Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CAMLG_0001100

Sequence Length

1911 nt

GC Content

0.4464

GGGAAUCACUUGAACCCAGGAGGUGGAGGUUGUGGUGAGCCGAGAUCGCACCAUUGCACUUCAGCCUGGGCAACAAAGCAAAACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAUAACGUAUCUAUUCAGAAUGAAGAUGCUCUCAAUGUACUGACAAUGGUAAGCUCUCCAAGAAAUAUUAAGAGAAAAAAAAACAAAAUUCAGAAUAGAAUCUAUAGAAUCUAUACUAAUUUCUUUUUGAAAAGAAAAAAUAAUGUAUUAUUUGAUUUUGCUUAUAUAUGCAUAAACAAACUGAAAGACUAUACAUGAAAUUAUUAACAAUACUUAUGUGUGUGAUAGAGAUGUAUAUAUGGGUACUAUGUAAAUGGAAGAGAGAAAAGGGAGACUUUAUAUAUUCUCCCAACAAAACAGCAUUUUGUUAUAGCAGGGUUUUUUUUGCUUGUUUGUUUUUGAGACAGAGUAUCACUCUGUCGCCCAGGCUGAAGUGCAGUGGCACGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCCGCCUCCUGUGUUCAUUCUCCUGCCUCAGCCUGCCAAGUAGCUGUGACUACAGGUGUGAGUGACCACACCCACUUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGAGGUGUCACCGUGUUGGUCAGUCUGGUCUGGAACUCCCAGCCUCAGGUGAUCUGCCCACCUGGGCCUUCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGCACCUGGCCUGUUAUAGCAGUUUUUAAACACAAAAGUUGGCCAGGCGUGGUGCCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGAAGGCCAUGGUGGGCAGAUCACCUGAGGCUGGGAGUUCUUGACCAACCUGGCCAACAUGGUGAAACGCUAUGUCUGCUGAAAAUACAAAAAUUAGCUUGGCAUGGUGGGUACAGACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGUGUCUGAGGCAGGAGAAUUGCUGACCCGGUGGCAGAGGUUUACAGUGAGCCAAGACAGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAUAAAUAAACACAAAAGUUGAAAGAAUUGUGCCGUGAACACCCAUUUAUAUAAUACCAACGACCUAGAUUCUACAAUUAACAUCUUAUUAUAUUAUGUAUCUAUCAGGUUUUCUUUUAUUUUUCAAACCCAAGAUAAUCUCUGUAAAGUUUUUCCAUCAAAUUUUUCUUGAUGCAUUUCAAAGUAUGUUGUAGGUGUACACAUCGGUAUACCUCACCCCUCUUACAUAACACUGACUUACAAUUUACUGUUUUAAGGUUCUUUAGGUAAUUUUUUUUUUUUGAGACGAGGCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCCAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCCGCCUUCCGGGUUCACACCAUUCUCCUACCUCAGCUUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCCGCCAUCACGGCCGGCUAAUUUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCAUGAUCCGCCUGCCUCGGCCCCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCAUGCUCGGCAUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCACCAGGCAGGAGUGCAGUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUUCCACCUCAGCCUCCCGAAUAGCGGGGACUACAGGCACACGCCACCAAGCCCAGCUAAUUUUUGUAAUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGCUGACCAGGAUGGUCUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUUGCUCUUUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGAGAUCUCAGCUCACCACAACCUCCGCCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-846.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -875.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 285.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((............))(.((((((((((((((((((((((.((((((.(.(((((((((((((((((((.......(((((.(((((((((((((((((((((((((.............((((((..(((...)))))))))...........(((((..(((((((.(((.........((((((((((((((........((......))(((((.(((((((.......(((((((....))))))).............((((.((.(((........))).)).))))..((((((((.((((.((.((((((....((((....)))).(((((((.(((((.(((((((((.(((((((((((...........((((((..........))))))(((((((.....)))))))...(((.(((((((((.((((((((((((((((((..((((....(((((((((((((((((.(((((((((((.(..(((..((((((((.((((((.(((.((.(.(((((((((((((((((((((((...((((((((.((.(((((((.(((.(.((((..((...(((((((((((((((((((((((.(..((((.((((((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((.............................))))))).)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))))))))))))).)).)).).)))))))))))))))))))))))...))..)))).).).)).))))))).)).))))))))))).).)))))))))))))).))..)))).)).))).))))))..))))))))..)))..).))))))))))).)))))))))))))))))....))))..)))))))))))))))........))).))))))))).))).........))))))))))).))))........((((............))))...)))))))))).)))))))(((((.............)))))...)))))).)))))).))))))))((((((.......))))))........((((.(((((((((((((......)))))))).........................))))).))))......))))))).)))))..))))))))))))))...)))))))))).)))))..((((.(.(((.(((((((.(((((((((.((((((((.......(((....)))..((((.((((((((((........))))))).........(((.(((.....))).))).....................)))))))))))))))))..)))..)))).)))))))))).)...)))).......((((..((((..(((((((((.....(((((((((((((((((((......)))))).(((...............((((..((((..(((((.((..((((((..(((((((((((((.((....)))).)))))))..)))).)))....))).)))))))..).)))..))))))).......((((.(((.((...(((....)))....))))).)))).....))))))))))))).....)))).........))))).))))..))))......))))))))))))))))))))))))).)))))......))))))))))))))))))).).)))))).))))))))))))))))))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...,,....,,.))(.((((((((((((((((((((((.((((((.(.(((((((((((((((((((,,.....(((((.(((((((((((((((((((((((((.,{,.........((((((..(({...}))))))))...........(((((..(((((((,(((,,,,,,,..(({(((((({{{({......,,{{,,.,,,|||(({{.{||{|||}}.,,..{((((({....})))))}..,,,,,,,,|,,{(((.{{.(((........))).}}.)}},..((((((((.((((.((.((((((....{(((....}}}}|{((((((,(((({.{{{{,((((.(((((((((((...........((((((.,......,.)))))),{(((((.....})))))|{{.(((.(((((((((.((((((((((((((((((..((((....(((((((((((((((((.(((((((((((.(..(((..((((((((.((((((.(((.((.(.(((((((((((((((((((((((...((((((((.((.(((((((.(((.(.((((..((.,.(((((((((((((((((((((((.(,,.((({((((((((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((,,,....,..,,.....}}}.........))))))).)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))))))))))))).})})).),)))))))))))))))))))))))...))..)))).).).)).))))))).)).))))))))))).).))))))))))))))}.}..)))}.)).))).))))))..))))))))..)))..).))))))))))).)))))))))))))))))....))))..))))))))))))))}.......,))).))))))))).))).}},.....))))))))))).))))........,({{........,.,,}))},,,))))}})))),}})))},(((((.............)))))...)))))).)))))).))))))))((((((.......)))))).....,..{{{{|{{(({((((((((......)))))))),,........,,,,,,,,.|||..,|,|,,.,,.))),.,.})})))).)}))),.}))))))))))))},,.)))))))))).))))}..((((.{.(((.(((((((.((((((({(.((((((((,{{...{({,....,))...,,,,,,,(((((((........))))))).....|}}.(((.(((.....))).))).........,,,,,,......}}))))}))))))))}}..)))..)))).)))))))))).}...)))).......|||{.||{{|..{{|((((((.....((((((((((((((((,((,{{...,,,)))}|||..............,((((..((((..(((((.((..(((,((..(((((((((((((.((....)))).)))))))..)))).}}}.,..))).)))))))..)}}))..))))),,....{,.((((.(((.,,...(((....)))....}}))).)))}.,,.,))))))))))))).....))))....,,,,,}||}}.}))},))))}..,},.))))))))))))))))))))))))).))))).....,))))))))))))))))))).).)))))).))))))))))))))))))))))..)