Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CADPS2_0013500
Sequence Length
2839 nt
GC Content
0.3332
UGAUCAUCUCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUCCAGGUACAAGCCACUGUGCCUGGCCUAGAUUUAGAAUUAAAUUAUACAUUUUAUUAUGUUCCAUUACAAUUCCAAAAACACCACUUUUUCCUGACUAGUUUUCAGUUCACAAUACCUUCCAAUAUUUUUGCUUUACCUUUUUCUCCAAGUACUAAUAUAUAAAAUAUAAAAAUAUCUUGCCACUUACAUAAGUCAGAUAUUUUUGUGAAGGUAAGAGUGUCUUUGUAAUGGGAAUAAUAACUCCCUAAUUAGUUGUUUCCUAAGUUAUUGUUUUUGAUUCUUUGUUAAUUUUGUUUGUUUCCAAAUUUCCUUGGUAUUUUGAUGGCUUUCUUAUAACUAUGGUCACAUCAUAGCUAUCUGUGUAUCCUGAAAGGGUAAGCCUGGUUUCUCCAUGGCUCUGACAUCUGUGUCCGUAACAUAAUGGGGUGCCUACUUGCAUGAGGGGAUGUUUACUGUUUCUUGAGUGUUUUCAGUGGAGUGUAUGACAUUUAAAAAUCAAAUGUCAUUUGUUAUGGUAAGUGGAAGAGGAUACAUUUAAGAGUACAAGUUGAGUUAUGUGUGCUGUUAAACUGUUAGUUUUUUUUUAAGACGAUAAAUAUGUGGCUUAUACUUUCAAAAAUAGUACAUUUUCAAAUAUGGCAGAAUAUUUACUGAAUUGAAAUAAAUUUCGUGCCAAAAUACAGAAGCAGUGACUCUGUGCCACACACUGUGGAAGCCAUUUUAUACGUAUUAUGAAGACACUGAGUCAGAAACAAAAAAAUGACAAACAAGGUUAGAAUGGUAAAGGGGACAAAUUUGUUAAAAACUUGGAAAAAGGAGUAGGGUUUUAUUAGAUUGAGAAAUAUAUAGAAAUGGAAUUUUAAACAUAAAGGUGAUAUUUUUCUGCUUGGCAGUUCAGGUGAAGAACUGAAUUAAAGUGGGUGAGUCUUGCUGGAUGGUCCGUCUGGAGUACUUUACACAGCGGUAGCUAUAGAUUGCAGCUAGUCAUUGAUGGAAAUGUUUGUGAGCCAGGCAGGGAAGGCAGACCUUCCCAUGCCCUUCAUCUCUCUCCCAGCAGGUUCCAGAUUGUUCAUGUGGUGAUGUGUCAGGUGACUUUUUUUAGUCAGGUUUUUAAGAUUCUUCCAAAUAAGAGAAGAAGAUGAGAAACUUAUGAAUUAGCUGCCCAAUAUAUUUUCUAUUAUUUCAAUAGUUGAUGAUAAAAGUAUUACUUUGUAGAGGUCCCCUGGUGUUGAAUAAUUAUAACUUAAGGAUACAUAAGACACAUUUCACACAGUGUGUUUACUUGCAUACCCUAACCCCAUCGUCAUAGUUUCUUCUUUUCUUUUCUGAAAUGUAGUGAAAAGGACUUACACAGUUUUUCUCAUACAUAUAAAAGUUAGACUUGCUAUUUGGAAAGUUCAUAAAGCAAAAUUAAAGGAUUGAUCAAAAGAUUUAAAUUGGUAGUUUUGGCUAGUCUUAAAGGUAAUAUUAAGAAUUCCUUUUUGGCCAAUACCUAGAAAUGCCGAAUAAAAUAUAGUGCCCAUGUUUUUAAAUACGUAGGUCAAGUGAAGGAAAAAAAAGAAAAACUUUAGAGACCACAAACACCUAGAAUGGUUAUGAUUGUGAGUUGACAUUGUGGCUACAAUAGUGCUGGAGUUUGAAAUUAGUGGAUGUUGAUGUUGUUAGGUAGGCACUUGAGAUUUUAUUGCUCAUGCAGAGAAAGAAGAUGUACCAUGAGGUAUUCUUAAAGUGGGUAUUUGGAACAGAGAUCUUAUAAAGAACUUAAAAGAACUAGAUCUCUGUGAAAUGAUGGGCUAGAAAAAAAAUCUGCCCUUGGGCAAUUAAUCUUGUGUUUGAGCUGAAGCUCUGAAUAUGCAGGAAAAUUAACCCUCAGAAUUUUUAACUGUUAGCUUGUACUUAAAGAAUGUCAAAGUCCCAGUUUAUUUUAUUAAAUAUAAGGGAAAUACCUAAGCUAGGAAAUUAACAUAAAAAGCAAUCCUGGAUUGGUGAUGACCAUGGAGCAGCUGGCAUUUUUAAAAAUUGCUUUUUAUUGGAAGGUGAGCCCUUAAGCUAGGCUUUGUAGGAUAUCCAGAGAUAACACUGUGUUUAUUAUUAGCUCACAAUCUAAAAUUACAAAACUAAAUUGAUCAUUUACACCACUAAGAAUUUCAGCAAUACAGCUCUCACAUACAUAAAUUAUAAAAUAAUUUUAUUUAAGGUGAUGAAAUUUAUAAGCAGGUUCAAAAAUAUAAUAAAAAACAAUAACAAAAAAGAAAAUAACAGUAUGCAAAGUGAACCAGCAGAUUUGGAAAAGGAUCAUAUAGAACUUCCAAAACUUCAAAACACAGUCACUAAAAUUAGAACCUCCAUAGACAGGGUAAGCAAUAGGUUAGACACAUCUGAAGAGAAAAUUUGUCAUGUAAUUAAUGAUGGAAUAUUGGUUAGAAUCUGAGGAAGCUGCCUAGAACUCAAAAUGAAGAGGUGAAAAAAAUAUACAUAAAGAAAUUAAAAGAUAUGGAGGAAAGAAAGCUUCAAGAUUAUUUCUGAUAGGAUUUGAAUAAAGGCAUUAAAUAAAGGAAAAAUGUGACAGAGGCAACAUUUAAACAGAUAAUGGGAAGAUUUUUAAAUUGAUAUAGUCAUGAAUUAUCAGAUAUAAGAAAUACAAUAAGUAUUAACCAUAACUCUUUAACUCCUAGAAAUUUCAUGAUGAAAGUGCAAAAUGACAAAGAUUAAGAGAACAUGUAAGAACAAUCAUAAAGAAGAGGCAAAUAGGCUGAGUAUGGUGGCUCACACCUGUAAUCUCAGCACUUUGCAAGGCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-665.64 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -721.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 584.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.....)))(....((((..(((((((((((((((.(((((...(((((((((((.(((((((((((((....)))))).......(((((((.(((((((((((............((((((...((((.......)))).......(((((((..(((((..(((((.............)))))..))))).......((((((((((((.((...........)).)))))))))))))))))))))))))...))))))))))))))))))(((.((.....(((((((......(((((((((((...(((((((((.((((((...((((....(((((((.(((((((...((((((((((((((((..((..((((((.......((((((((((...(((.....)))(((..((((((....(.((((....)))).).......)))))).))).....((((.(((((((.(((((((((((((.((((((((((.....(((((((((((((.......))))))))....((((.((...(((((((((((((((((((.((((((.((......)).)))))).))))).)))..)))))))))))..)).))))....(((((((.((((.........))))............(((((((((((((.(......))))))...))).)))))...((((((.........))))))(((((...))))))))))))..)))))......)))))))))).)...)))))))......(((((((....(((..............)))...)))))))....(((.....)))((((((..(((((((((((((.((((((.((((((((((...............(((((.((((.(((((((...(((((((........))))))).))))))).)))).)))))..((((((((.(((..(((...))).))))))..))))).....(((((((((((((......))))...(((((...(((((((((((....))))))).)))).)))))......((..(((.((((((.((.....)).))).))).)))..))(((((......)))))(((((((....(((((((......).))))))....))))))).....))))))))))))......)))))))))))))..)))))..))))))))...)))))).))))).))))))).)))).................)))))))))).((((..((((...((((((((((((((((.((((((.........(((..(((((.(((((((.((((((...(((((.(((.(((((((.....))))))).))))))))..........(((((((((((((((((...(((...(((.............((((....))))....((((((((.((((((((....(((((.(((.......)))))))))))))))).)).......))))))...........)))..))))))))))))).)))))))......)))))).)))))))))))).....))).......(((......)))..((((((((..((((...(((((.........(((((((((((....(((((((.(((((((....((((..((((((..((((((..(((((((((((........((((.(((((....))))))))).......)))).....((((((((((.....................))))))))))........((((.(((.......)))))))..))))))).))))))))))))((((....))))......((.(((.........))))).(((((((((.((((((((.((.((........((((...((((....(((((....)))))...))))..((((....((((((..................))))))...)))).))))...)).))))))))))...)))))))))........(((((..(((((((((.((((...))))...)))(((..((.((......)).))..))).....))))))..)))))..........))))....))))...))))))))))))))))))))).........)))))........((((((....((((((((......))))))))))))))((.((((((...((((................................))))......)))))).))((.((((((...((.((.....)).)))))))).))))))..))))))))(((....))).............)))))).)))...)).)))))))).)))....))))...)))).........))))))..))..)))))).....))))))))))((((.....(((...)))..))))..........................))))))).)))))))(((((((((...((((..((((...(((((((..(....(((((............))))).....)..))).))))...))))))))..)))).)))))...........((((((((...((((....(((((((((.....))))).........))))......)).))...))))))))))))..)))))))))))))))....))))))).))))))))))).....))..))).....))))))).)))))))))))...))))).)))))))))))))))..))))...)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.....)))(.,..((((..(((((((((((((((.(((((...(((((((((((.{((((((((((((....)))))).......{((((((.(((((((((((............{{{{{{...((((.......}))).......(((((((..(((((..(((((.............)))))..))))).......((((((((((((.(..{(({....})))})))))))))))))))))))})})))...)))))))))))))))))}{({.,,.....{((((((,.....((({(((((((...((((((((,{((((((...((((....{((((((.(((((((,,,((((((((((((((((,,{(..((((({,,.....((((((((((..,(({{,,{((((((.....}}|.}}}},.{{({...,|||}.,...,,,.}}}}}},})),....((((.(((((((.(((((((((((((.((((((((((.....(((((((((((((.......)))))))),...((((.((...(((((((((((((((((((.((((((.((......)).)))))).))))).)))..)))))))))))..)).))))....(((((((.{(((.........)))}............((((((((.(((({,,.....,.},))}}}))).)))))...((((((.{......,))))))(((({...})))))))))))..})))).,....)))))))))).)...)))))))......(((((({....(((....,.........)))...})))))}....{((.....}}}((((({,.(((((((((((((.((((((.((((((({{{.........,,,...(((((.((((.(((((((...(((((((........))))))}.))))))).)))).)))))..{{(({(((.(((..(({...})).))))))..)))}}.....((((((((((((.,,,{{,...{...{{(((...(((((((((((....))))))).)))).)))))......{{,.(((.((((((.((.....)).))).))).)))..}}{((((......))))|(((((((.,..(((((((......).))))))..,.))))))),})),}))))))))}}}......)))))))))))))..)))))..)))))))).}.)))))).))))).))))))).)))).............}}}.)))))))))).((((.{((((...((((((((((((((((.((((((.........{((..(((((.(((((((.((((((...(((({,(((.(((((((.....))))))).))))))))..........(((((((((((((((((...{{,...{{{..,,,....,,||{{{(....)))),...{(((((,{{(((({((({{..(((((.{,{.......}},)))))}}))),,,,)}},}}}..))))))...........}}}..}}})))))))))).)))))))......)))))).))))))))))))...,.}}|.......,{(......))|,.((((((((..((((...(((((,,....,..(((((((((((....(((((((.(((.((((.,,(((({({,,{{{{{{{{{(({{.((((,,..}}}}.}}},.{{{{.(((((....))))))))).,|}||,||||{{,..((((((((((.....................))))))))))........((((.(((.......)))))))..(((.|{{,..(((((((({,((((....)))).,,,,,})))))).,,,,..)))..,,(((((((((.((((((({,({.{{.......,{{{{...((((..,,(({{{....))))}...)))}..,,||,,..((((((..................)))))).,||||,.}}))}}.}}.))))))))))...))))))))).}},,,..{((((..(((((({{{,(({{..,)}}}.,.}}},{{.,|{.{|,,....)),)),,}}},....))))))..)))))..........}},..,,,},)))}.)))))))))))))))))))))....,},..|}}}}........{(((,....|{(((((((......)))))))))}}},,((.((((((...,(((................................,)))......)))))).)){(.((((((...(,.((.....)).)))))))).)}))))..))))))))||{....}}}...,.....,}..)))))).)))...)),}))))))).)))....)))},}.))))...,...,.}))))),.,}..)))))).....)))))))))){{{{....{((.....,..}))}}.....................,,,..))))))).))))))}{{{,{((((..,{{{(,,(((,..,|{{,{({,.,....||{{|...........,|||||.....,.,},)}))))...}}}}}}}},,}}}}.||}}|...........{(((((({.|.{{|{,...{{{{(((((.....))))).........)))),...}},}.)).,.}))))))))))}..)))))))))))))))....))))))).})))))))))).....,}..))).....))))))).)))))))))))...))))).)))))))))))))))..))))..,)
Back