Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATXN10_0000600

Sequence Length

921 nt

GC Content

0.4756

AGGCUCGACCCAGCUGUGAGCGGCAAGAUGGCGGCGCCCAGGCCGCCGCCUGCCAGGCUGUCGGGCGUCAUGGUGCCGGCGCCCAUCCAAGACCUGGAGGCCCUGCGCGCGCUCACGGCGCUCUUCAAAGAGCAGCGGAACCGAGAAACAGCACCCAGGACUAUCUUCCAAAGAGUUCUGGAUAUCCUAAAGAAAUCUUCUCAUGCUGUUGAGCUUGCCUGCAGAGAUCCAUCCCAAGUGGAAAACCUGGCUUCCAGUCUGCAGUUAAUAACAGAAUGCUUCAGGUGUCUUCGCAAUGCUUGCAUAGAGUGUUCUGUGAACCAGAAUUCAAUCAGGAACUUGGAUACGAUUGGUGUUGCUGUUGAUUUGAUUCUUCUGUUUCGUGAACUGCGAGUGGAACAGGAAUCUCUGUUGACAGCUUUUCGCUGUGGCCUGCAGUUUUUAGGCAACAUUGCCUCACGGAAUGAAGAUUCCCAGUCUAUUGUUUGGGUGCAUGCUUUCCCAGAACUGUUUUUGUCUUGCUUAAAUCAUCCGGACAAAAAAAUUGUUGCCUACUCUUCAAUGAUUUUGUUUACAUCCCUUAAUCAUGAAAGAAUGAAAGAACUGGAGGAGAACCUCAAUAUUGCAAUUGAUGUCAUAGAUGCUUACCAAAAACAUCCUGAAUCAGAAUGGCCGUUCUUGAUUAUUACAGACCUCUUUCUGAAAAGCCCGGAAUUGGUACAAGCCAUGUUUCCCAAACUGAACAAUCAAGAAAGAGUUACACUGUUAGACCUUAUGAUAGCCAAGAUAACGAGUGAUGAGCCACUCACCAAGGAUGACAUCCCUGUGUUUUUGCGGCAUGCUGAGUUGAUUGCAAGCACCUUUGUGGAUCAGUGCAAGACUGUGCUCAAGCUGGCCUCUGAGGAGCCUCCUGAUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-290.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -306.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 207.21

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((..(((((((.(((((((((.(.(((((((......)))))))).))))..(((((.((((((....((((.((.(((..((((.....))))))))).)))))))))))))))(((((....)))))..((....))...(((((((.(((((((..((((...))))))))))).........((((...))))..))))))).(((((((((((((((((((((.....))))....((((..(((((.((.((((((....((((((((((((((((((.......)))))))....)))))))))))(((.(((((...((((((((((...(((((.....)))))...)))..))))))).))))).)))...)))))))).))))))))).))))))))(.(((((.....))))).)(((.((((((((((((((((.........(((((....)))))((((......((((((..........))))))))))(((((((((..............)))))))))...))))))))..((((..((((((..(.........)..))))))..))))....)))))))).))).((.((.(((..(((((((((((.(((...(((((...(((((((((.((((((((((((....)))).)))))....)))..((((((((((..((...((((.((((....))))...))))....))......)).)))))))).....((((((.......))))))..........(((((......)))))....(((........)))))))))))).)))))..))))))))))))))......))).)).)))).))))).))..))))))))))).....)..))))))((.......).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((..,{{{((({((((((((,,{..((((((......))))))((((.((((((((..(((((((........)))))))..|..}).))))))))).},,,)).))))))))))(((((....))))),{{({,..,,...(((((((.((((((({.,(({...,)))))))))).........(((,...}))}..))))))),{{||||,|.((((((((((((.....)))),...((((..(((((.((.((((((....((((((((((((((((((.......)))))))....)))))))))))(((.(((((.,,((((((,(((...(((((.....)))))...))),,}))))}}.))))).)))...)))))))).))))))))).,))))))).,{{|||,,,,,))))}{|(({.((((((((((((((((.........(((((....))))){{{{.....,((((((.,........))}}}}}}}},{(((((({.|.......,}.},))))))))}...))))))))}.((((..((((((..{.........}..))))))..))))....,))))))),|||....}}}}....{((((((((((.(((...(((((...(((((((((.(({{{{{{(({(,,,.|||||||}}|....|||..(((((((({{..,,...((({,((((....)))).,,))))....}}|.....)),)))))))).....((((((.......))))))..........(((((......)))))....,(({{...}}}),}))))))))).)))))..)))))))))))))},{{{.,|||||}..|{{|}}},,,,})})))},}))})),,.,.}..))))))((.......).)