Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_BUB1_0001000
Sequence Length
2823 nt
GC Content
0.4201
GGUUCAGAGCUUUCUGGAGUGAUAUCUUCAGCUUGUGAUAAAGAGUCAAAUAUGGAACGAAGAGUGAUCACGAUUUCUAAAUCAGAAUAUUCUGUGCACUCAUCUUUGGCAUCCAAAGUUGAUGUUGAGCAGGUUGUUAUGUAUUGCAAGGAGAAGCUUAUUCGUGGGGAAUCAGAAUUUUCCUUUGAAGAAUUGAGAGCCCAGAAAUACAAUCAACGGAGAAAGCAUGAGCAAUGGGUAAAUGAAGACAGACAUUAUAUGAAAAGGAAAGAAGCAAAUGCUUUUGAAGAACAGCUAUUAAAACAGAAAAUGGAUGAACUUCAUAAGAAGUUGCAUCAGGUGGUGGAGACAUCCCAUGAGGAUCUGCCCGCUUCCCAGGAAAGGUCCGAGGUUAAUCCAGCACGUAUGGGGCCAAGUGUAGGCUCCCAGCAGGAACUGAGAGCGCCAUGUCUUCCAGUAACCUAUCAGCAGACACCAGUGAACAUGGAAAAGAACCCAAGAGAGGCACCUCCUGUUGUUCCUCCUUUGGCAAAUGCUAUUUCUGCAGCUUUGGUGUCCCCAGCCACCAGCCAGAGCAUUGCUCCUCCUGUUCCUUUGAAAGCCCAGACAGUAACAGACUCCAUGUUUGCAGUGGCCAGCAAAGAUGCUGGAUGUGUGAAUAAGAGUACUCAUGAAUUCAAGCCACAGAGUGGAGCAGAGAUCAAAGAAGGGUGUGAAACACAUAAGGUUGCCAACACAAGUUCUUUUCACACAACUCCAAACACAUCACUGGGAAUGGUUCAGGCAACGCCAUCCAAAGUGCAGCCAUCACCCACCGUGCACACAAAAGAAGCAUUAGGUUUCAUCAUGAAUAUGUUUCAGGCUCCUACACUUCCUGAUAUUUCUGAUGACAAAGAUGAAUGGCAAUCUCUAGAUCAAAAUGAAGAUGCAUUUGAAGCCCAGUUUCAAAAAAAUGUAAGGUCAUCUGGGGCUUGGGGAGUCAAUAAGAUCAUCUCUUCUUUGUCAUCUGCUUUUCAUGUGUUUGAAGAUGGAAACAAAGAAAAUUAUGGAUUACCACAGCCUAAAAAUAAACCCACAGGAGCCAGGACCUUUGGAGAACGCUCUGUCAGCAGACUUCCUUCAAAACCAAAGGAGGAAGUGCCUCAUGCUGAAGAGUUUUUGGAUGACUCAACUGUAUGGGGUAUUCGCUGCAACAAAACCCUGGCACCCAGUCCUAAGAGCCCAGGAGACUUCACAUCUGCUGCACAACUUGCGUCUACACCAUUCCACAAGCUUCCAGUGGAGUCAGUGCACAUUUUAGAAGAUAAAGAAAAUGUGGUAGCAAAACAGUGUACCCAGGCGACUUUGGAUUCUUGUGAGGAAAACAUGGUGGUGCCUUCAAGGGAUGGAAAAUUCAGUCCAAUUCAAGAGAAAAGCCCAAAACAGGCCUUGUCGUCUCACAUGUAUUCAGCAUCCUUACUUCGUCUGAGCCAGCCUGCUGCAGGUGGGGUACUUACCUGUGAGGCAGAGUUGGGCGUUGAGGCUUGCAGACUCACAGACACUGACGCUGCCAUUGCAGAAGAUCCACCAGAUGCUAUUGCUGGGCUCCAAGCAGAAUGGAUGCAGAUGAGUUCACUUGGGACUGUUGAUGCUCCAAACUUCAUUGUUGGGAACCCAUGGGAUGAUAAGCUGAUUUUCAAACUUUUAUCUGGGCUUUCUAAACCAGUGAGUUCCUAUCCAAAUACUUUUGAAUGGCAAUGUAAACUUCCAGCCAUCAAGCCCAAGACUGAAUUUCAAUUGGGUUCUAAGCUGGUCUAUGUCCAUCACCUUCUUGGAGAAGGAGCCUUUGCCCAGGUGUACGAAGCUACCCAGGGAGAUCUGAAUGAUGCUAAAAAUAAACAGAAAUUUGUUUUAAAGGUCCAAAAGCCUGCCAACCCCUGGGAAUUCUACAUUGGGACCCAGUUGAUGGAAAGACUAAAGCCAUCUAUGCAGCACAUGUUUAUGAAGUUCUAUUCUGCCCACUUAUUCCAGAAUGGCAGUGUAUUAGUAGGAGAGCUCUACAGCUAUGGAACAUUAUUAAAUGCCAUUAACCUCUAUAAAAAUACCCCUGAAAAAGUGAUGCCUCAAGGUCUUGUCAUCUCUUUUGCUAUGAGAAUGCUUUACAUGAUUGAGCAAGUGCAUGACUGUGAAAUCAUUCAUGGAGACAUUAAACCAGACAAUUUCAUACUUGGAAACGGAUUUUUGGAACAGGAUGAUGAAGAUGAUUUAUCUGCUGGCUUGGCACUGAUUGACCUGGGUCAGAGUAUAGAUAUGAAACUUUUUCCAAAAGGAACUAUAUUCACAGCAAAGUGUGAAACAUCUGGUUUUCAGUGUGUUGAGAUGCUCAGCAACAAACCAUGGAACUACCAGAUCGAUUACUUUGGGGUUGCUGCAACAGUAUAUUGCAUGCUCUUUGGCACUUACAUGAAAGUGAAAAAUGAAGGAGGAGAGUGUAAGCCUGAAGGUCUUUUUAGAAGGCUUCCUCAUUUGGAUAUGUGGAAUGAAUUUUUUCAUGUUAUGUUGAAUAUUCCAGAUUGUCAUCAUCUUCCAUCUUUGGAUUUGUUAAGGCAAAAGCUGAAGAAAGUAUUUCAACAACACUAUACUAACAAGAUUAGGGCCCUACGUAAUAGGCUAAUUGUACUGCUCUUAGAAUGUAAGCGUUCACGAAAAUAAAAUUUGGAUAUAGACAGUCCUUAAAAAUCACACUGUAAAUAUGAAUCUGCUCACUUUAAACCUGUUUUUUUUUCAUUUAUUGUUUAUGUAAAUGUUUGUUAAAAAUAAAUCCCAUGGAAUAUUUCCAUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-781.11 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -842.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 589.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((((((((...(((((((...((((((((..(((...(((((...((((.(((((((((..((.(((((((.....)))).))).))..)))...))))))...))))...))))).))).))))))))....)))))))..)))).))))).(((.((((...((((..(((((....))))).))))...)))))))........((((((.(..((((((((((((((((((.((((((((........(((..((...((((((....)))))).........(((((.........)))))..((((((((((((..(((((((.((((((((((....))).....((((((..((........))..))))))..(((...(((((..(...(((((((.......))).))))...)...))).))..)))..((((((((.((((.(((((((((.(.(((((((((...........(((..((.(((((((.((((((.(((((((((((((...(((.......)))....(((((........))))))))))))....(((((.(((((...((((((....((...(((.....((((..((((((((....((((((....))))))...)))))))).)))))))..))..))))))..)))).).)))))((((.((((((....((.((..((((.....(((((((.((....((((((...(((.((((((............((((((((..((...((((........(((((((((((....(((((((...........))))..))).((((((.(((((....(((((...........)))))))))).))))))....))))....(((.(((.((........)).)))))).((((((((...))))))))...((((.(((((.((((((.(((((((((.............)))((((((((..((((.((((((......)))))))))).)))))))).....(((....))).....................((.((((((...(((((((....)))((.((((..(((((((((.........)))))))))(((((((((.(..(((((.......)))))..).)))))))))....)))))).))))..)))))).))....))))))..)))))).))))).))))..))))))).....))))))..))))))))............))))))..)))...............))))))..)))))))))......))))...)).))..)))))).))))...)))))))))).)).)))))))))..))).((((........))))...((((......(((.......)))))))((((((............((((((...((.(....((((((((.....(((..(((((..(((..(((((((((((.(((((((..((((.........))))..).).))))).))))).)))))))))..)).)))..)))....))).)))))...).))...)))))))))))))))))).)))).))))))))).........(((((((((((((((((...(((((.(((.(((...)))..)))))))))))).)))))))..))))))((((((.(((((........(((.((..(((.......(((((.....(((((((...(((...))).)))))))....)))))........)))..))))))))))..)))))).....(((((.((((.(((....((((((((((((.....))).)).((((((((......))))))))..((((......))))......)))))))..)))))))))))).....)))).))).)))))....)))))))))))))).....))))))))))))(((((((...........)))))))(((((((..(((((((((((....((((((.(((..(((((((....................................)))))))..))).)))..)))...)))))))))))...((((((((.((((....(((((.(((((...(((((((....))))))).......((((((((...((((((((((......(((((((((((((((.(.((((((.....))))))).))).((..((.((((((......)))))).))..))............))))))))........))))......))))))))))..))))))))..(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((........)))))))))(((((((.......))))).))(((((..(((((......)))))..))).)).(((((((((.(.((((((.....(((....))))))))))))).....(((((.(((((((......((((........))))))))))).).))))....))))))..)).))).)))))).........))))).....)))))))))).)))))...((((.....))))((((..........))))...)))))))))).....))))))))))))...............((((.......)))).........)))))))..........))..)))........)))))))).))).)))))))))))))))...).)))))).......)))).(((((((...)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({..(((((((((...(((((((...((((((((..(({...(((((...((((.(((((((((..((.(({((((.....)))).}}).))..))))}.,}))))...))))...))))).))).))))))))....)))))))..))))}))))),(({.((((...((({..(((((....))))).))))...)))),,),,......{(((((.{..((((((((((((((((((.((((((((.....,..{{{..,{{,.{(((((....)))))},,,,,.{{{(({{{....,,....,}}|,,((((((((((({..(((((((.((((((({,,..(((((((((.((((((..((........))..))))))..((({..{(({((,.,,.{((((((.......))),))}})).||,((((.(((,{,...)}})),))))..))|((((((((.{.(((((((((.{({.......,||,.{,((((((((.((((((.(((((((((((((...{((,......}}),,..(((((........)))))))))))){.{((((((.(((((..{((((((....{{...{{{,...,((((..((((((((....((((((....))))))...)))))))).))))}))..}}..))))))..)))).).))))))}.}......{.,,.((((({{{,,,...,{{(({,..,|.}...},,,}}}}}|}}..|||{,..........,|((((((((..(({,.{{((........(((((((((((....{{{((((...........))))..))).((((((.((({(....(((((...........)))))))))),))))))....))))....((,,(((,,,........}).)))))).{(((((((...)))))))}...((((.(((((.((((((.((((((({{{,.....}},...,,.((((((((..((((.((((((......)))))))))).)))))))).....{((....))}.....................((.((((((...,,{((((....)))|{.{{((,{(((((((((.........))))))))|(((((((((.{..(((((.......)))))..,.))))))))),...}))))..,,,...)))))).})...}))))))..)))))).))))).))))..)))))))....,))))))..)))))))){{{{{..{{{{,,|,,||{.|||(((.{(({......,,,,.,,..||||,,.||,.....))))))...)))..),)))))..))))})))))))))).)).))))))))}..}||,((((....,,..))),.,,,..({{{.{{({(,......))}})}.||.}}},........,{.((((((...{(.{,,..((((((((..,..((((((((({,.(((..(((((((((((.((((({{.,((((.,,...,,.))))..}.).))))).))))).))))))))),))))))...)))....)))})))))...),}),,.)))))).}}}},))))))},))}.)))))))),.{{{.,{{.....,)))}))}}}})))))))))...,|,||,,.,}},,,,,,,,,.((((..,.......)))),)))}},},...{{{,....,|||.{((((..,,........,,))))),,|((((((...{({...})}.))))))}....||{(((((...(((((({((((((...)))))),,,.....(((({{((((.(((....((((((({((((.....))).}}.,{{{{(((,,....,))))))}..((((......))))......)))))))..)))))))))))).....},))))))).))))),..))))))))))))))...,.}))))))))))){(({(((,,.........}))}}}))|||,(({{(,{{(((((((((....})))((((..((((....))))))))....}}}},,...,,}},..,,,.....(((((.....{(((.{,{((({{{{,|{{{{.,.,{.((((((({{((((....((((,,(((((...(((((({....})))))).......((((((((...((((((((((,{,...{{,(((((((({,((,,.{(({{{.....|||||||.(((((({(({,,....|}.,}.})))))),},|}}},,......}},.}))))))))...,...,)))....,.})))))))))..))))))))..(((((((((((((((((((((((((((((.((((({.(((((........)))))}))}(((((((.......})))).))(((((..(((((......)))))..))}.}}.(((((({{(,(.((((((...,.,,,....,,,))))))}}})....,({{((.(((((((......{{((,.......))))))))))).)},})),...)))))).,)}.))).)))))).........))))}....,)))))))))),,))))...((({.....})))((((,{{.....}}))))...)))))))))).....)))))))))))).},....}}}}}...))}}...))))).)))}....))))),)))).,,,,},...)),,))}..,.....)))))))).))).)))))))))))))))...}.)))))).......,}}).(((((({...}))))))...
Back