Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CADPS2_0015400

Sequence Length

608 nt

GC Content

0.4194

GAAAGAAAAUUCCCCAAAUUUAUAGCAAAAGAUAUGGAGAAUAUGUAUAUAGAAGAGUUGCGGUCUUCAGUGAAUUUGCUAAUGGCCAAUUUGGAAAGUCUUCCAGUUUCGAAAGGUGGUCCGGAAUUUAAAUUACAAAAAUUAAAACGUUCACAGAACUCUGCAUUUUUGGACAUAGGAGAUGAGAAUGAGAUUCAGCUGUCAAAGUCCGACGUGGUACUGUCAUUCACCUUAGAGAUUGUCAUAAUGGAAGUGCAAGGCCUGAAGUCAGUUGCUCCCAAUCGAAUUGUUUACUGUACAAUGGAAGUGGAAGGAGAAAAACUUCAGACAGACCAGGCCGAAGCCUCAAGGCCACAAUGGGGGACUCAAGGAGAUUUCACCACCACCCAUCCUCGGCCUGUGGUCAAAGUGAAACUCUUCACAGAAAGCACUGGAGUUCUGGCCCUGGAAGAUAAAGAACUGGGAAGGGUGAUAUUAUACCCAACUUCUAAUAGCUCCAAAUCAGCUGAAUUACACCGAAUGGUAGUUCCAAAAAAUAGCCAGGAUUCUGACUUAAAAAUCAAACUGGCAGUGCGAAUGGAUAAACCAGCACAUAUGAAGCAUAGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-146.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -158.45

Frequency: 0.0000

Diversity: 130.59

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((......)))(((.......(((((((.....((((((...((((...........)))).)))))).....)))))))...((((.(((((.(((((...(((((((..((((((((((((((....((((.....)))).....((((...)))).......))))))))...(((..(((.(.(((...)))..).)))...)))((((......))))...)))))).)))))))..........(((((.....(((((((...((.((.(((.....(((((.......))))).....))).)).))....)))))))...(((((((((((.(((....)))....(((((((...................)).)))))..))))))..)))))...(((((....))))).....)))))((((((((((((((((...........)))))..(((((......)))))..........((((.......))))(((((((........))))))).........)))))))))))))))).....))))).)))).((((...(((.....))))))).((((...))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((......)))(({.......(((((((.....((((((...((((..,.....,..)))).)))))).....)))))))..(((..(((((((..((((((((({{((..{{(({(({((((({{{{,,.,,.....},}},,,..{{{{.,,|}}}.,||,,,||||}|||...{((..{({,{,(((...}}}..|,||,...}}}||||......}})),,,)))))).}}}},||||,,....,.|||||}.{{{(,(((,({,{{({((.(((.....(((((.......))))).....))).||,||....,)))),}.,.(((((((((((.(((....)))....(((((((......,{,....,,....)).)))))..))))))}.,))))...(((((....)))))....,))))),}),))),))))))))))))).......{((((.(((((......)))))...)))),.....)))))))..)))(((((((........))))))).........(((((,,{,.{,,......,,)),..))))).((((...(((.....))))))).{{{{...}}},}.))