Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CADPS2_0008200

Sequence Length

514 nt

GC Content

0.3988

AUAACACUGAAGCAUCAUGUUUCCUAAUUGUUUUUUAAAUCAUGUGCCUUGUUGAUGCAAAUUAGAUAUUAUUUUAAAAGAAGAAUCAAUUUGUUCUUUGGUUCAAAGACUUUCUCACAGACAAGAGCGCAGUCAUACAUUUGAUAACAGUUCCUACUGUUUCCUGAAAAUUAUAUAGCAUAUUGUGAUUUAAGAUAUAAAAGGGGAGACUGCGCCUUAGGACUUGCCUGGACAUGAGAUCUUUUGCAUAGACUUGGUACCUAGGCUUAUGGUGAACCUAGAAAUGUGGAGGUGCCCUGAACAAAAGGUAGCAUGGAAUGAAUAAGCAAAGUCUUUGGGAGGUGAGGAUUUUUCUUGGCCUUCUAGUUGCCAGGUUCCCAGGUUUAACCCCUGUGUUCUUAUUUUCAGAGCCUCAGUUGAAUGGGGUAGAGAUGCUUUCCCAGAGGCCCAGACUGCCUACUGUCUUUGAGAGGAGAAGUUGUACUGUGGCAGUCCUUAUAUCAUUAGGAUGUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-135.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -145.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 81.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((...((((((...)))))).......(((((((((....(((.((.(((......))).)).)))...))))))))).(((((((........)))))))......(((((((.(((((..((.((((((........((.((((((....))))))))((((((((((((........)))))).(((((.(((..(((((.......((((..(((...((((((.((((..((((((((..(((....(((((((..((...(((.....))).....))..))))))))))..))))))))..))))...................(((((((((.((((....)))).)))))))))...))))))))).))))....))))).)))))))).)))))).(((((.......(((((.((.....)).))))))))))...))))))))..))))).)))))))....)))))((....(((.((((.........)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((...((((((...}))))).......{{{{{{{{{..{|{{,..{{{(,...}}}},,,}||}},...})}))}}}}.(((((((........))))))).....{(((((((.(((((..((.((((((........{{.((((((....))))))}}((((((((((((........)))))),(((((.{({..(((((....,,.((((..(((...((((((.((((..((((((((..(((....(((((((..((,,.,((....})}}.....))..))))))))))..))))))))..))))...........,.......{((((((((.((((....)))).))))))))}...))))))))).)))).,..))))).))}))))).,))))).(((((.......(((((.((.....)).))))))))))...))))))))..))))).))))))},,..)))))((....(({,((((.,.......)))))))))