUCUAUAGUUUCCAAGAAUAAUAUAAAGGAAUACAGAGAUAGUUUUUCCUAUGAAAAAUUUAACUUUAGAAGCAAUCCUAACAUUACAUUCUAUGUGUACGUCAGCAACUUUUCCUGGCCUAUUAAAAUACAGAUUGCAUUCUCACAACACAAUACAAUCAUGGACCUUGUGCAGUUUUUUGUCACCUUCUUCAGUUGUUUCCUAUCCUUAUUGCUGGUGGCUGCUGUGGUAUGGAAGAUCAAACAAACUUGUUGGGCUUCUCGACGGAGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-105.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -114.87

Frequency: 0.0000

Diversity: 151.94

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((............((((((((((.....(((((..(((((.(((((((((.....))))).)))).)))))....))))).....))))))))))........((((((..(((((....(((((.(((((((((.(((((........((((((.((((((.(((............)))((((.((((..(((((......................)))))..)))).)))).((((........))))....))))))...((((((.....))))))..............(((((...((((..((((((((....))))))))...))))((((((((((.......(((((.....))))).(((((.........))))).............)))))).))))...........(((((..((((....((((((....))).)))....)))))))))))))).......))))))))))).).))))))..))..)))))......))))))))))).(((....)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,,,.{{{,.....,}|,,{.((((((((((.....(((((..(((((.(((((((((.....))))).)))).)))))....))))).,...)))))))))).}}.....((((((..(((((....(((((.{{{((((((,((,{{........{((((,.{(((({.{{{...........,)))((((.((((..(((((......................)))))..)))).)))}{({,..,,||||((({{{{...((((((((({(((({{{..,||{{((..............}}}}...,,||,.||||||{{|,..||}}}}},...,,,,((((((((((...,,,,{{{{{...,,))}}|.(((((.,.....,.))))).............)))))).))))........,,..,,.,,.}}},...,|||{{|....})),}}}}})}))))))))))})}........}}}))))}))},),))))))}}))..)))))......))))))))))){(((....)))))))