Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_BBS2_0002700

Sequence Length

857 nt

GC Content

0.4737

UCCGGGGCUACCUGCCUGGCACGGCUGAGAUGAGGGGCAACCUCAUGGACACCAGUGCAGAGCAGGACCUGAUCCGAGAGCUGAGUCAGAAGAAGCAGAAUCUGUUGCUGGAACUCCGUAACUAUGAGGAAAAUGCCAAGGCUGAAUUGGCCAGUCCACUGAACGAGGCUGAUGGGCAUCGGGGCAUAAUCCCAGCCAAUACCAGGCUCCACACCACGCUCUCAGUCAGCCUGGGGAAUGAGACCCAAACUGCUCAUACAGAAUUACGCAUUUCCACUUCUAAUGACACCAUCAUCCGAGCAGUAUUGAUUUUUGCAGAAGGAAUUUUUACAGGUGAAAGCCACGUGGUACAUCCCAGCAUUCACAACCUCUCCAGUUCCAUCUGCAUCCCUAUUGUGCCUCCCAAAGAUGUCCCUGUGGAUCUGCACUUGAAGGCAUUCGUGGGUUACAGAAGCAGCACCCAGUUUCAUGUAUUUGAAUCGACAAGACAGCUCCCUCGAUUCUCCAUGUAUGCGCUGACCAGCCUGGACCCUGCCAGUGAGCCAAUCAGUUAUGUUAACUUUACCAUUGCAGAACGGGCACAGAGGGUUGUUGUAUGGCUCGGUCAGAACUUUCUGUUACCAGAAGACACUCACAUUCAGAAUGCUCCAUUUCAAGUGUGUUUCACAUCUUUACGGAAUGGCGGCCACCUGCAUAUAAAAAUAAAACUUAGUGGAGAGAUCACUAUAAAUACUGAUGAUAUUGAUUUGGCUGGUGAUAUCAUCCAGUCAAUGGCAUCAUUUUUUGCUAUUGAAGACCUUCAAGUAGAAGCGGAUUUUCCUGUCUAUUUUGAGGAAUUACGAAAGGUGCUAGUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-244.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -260.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 224.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((..(((..((((((((.(((((.((..((((((.....))))))...)))).)))))).))))).(((.((...(((.(((..((....))..)))..)))(((((.((....))))))).)).))).....)))..))((.((((((((((....)))....((((((((((((...((((.....))))((((.......)))).........))))...))))))))(((........)))..(((((((.....((......((((.........))))......))....))))))).........((((((.((((((.......(((((.((....(((......))))).))))).........)))))).))))))..(((.(((((..(((..((((((.......((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((........))))).))))...(((((((..((....))...))))))))))))).)))).((((((((((..((((((....(((..((..((.((.(((.((....)).))).)).))..)).)))..)))))).......)))).))))))...((((((....))))))...........(((...(((((((((((((((((...)))).)))...))))))).)))...))).................((((((.....))))))......(((((((((((.(((.....))))))))))).)))(((((((((........)))))))))....))))))))....)))))))).......))))))..)))..))))).))).))))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(({{(((..((((((({{(((((.{{..((((((.....))))))...}})).)))))).))))).,{{{{{,,{,{{,{{{.|{|,,..|,,{|||..,)}|||{|}{{...,}|}}},}..,,,|||....|||,,}|{{..,|||||({({{{.,,,...,,|||||,,((((,{{(((({{{,,|}}}{{{{.....,,)})}.........}}}},,.})}))))|||(,.......}}||,(((((((.....({,.....{{{|,,.......,|||,.....}}....))))))).,,}.....((((((.((((((.....,,(((((.((....{((......))})).))))}..,,,....)))))).))))))...,.,}}}}|}}||{.,,,||||}}}.{(((((.,,(((((((((((((((((((((((((((((((........))))).))))...(((((((..,(....,},..))))))).........|..((((((((((..(((((({{{.((,.,{(,,(,,((,(,{.||,,,..,.,)),)).,,,,.)))},..)))))).......)))).))))))..,{(((((....))))))..)))))).....)))))))....)))))))))).))))))}}}}}.}))).{||{|{,,{{||,,................((((({.....}))))).....,(((((((((((.{{{.....}})))))))))}}))|((((((((........))))))))}...{(((,(((((({.,,(({...,})},))))))),)))).....,,..))))))),))},,}