Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CADPS2_0019000

Sequence Length

427 nt

GC Content

0.3419

GUAAGGGAACUAAGGCACAUGAGUUUAGAUAGGUUGCCUAAGUUGUAGAGCUAGUGUUAAGUACAGGAUUUAAACUCAGGCAGUCUGGCUUAAAAAUUAAUUAAACUUGCAAAAUUCAACAAUUGCUAUUCCUGGUAAAACUAACGAGACUUAAGACUGUGAAAAUUAUAUAAAACAAAGCUUUGUUUUUAAAUAUAAAAAUUUAAAGCUCCAUCAGAUCUGAAUGAAGGAAACUUUGUGAACAGAUAUGCUGUAUGGGCUGCUUUGUUUUUCAUUGUAUGAAAUAUCCUAAGGAAAGUGAUAACUUAGGAUAUCAGAACUAUAUAAUGAUUAAACUGUCCUACCUUGGGGACAGGAUUUAUUUUUGUGUGUGCCGUAACCUGAAUGUUUGUGUUCCCCUUGAGAUGUUGAAAUCUUGACCCCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-96.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -105.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 97.02

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(....(((((...(((((((((((((((((....((((((.(((....))))))......)))....))))))))))..(((((((......................((((..........)))).....((.((.......)).)).....)))))))...........((((((((((...(((((((....)))))))....(((.((((((((((((.((((((....))))))...)))))...))).)))))))))))))))))((((((((((..((((((((((...........))))))))))......)))))))))).....(((((((......))))))).............))))))).................))))))((((.(..(((((....)))))..)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,..((((((...(((((((((((((((,((((((((((.((((.,{{{.{{.{({{....}))}},.)))})))).))))|||}}},}|,..........,,,,,,,((({..........||}},....,|}||,......}}.}},,...,,,,}}},..........((((((((((...{{{{(((,,..}}}}})).,,,(((.((((((((((((.((((((....))))))...)))))...))).))))))))))))))))}((((((((((..((((((((((...........))))))))))......)))))))))).....(((((((......)))))))..,,.,.,,,,,,)))))))...........,.,,..)))))){{((,(,,{{{,,.,,,))))),.,}}})