Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_BANP_0001000

Sequence Length

2565 nt

GC Content

0.5454

ACAAAGGAGAGGAGGAACUGCAUUAUUUAUUGGAUUGAAGGACACGGGUGAGGCCUGCUUAUGUAAUUUCAUUCCUGUUGGGACUUAUCCAUGAAUAGAAGUUGUGAAUAGACUCAAGAGUUGAAACCAUGUGACCUGAAAACCUUACUUUUCCUUCUGCGAUGGGGGUUGUGGUUAGGGACAGUGAACGGACUCUUCCUGAUGAAGGGCUGUGCUGUACAGAGCUGGGCACAGGGUUUCUGUCCUCAGGAAGUGUGUAGUGUAGUUCAGGGAAGACAGUUUACUUUAUACCAUUUAUGUGUCAAUAAUUAAAAUAUAAAGUAUAAUCUGAUAAAAACAUGAUGGUCACAUUCAUUCCUCAUUUCUACGGCAUCCUAUUUUGCAGUACUAUAUUUGGAUCUGUGUGUCCAUAGACCAUAGUUUGAAUGAUGCAGCCUUAUUUUUACUUUGGAAAAUAAGUUCUCUUGAAGCCCAAUCAGAGUGUCACAGGAGCUGGAGGAAAGCCCCUGACUGUGUUUCAGACACUGUGCGAGGCUCGGGGACAGCCCCGCCCUGGACAGCACAGUUGUGGACAGGACAGAUGGUUCCUCCUUGGUCAUGGUGGCAGGAUGCUGCUCGGGCUCAGGACAGAACCUGAGAGCAGAAAGAAAGCAGAACAGAGGUGCUGCCACUCCGCCGGGCCUGUGGGGUAGCAGAAACGGAGUAUGGGUUGUAGUCUAGAUGGAUGCGUGCAGCUGGGAGAAACUUGGGAGGAGAGGUGGCGUAUCACCACGGAGACCAGUGGUAUGGGUGGGAAGGGAUGCUUCUUUCUGGGGUGUGGUGAGUGUAGCAGGGCUGAGGCCCCUUGGGAGCAGGAAGCGACAGAGCGUUUGCUGUAGUCAGUCAGGCCCCACUGGAGACUUGGGCUGAGGGAGAGGACGUUUCCAAGCCAGUGUUGGGAAGGUGGCUUUGGAAGGGCAUGAGGAACACAGUGGAAACGGAGAGGCCCCGGGUGGCUCGUCCAGUGGUUAAGGAAAGAGGCAGCGGGUGGCGUUUUCAACUAUUUGUUAAUUUUCAAAGAAACUAACCUUUUGGGGGUUUGAGGCAAGAAGAACCCUGCAUGUAAAACUCCACAGACGUUCGCGGCCUCUUGCAUACACGUGCUCGGCUCGUGGUUUUCAUAAUUUCACGUGUAGCGAUGGUUAAUGUCCUCUCCUCCUCCUUUGCUUCUGUUUGGUAGGUGACCAAAAGCCAGCCCCACUGUGAGUUGAACUCUUUCGUGUUGACCGGCCACUCUCCGUGCUCUGGAUGAUGUCGGAACACGACCUGGCCGAUGUGGUUCAGAUUGCAGUGGAAGACCUGAGCCCUGACCACCCAGUUGUUUUGGAGAAUCAUGUAGUGACAGAUGAAGACGAACCUGCUUUGAAACGCCAGCGACUAGAAAUCAAUUGCCAGGAUCCAUCUAUAAAGACAAUCUGCUUGCGGUUGGAUAGCAUUGAAGCCAAAUUGCAAGCCCUGGAGGCUACUUGUAAAUCCUUAGAAGAAAAGCUGGAUCUGGUCACGAACAAGCAGCACAGCCCCAUCCAGGUCCCCAUGGUGGCCGGCUCCCCUCUCGGGGCAACCCAGACGUGCAACAAAGUGCGAUGCGUCGUCCCCCAGACUACAGUAAUACUCAACAAUGAUCGGCAGAACGCCAUUGUAGCCAAGAUGGAAGACCCCUUGAGCAACAGGGCACCGGAUUCCCUGGAAAAUGUCAUUAGCAACGCUGUGCCUGGGCGUCGGCAGAACACCAUUGUGGUGAAGGUGCCGGGCCAAGAAGACAGCCACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCUCGGAGGCCAGCGACUCUGUGUCCAGCUGUGGGCAGGCGGGCAGUCAGAGCAUCGGGAGCAACGUCACGCUCAUCACCCUGAACUCGGAAGAGGACUACCCCAAUGGCACCUGGCUGGGCGACGAGAACAACCCCGAGAUGCGGGUACGCUGCGCCAUCAUCCCCUCCGACAUGCUGCACAUCAGCACCAACUGCCGCACGGCCGAGAAGAUGGCGCUCACGCUGCUGGACUACCUCUUCCACCGCGAGGUGCAGGCUGUGUCCAACCUCUCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCUGGACCCGCUCACCAUCUACGGCAUCCGGUGUCACCUUUUCUAUAAAUUUGGCAUCACAGAAUCCGACUGGUACCGAAUCAAGCAGAGCAUCGACUCCAAGUGCCGCACGGCGUGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCUGGCGGUCAAGAGCUUCUCGCGGAGAACGCCCAACUCGUCCUCCUACUGCCCUUCAGAGCCGAUGAUGAGCACCCCACCUCCUGCCAGCGAGCUCCCGCAGCCACAGCCGCAGCCGCAGGCCCUGCACUACGCGCUGGCCAACGCACAGCAGGUGCAGAUCCACCAGAUCGGAGAAGACGGACAGGUGCAAGUAGGACACCUCCACAUCGCCCAGGUGCCGCAGGGGGAGCAAGUCCAGAUCACGCAGGACAGCGAGGGCAACCUCCAGAUCCAUCACGUGGGGCAGGACGGUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-907.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -952.49

Frequency: 0.0000

Diversity: 776.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((.(((.((((((((((((.((((...((((.(((((.((((((((..(((....))).))))))))((.(((((..((((.(((((.......))))).)))).))))).))..((((((.((((.(((.......(((((.(((((.(((((((....)))))))..))))).)))))((((.((((((.....))))))))))(((......))).))))))).)))))))))))))))..)))).))))))))))))........(((..(((((((((....((((......))))......)))))))))....))).........(((((((..((((((..(........(((.(((........))).))).......(((.((((((....)))))))))..)..))))))..((((((((((((((......)))))))))...(((((..(((((.((((.((((((........((((((..(((.(((.((((...(((.(.(((((((..((..(((((....)))))..)).....)))))))).)))))))..)))..)))))))))..((((.((((((.((..((((.((((((.((......)).))))))))))........((((.((....)).))))..))))))))))))..((((((((........((((((...(((((((((.(..((((((((....(((((.....(((((((((.(((.((((....(((((.((.((((.......((((((((((((((...))))))))(((.((((.((..(((...((((((.((((((...))).((((.(((((......))))).))))((((..((((......)))).))))..(((((.((((((((((((((((((((((.(........).)))).))))))..(((((.((((....(((((((((((((.(((((.(.((.(((.(((.........)))..))).)).).)).))).)))))........((((.((((....)))).))))..(((((((((((...(((.(......).))).....))))))).))))....(((((((....((((....))))..))).))))))))))))..)))).)))))(((....))).))))))))))))........((((....(((((.....))))))))))))))(((((((((.(((((((.....((....))((((((.....((((.(((((......))))).))))...))))))....))))))).)))))))))....))).))))))(((((.((((((.(((((((....((.(((((..(((....(((.((.(((((.((((..................))))..).)))).))..)))....(((...)))((((((((((((............)).)))))))))).)))...))))).))....))).....)))).))))))...)))))....)))..)).)))).))))))))))))).)).))))))))).))).)))))))))....))))).(((((......)))))..))).)))))..))))))))))..)))))).((((((..((......)).)))))).((((((..((....)).)))).))..(((((.........))))).....(((.....)))..(((((..((.(((.((((((...(((((...)))))....))))))))).))...))))).....((((..(((((.(((((...((...((...(((((((((((((..(((....)))..)))))..)))))..)))...))..))...)))))....)))))..))))........)))))))).)))))))))).)))))..))))).....((((.....))))...))))))))))))))).)))).....((((.....))))(((..(((((.(((((((........)))......((((((((....))((((((.(......((((..(((.(((((.........))))).)))..)))))))))))))))))(((((..((((.((.(((.(((((((.(((((((..(((.....)))..)))))))......((((((((((.............(((......)))....(((.((.(((((((((.(((..(((.((..(((..(((..(((.(((...(.(((((((...))))).)).)..((((((.((((.(((.....)))))..)).)))))).)))))).)))..))).))..)))..))).))))).))))..)).)))((..(((((((....((((((....)).)))).)))))))..))))))).)))))......(((..(((((......).)))))))..........))))))).)))))))))..))))).........((((.(.((((....))))).).)))....)))).)))))...)))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((((.(({.((((((((((((.((((...((({{(((({.((((((({..{((..,,|},.|||))}}}((.(((((.{{|{|,{{{{{.,.....}))}).,,)).))))).)).,((((((.((((.(({,.....,{((((.{((((,(((((((....)})))))..))))}.}}}}}((((.((((((.....))))))))))(((......}}}|))})))}.))))))}))))))))..)))).)))))))))))).,,,,...(((..(((((((((...,((((.,....))),.,....)))))))))....)))........,((((((,..{{{{||,{({.......(((.(((........))).))}..,..,.{||,,(((((.|,|}}}})))))}}),.}}}}}}.|((((((((((((((......)))))))))..,(((((..(((((.{{{{.{((((((,,(,.{.((((((..(((.(((.((((,{,{((.{.(((((((.,((..(((((....))))).})).....)))))))),))))))),.)))..)))))))))..|{||.,{{|((||{.,{|(({(((,,,,(({{{...,,.))))))}})},.......||||.,{....)}.)))),|}}||||}||,}},}|(((((((|.......((((((...(((((((((.(..(((((((({,..(((((.....(((((((((.(((.((((....(((((.((.((((..{((.{((((,((((((({,..,})))}}}|(((((.(({(((.((((((((((((...((,|((((....)))).,||,....,}),))))))))).))).})).))))),..||||,,..{{{,.(,((((((((((((((((((((((.(........).))))}}})))}..(((((.,(((....(((((((((((((.(((((.(.((.(((.(((.........)))..))).)).).)).))).)))))........{||,..,{,|...}}},.,}||,.{((((((((((...(((.(......},))).....))))))).)))}.},,(((((((....((((....))))..))).))))))))))))..,))).))))){((....))},))))))))))))}.,))}..{{{,{((((((.,..(((((((....(((((.(((((((((.{((((((,..,{((,,..,|((((((...,,(({{.{{{||,....,))))).)))),..})))))..,.))))))}.)))))))))....|||{,||,,|{{,,,.{.((((((..(((.,..(((.((((,,...,...........}))))..)))..,.))))))))).}...}}}...)))))).}}..,{{....|||...,},(((((((((({{...,,.......))}}})))))))),,,},.}}}}.{{{.{{,....})).)))....)))))...)))))))..,))))))}...)}))))))))))))).)).))))))))).))).)))))))))....))))).(((((......))))).,))).)))))..})))))))))..)))))).,,,{{{.,{{,,....,|||,||||.((((((..((....}),)))).)).}|||||}.{{{{...,})))}....|||}....,},..(((((..({.(((.((((((...(((({...}))))....))))))))).}}...)))))..,{.({{(||(({(({(,((({{,,,..}||}.}|{|||||{|||||.,|||}}..)}),}}}))),,)}}}},.))),||||..,}...})))).,..)))))..|||,...},},.)))))))}.})))}))})).)))))..})))}....{((((....,}))),..)))))}|))))}}}),))))....{((((.....}}))|((..(((((.(((((((|......})))||....{{{(((({.,..|,((((((.({....}|(((..(((.(((((.........))))).)))..)))}}))))))}}|}}|(((((..((((.((.{((.(((((((.(((((({..({(,,...,,},{||},}}}.,,,..{(((((((((..,{,.,...,..||{....,.}}}...||(({|{.{{((,{{(({((,...{{.(({((((,.,.{,||{||{{,...{,({{{|||,{{|||...}}....((((((.(({{.(((.....)))}}..)).))))))........}}}),))}})}}.))})}))).))....))))).))))}.))).(((((({....((((((....)).)))).)))))))..},))))).))))),..,..||,.,(((({.....,|.}}}}))).,.,}},},.))))))).)))))))))..)))))}.....|,.|{{|.|,((((....)))),.}.))}....)))).)))))...))}...