Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATXN10_0007600

Sequence Length

591 nt

GC Content

0.4653

AGUUACACUGUUAGACCUUAUGAUAGCCAAGAUAACGAGUGAUGAGCCACUCACCAAGGAUGACAUCCCUGUGUUUUUGCGGCAUGCUGAGUUGAUUGCAAGCACCUUUGUGGAUCAGUGCAAGACUGUGCUCAAGCUGGCCUCUGAGGAGCCUCCUGAUGAUGAGGAGGCACUGGCUACAAUUAGGCUUCUCGACGUCCUGUGCGAAAUGACUGUGAAUACUGAGCUGCUCGGCUAUCUGCAGGUUUUCCCUGGCUUGCUGGAAAGAGUGAUUGAUCUUUUGCGGGUGAUUCAUGUAGCUGGAAAAGAAACCACAAACAUCUUCAGUAAUUGUGGUUGCGUGAGAGCAGAAGGUGACAUCUCCAAUGUGGCCAAUGGGUUUAAGUCUCAUCUCAUUCGUCUGAUUGGAAAUCUGUGUUACAAGAAUAAAGAUAACCAAGACAAGGUAAAUGAGCUGGAUGGUAUCCCGUUGAUCCUGGACAACUGCAACAUCAGUGACAGUAACCCCUGUAUCCUUGCAUGUGAAUUACCAUGCACAAGUUUACAGCCGGGGCCCUUAGCAAAACAAGUCCCUUGCCUCAUGUUCAUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-166.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -177.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 155.80

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((....((((...(((((((........(((((......)))))..(((((((.(((....)))))))))).((((.(((.(((...(((((..((((((.(.((.((((((((......)))....))))))).).)))).(((((((.......)))))))...((((.......))))..(((((.....)).)))..))..)))))..))).))))))).))))))).(((((((......)))))))..((((((........))))))..))))....))))))))).(((....((((((((((.......))..))))))))(((((((.(((..(((.(((...((((....((.(((((((.....(((.((.((((((..(((..((((..((((.((((.....)))).))))..))))....)))..)))))).))))).....)))))))..))))))..((((..((....))..))))..((((((((..((((((((........))))))..))..)))))..)))((.....)).......))))))))))))))))...))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{((((((.{(,,{(((((.,,{{(((((........(((((......))))).,((,((((...}}}).)),}},,,,|.(((,.(((,(((...(((((..{,((,,.{.||.{{,{||||}.....,))}}.,)),,))).,.}}}}.(((((((.......))))))).,}}}}}}..,,.}))},,,|{||||...,)),}}}..}},,}}|}},,}||,||}}})),))})}}},{{|||||.....,}||||||..|{{{((........}|||}|,|||}|,,..,,}}))}))|{{|.,|,((((((((,{.......)}..))))))))(((((((.(((..{((.(((...{(({..|.({.(((((((.....(((.((.((((((..(((..((((..((((.((((.....)))).))))..))))....)))..)))))).))))).....)))))))..}}}}}}..((((..((....))..))))..((((((((..((((((((.,.....,))))))..))..)))))..))){{.....}}.......)))))))))))))))),},))).