Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CADPS2_0019300
Sequence Length
2105 nt
GC Content
0.3558
CUUAACAAACAACAGUUGCAGUUACUGAAAGAACGGUUCCAGGCCUUCCUCAAUGGGGAAACCCAAAUUGUAGCUGACGAAGCAUUUUGCAACGCAGUUCGGAGUUAUUAUGAGGUAAGUUUGAAGAGCUUUGUUUUUGGCUUUCCGAUGCAUUUUAAAAGGAGUUUUAUUAUUUUUAUGGGUUUCUCAUUUUAAAGAAGCUUGCUGGUCUGACAGGAAGGCUGUGAAUUUGCAACCUUUUUGAAAGCAUUGUCAGUUCUAUUUAGCAAUUUAAAAGCUCUAAUUCCACAGCCUGGUUUUGAGAGAUAAACAGAAUCGAAAUUAGUCACAUCUUUUGAGGAGAAGUAAACUAUUUAGAAAAAUCUUCUGGCAGUGAUUGAUACAGCUGACUAUAGCUAUCUUUAGGUCCACAUGUCUAAAUUAUCCUUUUAAAUCUGGAUUUCAAUAGUAAAUUGCUAUCUUAUGCAAUUUUGUUCCCUAAGCUUUAUAAUAAUUAAAGCUAGUAACUAAUUUCAAGAGGAUGAAUUGAAUUCUCUUUGCUUCCUAAAGAAAUAAUACUACCAAUACCAUUCUGCUGUUUCUUCUGAUUCUAGCUUGUGACUCAUAGGAGUUUCUCUAUGGAUUUCCUAUGAGCACCAGUUUUCACACAUGGUCAUUAACUGCUUCAGUGAGUUGCCACUAGCUGUUAGUUUAGAGAAUUCACUUUUUGCAUAAGCAAUUCAGAGUCAUUUGAGGGAAUGGAUUCCUUUCAUUGUGCAGGUACUCAACACCUUUCAGCUGAAGAAGCAUAAUAUGCGAAUAUAUAUUAGACUAAUAAACAAGGGAAAAUGUGGAGAUACAAUGGGUCUGAACUUACCUGAGGCAAGAAUAUUUUUGUGUAAAAAUAUUAAGUAAUUGGAUGUACUGUUAACUGAUUGGAUUUGUAAUAGUGAUGGUAUGCAUCAGAGGUUAAUUAAUGCAACUCUAGAGAAGUUUACCUUACCCCAAGCCUCAGCCUAUUGAAUUAAAUGAAGUUUUGCUGACUAAAUAUGUAUAUAACAUAAAUCUAAUGUCAAGAGUGGGUAUGUCCAACUGGACCUUGUCUCAGAAUAUCUUAACAAGUUAUAGGAGCUCAAAAUUUUAACAUCUAUAGGACCUUAGAUUUCACCUUGUAAGAGUCAGAGGAAGAUUUCAUCAUGUAAAAUUCAAUAUUUGAAUCUUACAGUAUUAACUGUAAAUUUCUAUAUUUGCCUCAUGUACUUAAACUAAAGAAAAGCCAAAAGUCUGUAUUUGGGAUGAAGGAAAUGUAGCUCAGGGGAGUAAUCUGUAUAAAAAGAUAUAAAGUUUUUAGUGAAACAGUAGGCUUAUAUUUGGUUUUGAUAAAUGCACUGCUGCACUCUAAGAUGAUAAGGUUAGGGAAACUGAAAUUGGAUCAGCAGGGGGAUGAGGGAGUUCUUUGUACUAUCAUUGUAACUUUUGUGUAAACCUAGAAUAUUUCAAAAUAAGUGAGUUUUUAAAAGUAAGCGUAGUAUGAUGUGGCCACAGUUUAGAAAAAGGCACACAUUUCAACAGAAUACAGAUUGAAAAAAAGGCACACAAGCUGUGCUAAUAAAAAUAUUGUAACUCCAGUGAAGGAGAGAGUAUCCCCAUUGUGUUCUACAUGAGGAUUAUGUUCUCUUCUGGGCACCAUAUAUGAAUAAAAAAAGUGCACAAAUUUAGUGAUCAGGUUUGAAACAUGCCAUAUGUAAGUUGAAGGAGCUGGGGGUGUUUAGCCUGUAGACAGAUUCGGUUUAUGGUGUUGUAUGCAAUCCCAAGAGUAAAACUAGGACUUGGGUGGAAACUGAAGUGGGGAAGAUUUCAACCUAAUAUAUCUAGAGUUUGGUUGCAGUGCCCCAAAAUAGAAUGGACUGGUUGAGUAUAGCAUCACAACUUGAUUCUAGUGGCCUUUCACAGUCACUUGGGAAACAUACUACAGAAACAGGUCCUGGGGUUCUGUCUCAGACUUUCUGAAUCAGACUUACAGAAUUCAUGCUUUUGAAAGCUUUCCAGAUGAUUCUCUUAGAAUUGGUGGAUUGCUAACCAGUGGAAUUAAAUGACUACCUGCUAGGAUUUUUACAGAAAGAGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-513.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -554.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 601.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((.....(((((((((((..(((..(((.((((...))))))).))).((((....)))))))))))))))..(((((.....((((.((..((((((.(((((....))))).))))))..)).)))).....)))))..(((((.((((((((((.(((.............((((((((........))))))))((.(((.(.((((.....)))).)))).))))))))))))))))))))((((((((((((((((((((((...(((..........)))((((((((((((((..............(((((((((..((...(((((....((((...))))......))))).))..)))))))))..(((((....)))))...((((((........))))))............(((((((..........(((((((........))))))).(((..(((.((((((.......))))))))).)))...(((((((((.(((((((......((((((.....))))))....(((((((((.(.(((((((((((..((....))..).)))..(((.((((((((((.(((.....))).)))))))))))))((((((((((.(..((((((((((.(((..((((......))))))).))))))(((((..((((.....((((....))))....))))..)))))(((((((((.....)))))).((((......(((((((....(((((((..((..(((((((......)))))))..))...............(((((((.(((((((((((((...(((..(((.((..(.(((((((((((................((((....((((...((((.(((...((((.((((.....(((.((((.(((((((((..(((((......(((((((.((..((((((((((((((..(((((((((.......(((((((((.((((((...(((((.....)))))(((((((.(((....((((((..((((....))))(((((...(((...)))..)))))...(((((........)))))..))))))..))).)))))))............))))))...)))))))))((((..((((((..(((((((((..(((((((....)))))))..)))(((((((.((((((...((((((....(((...........)))...))))))))).))))))))))((((....)))).............))))))..))))))..))))..))))))))).......)))))...........((((((...(((((..........((((.....))))..))))).)))))))))).))))))).)))))))......)))))))))))))))))).))).....)))).))))...))).))))......))))....))))..(((((((((..............))).))))))(((((........).))))......((((((.....)))))).))))))))))).)..)).)))..)))...))).....)))))))))))))))))((((((...))))))...((.((((..................)))).))......((...((((((..((((((.((.......((((.....)))).)).))))))))))))...))...)))))))...)))))))..))))..)))..............))))..)))))))))))...(((((...(((.(((((.(((.........))).))))).))).)))))....)))))))).))))..))))).........(((((.((((.((((..((((.(((....))).))))....)))))))).))))).(((((((.(((..(((((...)))))..))))))).)))))))))).)))))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))))...)))))))....))))....)).))))((((((......))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.({.....((((((((((({{((..{(((.((({...|)))|||{|||.{(((....)))}|||||||||||,,(((((.....((((.((..((((((.(((((....))))).))))))..)).)))).....))))).,(((((.((((((((((.((,.....,.....,,{(((((((........)))))))|((.{{{.{.((((.....)))).}}},.)))})))))))))))))))))|}||||,,,,,,{|||||||,...|{{.,,,..,.,.,|,((((((((((,,,.........,}}}},|||||{,{{..{{.,,|||||},.,,....,.,}},,.....}})))),,}}))))))),,.}{(((|....})))}.,,{(((({{({{{..,,|||,,..{{{{......,,.,)))}.....,|,.{((((((........))))))).{{{..((,{((((((.......))))))))).,,,...,((((((((.(((((((....,.((((((.....))))))....(((((((((.,.(((((((((((..((....))..}.)))..(((.((((((((((.(((.....))).)))))))))))))((((((((((.(..(((({((({{,(((,.((((,,,,..}}|||||.}}}))},,,{,,||||||||,.((((....)))}.,{{((,{,.|||||(((({....})))}}}|,,|,{{{{{((,.,,{((((({,,{{((({,,..{({.(((((({......}}}}}}}..||...............(((((({,(((((((((((((...(((.,{{({{,..{.((((((((({{......,||||...,..,,,..,,{{((.,,{(((.(((...((((.{(((.....(((.((((.(((((((((..(((((......(((((((.((..(((((((((,,(({,.(((((((((,.,...{(((((((((.((((((...{((((.....))))|{((((((.(((..,,(((((,..((((....)))){((({.,.{({...}}}..}}))).,,{{{{|,........,,,...,)))))..))).))))))),.....,,,,..))))))...)))))))))|{{{..{{{(({,,{|{,{||{{..{((((((....})))))}..}}|(((((((.({((((...((({,{....{{,....,,,,,..,}}...)))))})))},)})))))))|{{{....)))).||||,,......)))),}..}}}}}}..}}),..||||||||}..,,,,.},,,,.,,,,...},.||||||.,,{{{{{..,.....||{{||...,,)),,..))))),))))}})))).))))))).)))))))......)))))))))))))))))).))).....)))}.))))...))).)))},.,...}}}}.,}.}}}}..{((((((((..............))).)))))|{{{{|.,....,.}.})}},.....((((((.....)))))).}}}}})))))).}..))}}}},,})),,,))).....)))))))))))))))))((((({...}))))),},{{.((((..................)))).}}.,,||.||,..||||||}}|,{{{{|||.,,,,|.,|||.....)))}}))|))))),})))))}}.}}.,,}}}}}}}}}|}}}))}|..,})},},}}}.||||....,,..))))},}))))))))))...(((((...{((.(((((.,({.........}}}.))))).))).)))))....))))))),.))))..))))).........(((((.((((,((((..{(((.({|....})),))),....))}})))).))))).((({{(|{(((..(((({...)))))..)))))),.)))))))))).))))))))|{{..((((..|((((({...))))))}.))))..))),...,))))),)}},,.}},....)).))))((((((......))))))
Back