Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_BMPR2_0011200

Sequence Length

2337 nt

GC Content

0.4540

GAGACCGUAAACAAGGUCUUCACAGUAUGAACAUGAUGGAGGCAGCAGCAUCCGAACCCUCUCUUGAUCUAGAUAAUCUGAAACUGUUGGAGCUGAUUGGCCGAGGUCGAUAUGGAGCAGUAUAUAAAGGCUCCUUGGAUGAGCGUCCAGUUGCUGUAAAAGUGUUUUCCUUUGCAAACCGUCAGAAUUUUAUCAACGAAAAGAACAUUUACAGAGUGCCUUUGAUGGAACAUGACAACAUUGCCCGCUUUAUAGUUGGAGAUGAGAGAGUCACUGCAGAUGGACGCAUGGAAUAUUUGCUUGUGAUGGAGUACUAUCCCAAUGGAUCUUUAUGCAAGUAUUUAAGUCUCCACACAAGUGACUGGGUAAGCUCUUGCCGUCUUGCUCAUUCUGUUACUAGAGGACUGGCUUAUCUUCACACAGAAUUACCACGAGGAGAUCAUUAUAAACCUGCAAUUUCCCAUCGAGAUUUAAACAGCAGAAAUGUCCUAGUGAAAAAUGAUGGAACCUGUGUUAUUAGUGACUUUGGACUGUCCAUGAGGCUGACUGGAAAUAGACUGGUGCGCCCAGGGGAGGAAGAUAAUGCAGCCAUAAGCGAGGUUGGCACUAUCAGAUAUAUGGCACCAGAAGUGCUAGAAGGAGCUGUGAACUUGAGGGACUGUGAAUCAGCUUUGAAACAAGUAGACAUGUAUGCUCUUGGACUAAUCUAUUGGGAGAUAUUUAUGAGAUGUACAGACCUCUUCCCAGGGGAAUCCGUACCAGAGUACCAGAUGGCUUUUCAGACAGAGGUUGGAAACCAUCCCACUUUUGAGGAUAUGCAGGUUCUCGUGUCUAGGGAAAAACAGAGACCCAAGUUCCCAGAAGCCUGGAAAGAAAAUAGCCUGGCAGUGAGGUCACUCAAGGAGACAAUCGAAGACUGUUGGGACCAGGAUGCAGAGGCUCGGCUUACUGCACAGUGUGCUGAGGAAAGGAUGGCUGAACUUAUGAUGAUUUGGGAAAGAAACAAAUCUGUGAGCCCAACAGUCAAUCCAAUGUCUACUGCUAUGCAGAAUGAACGCAACCUGUCACAUAAUAGGCGUGUGCCAAAAAUUGGUCCUUAUCCAGAUUAUUCUUCCUCCUCAUACAUUGAAGACUCUAUCCAUCAUACUGACAGCAUCGUGAAGAAUAUUUCCUCUGAGCAUUCUAUGUCCAGCACACCUUUGACUAUAGGGGAAAAAAACCGAAAUUCAAUUAACUAUGAACGACAGCAAGCACAAGCUCGAAUCCCCAGCCCUGAAACAAGUGUCACCAGCCUCUCCACCAACACAACAACCACAAACACCACAGGACUCACGCCAAGUACUGGCAUGACUACUAUAUCUGAGAUGCCAUACCCAGAUGAAACAAAUCUGCAUACCACAAAUGUUGCACAGUCAAUUGGGCCAACCCCUGUCUGCUUACAGCUGACAGAAGAAGACUUGGAAACCAACAAGCUAGACCCAAAAGAAGUUGAUAAGAACCUCAAGGAAAGCUCUGAUGAGAAUCUCAUGGAGCACUCUCUUAAACAGUUCAGUGGCCCAGACCCACUGAGCAGUACUAGUUCUAGCUUGCUUUACCCACUCAUAAAACUUGCAGUAGAAGCAACUGGACAGCAGGACUUCACACAGACUGCAAAUGGCCAAGCAUGUUUGAUUCCUGAUGUUCUGCCUACUCAGAUCUAUCCUCUCCCCAAGCAGCAGAACCUUCCCAAGAGACCUACUAGUUUGCCUUUGAACACCAAAAAUUCAACAAAAGAGCCCCGGCUAAAAUUUGGCAGCAAGCACAAAUCAAACUUGAAACAAGUCGAAACUGGAGUUGCCAAGAUGAAUACAAUCAAUGCAGCAGAACCUCAUGUGGUGACAGUCACCAUGAAUGGUGUGGCAGGUAGAAACCACAGUGUUAACUCCCAUGCUGCCACAACCCAAUAUGCCAAUGGGACAGUACUAUCUGGCCAAACAACCAACAUAGUGACACAUAGGGCCCAAGAAAUGUUGCAGAAUCAGUUUAUUGGUGAGGACACCCGGCUGAAUAUUAAUUCCAGUCCUGAUGAGCAUGAGCCUUUACUGAGACGAGAGCAACAAGCUGGCCAUGAUGAAGGUGUUCUGGAUCGUCUUGUGGACAGGAGGGAACGGCCACUAGAAGGUGGCCGAACUAAUUCCAAUAACAACAACAGCAAUCCAUGUUCAGAACAAGAUGUUCUUGCACAGGGUGUUCCAAGCACAGCAGCAGAUCCUGGGCCAUCAAAGCCCAGAAGAGCACAGAGGCCUAAUUCUCUGGAUCUUUCAGCCACAAAUGUCCUGGAUGGCAGCAGUAUACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-641.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -684.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 639.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((........))))))..((((((((....(((((((....((((.(((((......((..(((.......))).)).....)))))))))((((((....))))))..(((((...........)))))(((((((((.(.((((((.((((...(((((((((...........((((...(((((((((.....((..(((((...))))).)))))))))))..))))..((((.((.(((....))).)).)))).))))).)))))))).(((.((((((........(((((((.(((((.(((((((....)))).................)))))))))))))))(((..(((((....))))))))(((((((((((((.....(((((((.((.((((((((..........(((....(((.((((((..(((..(((..((((.((((...((((....(((....))).....))))...))))))))..))))))..)))))))))))).(((((...((((((..((((...((..(((((((((((..(((((((.((((.(((((((........)))).))).)))).......((((((.....))))))........(((..(((((((((.(((.....)))))))....)))))..)))(((((((((.((((...((((......)))).)))).))).))))))....)))))))..)))....))))))))..))))))..))))))...)))))((((.(((.....))).)))).)))))))).)).)))))))(.((((..(......)..)))).)......((((....)))).............((((((((((....)))....(((((...((.((((((((((.......(((((((((...)))).)))))((((.(.((......)).)..))))..(((((...((((((.........)))))).)))))))))))))))..))...)))))))))))).)))))))))..))))(((((......))))))))))))))..)))))).)))))))))).....(((((.............))))))))))))..))))))))..(((((((((((((((((((..(((((((((.....((((((.((((((((.......(((((............((((........))))(((..((........)))))..)))))....((......)).((((((((((((((........................(((((((((........(((.((((((..(..........)..))))))))).(((((.......))))).............(((((((.....(((((((.....(((((.(((...))).)))))..(((...((((....(((((((((((..((....((.(((......))).))..))...(((((.(((((...))))))))))..((((((..((.(((((((((.......))))))))).))....(((((.(((.((((.........(((....(((.(((((..(((...(((((.(((((..(((.(((..((((.....))..))..))).))).))))).))))))))))))))))...))).........))))))))))))......))))))....))))))))...)))....))))...)))........(((....)))......(((((((((((((.......(((((...)))))..........(((((...(((.......)))...)))))...(((...((((((((...))))))))...)))((((..........)))).)))))........))))))))...((((.........))))....((((((.(((........)))..))))))........)))))))....)).)))))..((((((....((((....)))).))))))...........))))))).)).((....))(((....)))..)))))......)))))...)))))))))))).)))))).((((...)))).((((((..((((((((....))))))))..))..))))....................)))))))))...)))))))))).)))..))))))....((......)).....((((((.......))))))((((...((((((......))))))..))))...((((.............)))).............

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((........)))))),...(({{,.,,.,{,,(((.((....}).}))|.....,,{{,.,....||}...||{|,.,(((((({,{{({,{(((((,{((((.....(((((..,.....,..))))),(((((....|}))|{(((((((...,{{{,,,{{{{,{(({,...((((...((((((((,....,((..(((({...})))).))))))))))}..))))..,{||}|{.(((....}}},||{||||,{..{{{{,{|||||{,|||.{{,.{{,.,,.{((((((((.(((((.((((({{....)))}........,,,.,....))))))))))))))))).,,((((({,..|}}}|||}}})))){,|||||.....|{{||||..,,}}))))),.,,,,,....,{,|||||}||||.,,,,,...{{((({{{{{{{{{{|,..{{{,....{{{....}}|{,..,|}|,...}}}}}}..{{{{|{|||||||{||,{((((,,(((,({.(((((.((((((...,,,.(((.(((.....((((((((((((..((((((.....,...((((((((...(((((((((((((((.....))))))...(({((((((((((((((((.(((.((.((((((({{......{{.((((((.((((((.{(((....}))}..(((((((((((,(,{{{(((.(((.{((((,.{{|||||...,,((((....))))..(((((.(((((({,(....})))))))))))),..((((((.(((..(...((,{(((.({(.,........})})))))),.,,,))))))))),}}}},,||,.....{{|((({{{(({{,,,.}}}...,(((((.,.({.((((((((((..{{,..{((((((((...)))).)))),((((|{,|(,,,...}},}|,|)))..(((((...((((((.........)))))),)))))))))))))))..))...))))).||||,,.))}|...,.((((..(((((......))))).))))((((,...})))).,,...,,}|,,,,,}}},,.,|,||{.....))),}}.....,,,......))),,,})})),},,.}))))))))))..))))))..))))))..,,...(((,,......)))||.......,}....{(((........)))},.........},.))))).)).))..)))))))....))))).)))}}))),}})},...........................}}..(((.((((.....)))).)))....)))))))))..))))).)))(((((.......)))))...........,)))))}.,{||....(((....)))(((((.(((...))).))))).....},}|(((...}}}.(((((((((.......((.(((......))).)){{(((..(((((.(((((...))))))))))..)),}}}..{{.(((((((((.......))))))))).}}....}.)))))))))...................{((.(((((..(((...(((((.(((((..(((.(((..((((.....}}..})..))).))).))))).)))))))))))))))})))).))))))))....))).)))...{{{,....)}}..,,,)))))).))))}|}.}}}}}}}}...}},......,,||,.,}))}....,((((((((...{.{,..{,..(((((...))))).,,...}},.})))))}}{{{.......}))..,,)))),,..||}},||{(((({...))))))},...||{(((((((,,.....,....,,,.,.,,}....,,))))))),.}},,...,{{{{.{{||{{{{{,|||{.|{{........))}.,})))))})}},..}|{,{{{.||..{|||||}}..{(({,,...,|||{.{{{||||,((((({{{....}}}}}))))|,...,||({{{,|{{....,,,,,,,,,,{||.....)))})))}}}.,,.,)}}||}}}{||}|{||||||||{,,((({{(,.((((((((....))))))))..,,..}))).............,,..}|}.}))}}|{{{||,,,))}))),)})}})))))}}}}..,}})})))))}},,)})})))),....,|}}},(((((...((((({......})))))..)))))..||{,,...,,,,,}}..))))}}}}}),),),)}