Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATXN10_0006700

Sequence Length

509 nt

GC Content

0.4578

ACCUCUUUCUGAAAAGCCCGGAAUUGGUACAAGCCAUGUUUCCCAAACUGAACAAUCAAGAAAGAGUUACACUGUUAGACCUUAUGAUAGCCAAGAUAACGAGUGAUGAGCCACUCACCAAGGAUGACAUCCCUGUGUUUUUGCGGCAUGCUGAGUUGAUUGCAAGCACCUUUGUGGAUCAGUGCAAGACUGUGCUCAAGCUGGCCUCUGAGGAGCCUCCUGAUGAUGAGGAGGCACUGGCUACAAUUAGGCUUCUCGACGUCCUGUGCGAAAUGACUGUGAAUACUGAGCUGCUCGGCUAUCUGCAGGUUUUCCCUGGCUUGCUGGAAAGAGUGAUUGAUCUUUUGCGGGUGAUUCAUGUAGCUGGAAAAGAAACCACAAACAUCUUCAGUAAUUGUGGUUGCGUGAGAGCAGAAGGUGACAUCUCCAAUGUGGCCAAUGGGUUUAAGUCUCAUCUCAUUCGUCUGAUUGGAAAUCUGUGUUACAAGAAUAAAGAUAACCAAGACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-136.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -147.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 115.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((..(((((.((...((((....))))(((((........))))).......((.(((...))).))((((((...(((((((........(((((......)))))..(((((((.(((....)))))))))).((((.(((.(((...(((((..((((((.(.((.((((((((......)))....))))))).).)))).(((((((.......)))))))...((((.......))))..(((((.....)).)))..))..)))))..))).))))))).)))))))...))))))..)).)))))..))))))))).......((((((.(((.((.......)).))).))))))((((((((((.......))..))))))))((......))....(((.((((.....)))).)))((((((............)))))).))((..((((..((((.((((.....)))).))))..))))....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((({..(((((.(({,.((((....)))){((({........|}}},..,....{{.(({...})).}}{(((((...(((((((........(((((......))))).,((,((((...|}}).)),}},,,,|.((({.(((,(((...(((((.,{,(({{.{.||.{{{{||||,.....,))},..))}}))).,.}}}}.(((((((.......))))))).,}||||,.....,))}},,{{{|{|...,}),)}}..,}.,})}}}.,})),))}}))),)))))))...))))))}}),.)))))..})))))))).......((((((.(((.({.......)).))).)))))){(((((((,{.......)}..)))))))|((......)),...(((.((((.....)))).))).(((((.......))}}}})))},,))((..((((..((((.((((.....)))).))))..))))....))