Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_C3P1_0002500

Sequence Length

1373 nt

GC Content

0.5462

UCUCGCUCUGUCGUCCAGGCUGGAAUGCAACGGUGUGAUCUCAGCUCACUGCAACUUCUGCUUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCCAGUAACUGGGCUUACAGGCACCCACAUCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUGUAGGGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCUGGUGAUCCUCCUGCCACGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGCAUGAGCCACUGCGCCUGGCCGAUAUCUUUUGUUAGUAGGGCAGACCCCAGGGAGGCAAACCUCUCCUCUCUGUCUUCAUCCCACCUCCACCAUCAUCCAGCCCAGAGCUGGGUACCUGGAAACUUCUCAGGGUCAGACAGGAGAGGCUGAGGAAGGCAUCUCCAAGACGCUGAGGGAAUCACAGAUGGAACUCUGCAUCCACAGGAUGGCUACCAAGGCUCCGAGGAGGAUGUAUCCCUCACAGCUCUUGUCCUAAUAGCCCUGAAUGAGGGAAAGGAGUUGUGCAGACAGAAGAAUUUGAUGGCCAGCAUCGAGAGAGCCCGUGGCUUCCUGGAGAGAAAACUUCCCGACAUUCAGACAACCUUUGCCGUAGCCAUAGCCUCCUAUGCACUGGCCCUUGCCAACAGCUCCCAAGCCAACGACUGCCUGGACAGCUUUGCCAGCCCUAGUGGGUGUGGGAUGCUUCUUAAUCAACCUCAGUCAUGGAGUGGGGAGGGGGUGAUCUCAAAUCCAGCAAUGUGUUAUUCAUCACUUAGUGUUUCCUGAGCAUCCACUGUGUAUCACCUCCUGAGCUCAGACCCUGUGAGACCAAGACAAAACCCACUGGCCAGUGGAUGAGCAGAAUCUGGGCUCCCUGUACACCAUUGAGGCCACAGCCUAUGGGCUCAUGCAGAAGCUGGAGCUGGGCCGGUACAAUGAGACACACGCCAUAGCCAAGUGGCUACUAGAGAAGCAGGAGCUGGGAGGAGGCUUCAGGUCCACCCAGACCACGGUGGUGGCCCUUGAAGCUCUGACCCGCUUCCGCGAAGCUGUCCCCUUCAAGGGCAUCCAGGAUCUCCACGUCCAGAUCAGAGCCCCCAAGACAGCCCUGAAUGUGAAUUGGUACAUUGAUCACAGCAAUGCCUACCAACAGCGGUCAGCAAAGUUCCUUGCCCAGGACGACCUAGAGAUCAAAGCCAGUGGCAACGGGAGAGGCACCAUCUCGAUCCUGACAAUGUAUCACAAGUCCCCAGAGUCCCGGGAGGACAACUGCAACCUGUACCACCUGAAUGCGACUCUCCACAGUGCCCUAGAAGAAAAUAAAAAGGGAGGUGAGACUUUUCGGCUCCGGAUGGAAACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-470.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -494.42

Frequency: 0.0000

Diversity: 365.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((..(((((((.(((.(((((.....((((((.((((((((.((.((((....(((((((((((.((....(((.....(((((.......(((((...))))).....))))).....))).(((((.((((((.(((.(((....))).)))..((......))(((((((((((((.((((..........))))...((((...(((.((((......(((((......))))).....)))).))).))))..))))))))))))).....)))))).))))))).))).))))))))..((((((((.((((.(((.........((((.....(((((((.....)))))))...)))).........))).)))).))))))))(((((((((...((((((.((.((((.(((..((......(((....(((((((.(.(((.(.((....)).))))..)..))))))))))((((((((((((.((((..((........)).)))).)))))))))).))..........((((((.....))))))..)).))).)))).)).)))))).....)))))......)))).......)))).)))))(((((....))))).((((((((........((((((((.((........)).))).(((((((((.(((((....((.((((((((........)))..(((((...((((.(((.((((((((((((((((......((...(((........)))...))......))))............))))))))))(((((((((..((((................(((((....)))))....))))..))))))))).)).))).)))))))))))))).))...)))))...)))).))))))))))))))))))....)))))..)))))).(((((....)))))........((.(((((.(((.((((.(((((((.((((((........).))))).)).)))))))))..)))))))).))...((((((........((((.((...(((((........))))).))))))....)))))).((((.(((...(((((((((((.......)))))..))))))..))).))))....)))))..)))..)))))))............(((...)))..(((((((((.....))))..)))))....................(((((((((((.(((((.........))).)).))))...).))))))........((((..............)))).)))))))(((...(..(((....)))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((({{,(((((.((((.(((..(((,..((({((({{{{.{{|,||{((,.....((((((((((({((....(({.....(((((.{({{,.{((((...}))))}}...))))}.....,}}.(((((.((((((.,,{.{{{....}}},}}},,{(,.....))(((((((((((((.((((..........))))..,((((...(((.((((......(((((......))))).....)))).))).)))),.))))))))))))).....)))))).))))))).))}.|||||}}}..,(((((((,(((({((.{,...,..,(({.,,...{((((((,,...))))))}..,}}}}....,,{|||||{},||,|||||}}|,{{{{{,,||{,(((((,.({.((({.(({..,,.{{{{.,,...,}||(((((.,.|||,|,{{.,,..)})}})..)},)))))).}})|||||{{|||||,||,,..,.,||}},..,}}))),.,))))})))).))}}}},.,,..((((((.....))))))|.|||||..,)))})},))))))}....}}}}},.((((((((.....(((({..((((((((.{,(((.,.((.((((((((........((((((((.((........)).))).(((((((((.(((((..,,((,((((((((........)))..(((((,..{(((.(((,((((((((((((,,({....,{(,...(((........|||...|}}.....})))}},...,,},}.))))))))))(((((((((..((((....,{,...,,....{{{{|,...,}))).,..))))..))))))))),)).))).)))))))))))))).)),,})))))...))))))))))))))))))))))).)}..)))......{{....))...))))))))}))))..((.(((((.(({.((({{(((((((.((((({........).))))).))}}))))))))..))}))))).))...((((((........((((.((...(((((........))))).))))))....)))))).))))))))...,((((((((((.,.....)}}}|,.}|||},..}}))).})),..|}|||{.|||.,))}},,,...}}}}}},..|}|.},}))}.{((((((({.....})))..}}})),,..|||..,},..|||{{{.|,|.|}}})),))}},..}}},,,,))),)))))))...))))).,,........((((..............)))),)))))))(((,,,{.,{{{.,.,)))..})))