Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CADPS2_0015200

Sequence Length

821 nt

GC Content

0.4214

GAAAGAAAAUUCCCCAAAUUUAUAGCAAAAGAUAUGGAGAAUAUGUAUAUAGAAGAGUUGCGGUCUUCAGUGAAUUUGCUAAUGGCCAAUUUGGAAAGUCUUCCAGUUUCGAAAGGUGGUCCGGAAUUUAAAUUACAAAAAUUAAAACGUUCACAGAACUCUGCAUUUUUGGACAUAGGAGAUGAGAAUGAGAUUCAGCUGUCAAAGUCCGACGUGGUACUGUCAUUCACCUUAGAGGACAACUUUAUUUUAUGCUUAUGACAUCAGCUACAGAGAGACUGGGGAAGAGAAGAUGAAAAAUAGAUUGUCAUAAUGGAAGUGCAAGGCCUGAAGUCAGUUGCUCCCAAUCGAAUUGUUUACUGUACAAUGGAAGUGGAAGGAGAAAAACUUCAGACAGACCAGGCCGAAGCCUCAAGGCCACAAUGGGGGACUCAAGGAGAUUUCACCACCACCCAUCCUCGGCCUGUGGUCAAAGUGAAACUCUUCACAGAAAGCACUGGAGUUCUGGCCCUGGAAGAUAAAGAACUGGGAAGGGUGAUAUUAUACCCAACUUCUAAUAGCUCCAAAUCAGCUGAAUUACACCGAAUGGUAGUUCCAAAAAAUAGCCAGGAUUCUGACUUAAAAAUCAAACUGGCAGUGCGAAUGGAUAAACCAGCACAUAUGAAGCAUAGUGGAAAAAUGGAAUUAUAAGAGAAGCAUAAAAAAAAAAAAACAAAAAUUGGCUGGGCACAAUGACACAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCGGAUCACCUGAGGCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGACCAACAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-196.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -212.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 252.54

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((.......((((((((((((((((.....((((((...((((...........)))).)))))).....)))))).)))...)))))))....)))))(((((.....((((((((..(((((....................((((...))))(((.(((((((.......))))))))))....(((((..(((((..((((..(((.((((.(((((((..((((((((.....)))))((((((((((......((((((.....((...(((((...(((((..............((((.(((...(((((.....(((((((...((.((.(((.....(((((.......))))).....))).)).))....)))))))...(((((((((((.(((....)))....(((((((...................)).)))))..))))))..)))))...(((((....))))).....)))))...))).))))(((((...........)))))..(((((......)))))..))))).....)))))..)))))))).............(((((((((.......(((((.....(((........)))..))))).((((...(((.....))))))).((((...)))).........))))))))).....)))))))))).....................)))...)))))))..)))))))..((((((....))))))))))..)))))..))))).((((....)))))))))..))))).)))....))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({{{((...{{,.(((((((({(((((((.....((((((...{(((..,........)))}.)))))).....))))))}.}},..})))))),...)))))(({{{.....((((((((..((((({...,......,.,,.....((((.,,|}}}(((.(((((((.......}))))))}||,{{.{{{{{{,((({{..,{{{{,|||,{{{..{{|||{||.,,.,,{{{{{{{,}||||(((({{{(((.,..,.((((((.....,|}.}|||{{...{,|||,|,,,,.,.,,.}}|||,.,,,,,.(((((..,,,(((((((...((.((.(((.....(((((.......))))).....))).}).))....))))))).,.(((((((((((.(((....)))....(((((((......,|,,...,,.,,.)).)))))..))))))}.,))))...(((({....))))).....))))),,}}))}})}|(({{{...........}}})}..(((((......)))))..}}}}}..,,,}|}||..,}))))|||||,{..,....,|||||||{{.......(((((,,{,.{,,......,,)),..))))).((((...(((.....))))))).{{{{...}}}},,.......))))})))}....,}}}},,,,,................,||{{{{{{{,,,.||,....|||||||..{({((|,.,,})))))}}}},}))))},})}}))}}}}|.}})))}))))))..)))),,)))..,.}}}.))