Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CADPS2_0010400

Sequence Length

427 nt

GC Content

0.4403

AUGCAGAUCGUUUUCAGAAACAUGGUAUGGAUGAGUUUAUUUCUGCAAACCCCUGCAAGCUUGAUCAUGCCUUCCUUUUUAGAAUACUCCAGAGGCAGACUUUGGAUCACAGACUGAAUGAUUCCUAUUCUUGCUUGGGAUGGUUUAGCCCUGGCCAAGUCUUUGUGUUAGAUGAGUACUGUGCCCGUUAUGGUGUGAGAGGCUGUCACAGACAUCUCUGCUACCUUGCAGAACUGAUGGAACAUUCAGAAAAUGGUGCUGUCAUUGACCCUACCCUGCUCCAUUACAGCUUUGCAUUCUGUGCCUCUCAUGUGCACGGCAACAGGCCUGAUGGAAUUGGGACUGUUUCAGUGGAAGAAAAAGAAAGAUUUGAGGAGAUAAAAGAGAGACUCUCUUCCCUUUUAGAAAAUCAGAUAAGCCAUUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-108.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -117.23

Frequency: 0.0000

Diversity: 148.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....))(((.((((((((...(((((((.((((((......((((......)))))))))).)))))))....))))).))).))(((((((.....))))))).......((((((.(((((...........))))).))))))((((((...((((((...(((..((.((..((((..(((((((...(((((((((((((...))))..(((((......))))).((((........))))..(((((.((..................)).)))))((((.........)))))))))))))))).))))..))))..)).))..))).))))))...)))).))..((((..(....((((((.....((((((.(((......))).)))))).....))))))...)..)))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,(({{{{{((,((((((({...(((((((.((((((......((((......)))))))))).)))))))....}}}}}.)}}.,}(((((((.....))))))).....,.{{((((,{{{{{,,..,.,}},{|||||{|||||,{{((((,,,((((({.,,{{{..{{.((..(((({,{{{{,,,,,,((((((((({{{{,{{||||,,(((((......))))).{{{{,,...,..))})..,{{||,{{||{,{{,{{.....,,,.}.|||||||,,||...,,..,}|||||}}}}}}}),),))))},}))),,}),)),,),}.)))}}}...)))),)}............,((((((.,.,.{{{((({((,..,}))))}.)))))}..,,,))}))),})))}))))}}