Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CADPS2_0005200

Sequence Length

1138 nt

GC Content

0.4297

GCCUGAUGGAAUUGGGACUGUUUCAGUGGAAGAAAAAGAAAGAUUUGAGGAGAUAAAAGAGAGACUCUCUUCCCUUUUAGAAAAUCAGAUAAGCCAUUUCAGAUACUGUUUUCCCUUUGGACGACCUGAAGGUGCUCUAAAAGCUACACUUUCAUUACUUGAAAGGGUUUUAAUGAAAGAUAUUGCCACUCCCAUACCAGCAGAAGAGGUGAAGAAAGUGGUCAGAAAAUGUCUCGAGAAAGCUGCCUUGAUCAAUUACACUAGACUCACAGAAUAUGCCAAAAUAGAAGGCCCAGCAGAAAAGGAAACAGAGACCAUGAACCAGGCAUCUCCUGCUAGAAAGCUGGAAGAGAUUCUUCAUCUGGCAGAGCUCUGCAUAGAAGUCUUACAGCAGAAUGAAGAGCAUCAUGCAGAGGCAUUUGCCUGGUGGCCUGAUUUAUUGGCUGAACAUGCAGAGAAAUUUUGGGCUUUAUUUACAGUGGAUAUGGACACUGCACUAGAGGCUCAACCGCAAGACUCCUGGGAUAGUUUUCCUCUUUUCCAACUGCUUAAUAAUUUCCUCCGAAAUGACACACUUUUGUGUAAUGGAAAAUUUCACAAACACUUGCAAGAAAUCUUUGUACCCUUGGUUGUCCGCUAUGUGGAUCUCAUGGAGUCUUCCAUCGCCCAGUCAAUUCACAGAGGUUUUGAGCAGGAGACAUGGCAGCCUGUCAAGAAUAUCGCCAACAGUCUUCCCAAUGUAGCUCUUCCAAAAGUUCCAAGUCUGCCUCUUAAUCUUCCACAGAUUCCUAACAUUUCUACUGCUUCGUGGAUGCCUUCUUUAUAUGAGUCCACCAAUGGCUCAGCAACAUCAGAAGACCUUUUUUGGAAGCUUGAUGCACUGCAAAUGUUUGUCUUUGAUCUGCACUGGCCAGAACAGGAAUUUGCCCACCACUUAGAGCAAAGACUUAAACUAAUGGCCAGUGAUAUGCUAGAGGCCUGUGUCAAAAGAACAAGAACUGCAUUUGAACUCAAGCUACAAAAGGCAAGCAAAACAACUGACUUGCGCAUUCCAGCUUCCGUUUGCACUAUGUUUAAUGUAUUAGUCGAUGCCAAAAAGCAAAGCACCAAACUCUGUGCCCUGGAUGGAGGACAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-297.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -319.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 332.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.....(((.((((((((.......(((((((.........((((((.....((((((.(((......))).)))))).....)))))).((((.((((((.....(((.(((....))).)))))))))).)))......((((((((((((((((((....))))...))))))))....(((.............))).....((.(((((...((((..((.....(((.((.(..((((((.((.((........................(((.........)))..(((((....(((((.((((.(((((((.(((((.(((((.(((....))).)).))).......((((.(((((((((((((((.((.(((((.((......)))))).).))))))))).)).)))))).))))))))).)))).)))(((......))).......(((((((((.....(((((........))))).....)))))))))....((((((........)))))).)))))))))..))))).....(((((....)))))........((((((.(((.....))).))))))..(((((..(((((((((((....(((((((...((...(((((.(((...)))...))))).)).)))))))...)))))))))))..))))).)))).)))))).).)).)))...))))))....)))))))..)))))))))))))..)))))))).)))))(((((..((((((((((............(((((......)))))...(((((.....((((.(((....)))))))........))))).........(((((((.(((((...((((.(((((((((((......(((((((((....(((..(((((.(........).)))))..))).......)))))))))....(((.(((..(.((((....((........))))))..)..))).)))....)))))))))))...........)))))))))..)))))))..(((.((((............)))))))(((......)))..((((........)))).)))..))))))).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..,,,(((.((((((((.,.....(((((({........,((((((,,.,.{{{(((,(({..,}))))}.)))))}.....))}}}}.{(({.{(((((.....(((.(((....))).)))))))))},}}),,...{((((({((((((,,,,,|}}},)}}}..,}}}}}}}|,,,{((({{{{....,{{{..,......||}|,,|,.}}||||..,,..|||||{.{{.{..((((((.((.((............,,,..,......(((,.......,|||,.{{({{....(({{{.{({{.{{{{{{(,(((((,{{({({((({{,..,}.|||{||..,,}}.|{||,|||||{{((((((((.((.{((((.((......)))))).}.)))))))))),}.}})))),))))))))}.}}}}}}))|{{....,,}}),,.....(((((((((.....(((((........))))).....)))))))))....,,|,,,..,|||..}}},}},))))}))))..|||||,,...{{{{(,,,.|||}|,{{{{{,...|)))}.{{{{{,.||||}},,....{{(((..({{{{{{{{{|,...{{{({,({{(((...|}|||},,|,{|||},.,))))).,,.}})))),.,,}}})))))))),,))))).)))).)))))),|,}}.}}}...})}}},,},,))))))}..)))))))))))))..)))))))}.))}))(((((..((((((({{{............(((((......))))).,.(((((.....((((.(({....}))))))........)))))........{(((((((.(((((...{(((,((((((((((({.,...(((((((((....(((..(((((.(........).)))))..))).......))))))))),,,.(((.{,|}},,|||||,..}},.}},,...,)))),})..})),))),.,,})))|||||||.......,}.})))))))}}}.)))))))|.,{(,{{{,,{{{{...{{{{|,,,.}}|||....,,)))..((((........)))).}}),,))))))).)))))