Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_C3P1_0004600

Sequence Length

1588 nt

GC Content

0.5271

GUCAGCGCACCAGGAUCUUGAACUGGGAGGGAGGAGGGUCUCACUUUCCGGUAUCUAGAUUCCUUAGCGGCCUUCCCCGUGUACUGAGUGGACAGUGGGAACCAGCCAAGCUUGCCUCUCCAUGCCUGUCCCCCAUUCUGUACCUGCCUCCUUCCAUGUCUGCAUGUCCUCAUAUGACAGGCUCUACCUCAGCUGACAUGCUCCAUGACUCAGAUGCCCAGAGCUGGCUCCAAGCCCUGAAGCUCUCCCCGUGGUUCUCAUUUUCUCCGAACAUCCCAGCCCCCACCCCAGUCCUGCCCUGUCCCAUACCUCCCUUGCCCAGGUCUGCUUCAGAUAGAAACAUUAUUGGGCACCUACUGUGUGCCAGACCCUGUUCUUGGAGCUAGGGACCCAGCUAUGAGCAAGGCAGCCUCUCCCUGCCCUGGCGAAGCCCACAGUCUAUCAGGAGACACACACAAUCAUCAAAUAAUCACACAGAACCAAUAAUGAAAUGGCAGUGGUGAUUUCAUGUGGCAAAGGAGAGGUUUACAGAGUCAUGAGAGGCAAAUCAGAGAAUGAUCUGGGCCUGGUGCGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAAGCCAAGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAGGCCAGCCUGGGCAACACAGCAAGACCUCAUCUCUAAAAAAAAAAAUUCAAAAAUUAGCUAAGGGUGGUAAUGCAUGUCUAUAGUCCCAGCUACUCAUGAGCCUGAGACUGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAAGCUGAGGCUACAGUGAGCCAUGAUUGAGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACCCUGUCUAAAAAAAAAAAAAAAAUGAUUUGGUGUGUGGGGUGUAGGUUGGGGAAGGCUUCCCAGAGGGAGUGAUGUAUCCGCUGAGAUGGAAAACAUGAGGGGUGUUUCAGGAUGAAGAGGCAGAAACGAAGAUUCCAGGCUGAGUGAACAGCAUGUGCAAAAGUCUGGUGGCAGGACAGGGAACAAGGCUAACAGUGAUCAAAUGGAGGCUGAGGUGGGAGGAGGUGAUGUGGAAGGGUGUCAGGAUUGAGGCAAGGCAUUUGGUAAUUGAAGCAACGAGGCAAGGUAGUCAGAUUUCUGCUUGCUAAAGCUCUGUGUUGUGAGUGGCAAAGGGGACAUGGGGAGACCUGGAAGGAGGCUACUGCGCUGGUCCAAGCCAGAGACAACAGCAGUGGGGAGCAUGGAGAGAGAGGCGGGAGGAUAGUGGGGAAAGACUGGGGCUGUGAACUUCCAGGUUCCAGAACAAUUGAGAGGCCACAAUGACUAUCAUGGAGGUCUCCCUGCUCACGGGCUUCUACCCCAACCAGGAUGACCUCAAACAGGUAAUGCAGACCCCACCUACCUGCUUCCUGAGCAACCUUCCCAUACUUCCCACAUGGGUGCAGGGCAGUGUCUACUCAAAGCAAGGCUUCUGGGUUAAUGCCCCAUCGUUACUUCUCUGCAUGGCCAAAACCAAACUUUUCCCUGGUUGGGCCUCAGUUUCCCCUAGCAUGGGGUUGAUUGGACAAAGGCUGGAGCUCUAGGGCUACGGGCCUUGGAGACU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-573.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -603.54

Frequency: 0.0000

Diversity: 385.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((...(((((((((.(((((((((((((((....)))).))))))))).)).))))))(((((.(((((......(((..((((((((((.((.....((.(((.((((..((((((((((.....(((((((((((....((((((((((((.(((.(((((((((............((((((..(((....((((.((..((.((((((((........(((.(((..(((((.(((((.((((......(((((((((((...((((.(((((.(((.(((.((((((((((.((((..((((((((.(((((((((.((((((...((((.((......((((((....).)))))......))))))))))))(((((((((((((((((....(..(((((((((.((((..(((...)))....((((......))))...................................(((((((.((....)).)))))))..))))..)))))))))..)....))))...((((...(((((......)))))))))((((((((((((((..((((((..((((((..((((((....((((..((((.(((.(((.((((....((((...(((.(((((...((((((..(((.(.(((((((.................))))...)))).)))..))).))).....).))))))).))))....)))).).)).))))))).))))..))))))..)))).)).)))))........)..))))))))))))))..)).))))))..)))))....................))))))).))..))))...))))..))))))((((((....)))))).......((.((...(((.....))).)).))((((((........))))))............(((((((...((.(((...))).))..))))))).)))))))).)))......(((...))).......))).))))).))))))))))))))))).)).))))).))))).))).)))..))))))))))...)).))))....))).)))))).(((....))).(((((...((((........))))))))).))))))))).))).)..)))))))))))...(((.(((((....))))).).)))))).))))))).))))))))))..))))((((((...(((((((....((((((((..((...))..))))))))......(((.((..........)).)))..((((((..((((.....(((......)))....))))..))))))...((((....((((...........))))..)))).......))))))).))))))...))).)).....)).))))))))))..)))))))).))))).....(((((((.((((.....(((...((((..(((((..........))))).)))).))).......)))))))))))....)))......)))))((((((((((((...)))))))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((.,,(((((((.(((((((((((((({....}))).))))))))).)).)))}}))}..}}(((.(((((..(((.(,..,,}|})}..))))}.,,}||..((((..((((((((((...{,(((((((((((....(((((((((((,,(((.(((((((((......,,{{{{{({(((..(((..,.((((,((,.{{.((((((((.,,,,,({{((.,{{,.(((({.(((((,(,({......(((((((((((...((((.(((((.(((.(((.((((((((((.((((,.(((((((({(((((((((.((((((...(({{{((......((((((....).)))))......)))))))))))){(((({((((({({(((....{..(((((((((.((((,,(({...}})....((((......)))).........,,......,,{{,,.,,...{{{...,{{,{{|,|,..}}))})))},})},))))..)))))))))..}....)))},..((((...(((((......)))))))))((((((((((((((..(.,{,..((((({....})))))...({{(.,,....}}}}.(((((((.,,,,,.,,,.,,)))))))...((((((..(((.{.{((((({.................})))...}))).)))..))).))),,.{{{((,((({(.{....}})}})).))))),,|{.(((({.,(((((((....))).)))).,))))).))..}..))))))))))))))..,),))))))..))))}....................))))))).))}.)))}...)))),,)))}})|{((((,...)))))}.,,{{.{((,{,....||},..,))).}},}}|(((((........)})))},...,.......(((((((...((.(({...})).)}..))))))).)))))))).)))......{{,...,}}.......))).))))).)))))))))))))))}).)).})))).))))).)))}))),.)))})))))}...}).}))}....))}.}}}}||.,||....))),|{{{{...{{{{........))))))))}.))))))))).)}),),.)))))))))))...(({.(((((....))))).).},)))).)))))))}))))))))))..))))((((((...(((((((....(((((((({,({...,,,,))))))))......{{,,{(,,{.,.,{{,,..)))}.((((((..((((.....(((......)))....))))..))))))...{(((.,..{{{{...........))||||}}}),,,....))))))).))))))....,)||||,{{{||,||,,.|||||{{||..,)))).)||||...,}))),,..,,,,,,.,,}}},..((((..(((((..........))))).)))){(((((.((((......))))..)))))}......)))))((((((((((((...)))))))))).))