Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CCDC66_0000400
Sequence Length
2051 nt
GC Content
0.3842
AGAUGGUUUAAAGCUUGAAACUGAAUUACUGGAUGGAAAAACCAAGCUAAUAUUGUCUCCAUAUGAACAUAAAUCAAAAAUUUCUGUGAAGAUGGGAAAUAAGGCCAAGAUUGCAAAAUGUCCUUUAAGAACAAAAACUGGGCACAUUCUAAAAUCAACACAAGAUACUUGUAUUGGGAGUGAAAAACUUUUGCAAAAGAAGCCAGUUGGUUCAGAAACAUCACAGGCAAAAGGUGAAAAAAAUGGAAUGACUUUUUCAUCCACUAAGGAUUUAUGUAAACAAUGUAUAGAUAAAGACUGUCUUCAUAUCCAGAAAGAGAUUUCACCUGCAACCCCUAAUAUGCAGAAGACUAGAAACACCGUAAAUACAUCUCUAGUAGGUAAACAGAAGCCUCACAAAAAACACAUCACAGCUGAAAACAUGAAGAGCAGUUUGGUGUGUCUAACACAAGACCAACUACAACAGAUUUUGAUGACUGUAAACCAAGGAAAUAGAUCUCUUUCCCUGACUGAGAAUGGAAAGGAGGCAAAAAGUCAAUAUAGUCUAUAUUUAAACAGUAUUUCUAAUCAGCCAAAGGAUGAGAACAUUAUGGGAUUAUUCAAAAAAACUGAAAUGGUUUCAUCUGUCCCAGCUGAAAAUAAAUCUGUCUUAAAUGAACAUCAGGAGACAUCUAAACAGUGUGAGCAAAAAAUUGCCAUAGAGAAUGAAUGGAAACCAGCUGAUAUAUUCAGUACUCUGGGGGAAAGGGAAUGUGAUAGAAGUUCGUUGGAAGCAAAAAAAGCCCAGUGGAGGAAAGAGCUAGAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGGUAAGACAUCUUAAUUGCAAUUUUUAAAAUACUAAGCAGUGUUCAUAUUAUAGAAUUUAUUUUUAAAGCUUAUUAAAAAAAAAAAGUUUUUUUUUUGAGACGGAGUUUCUCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCACAGUCUCAGCUCACUGCAACCUACCCCUCCCAGGCUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUAGGACUACAGGUACUCACCACCAUGGCCAGCUAAUUUUUUGUAUUCUUAAUAGAGAUGGUAUUUCACCACUCAGGAUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCAUGUGAUCUGCCAGCCUUGACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGUGCCCAGCCUAUUUAAAAAAACUUGUCAUAUUUUUGGGUUUUUUGUAUGUGUGUUUUUUUUAAAAAAAGAAACAGGGUCUUGCUCUGUUGCUCAGGCAGGUAUGCAGUGGUGAAAACAUAAUUCCCUGCAGCCUUGAACUUCUGGACUGAAGGGAUCCUCCUGCCUCUGCCUCCCAAAUGGCUGGUACUACAGGUGUACUCCACCAUGCCCAGCUAAUUAAAAAAAAUUUUUUUUAGAGACAGGGUCUCACUGUGUUGCUCAGGCUGGUGUCAAACUUCUGACCUCAAGCGAUCCUCCCACCUUGGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUGUAGGUGUGAGCCACUGGGCCUGGCUCAUAUGGUAUUUUAAAACAGUGUUAUUUUUAAUUUAAUUAUGACCUUAACUGGUCUCUAUUUACAUUCUGUGAGUUGUCUCGUUAUGUCGUUAGGUGAAUGUAGAGGCUCCCUUUAGAGUCUUAUAAAGGAGCUGUGCAAUUUUUGAAAUGAAUACAAAACUCUGCCACUAUGUGUAAGUGUUUAGUUAUCAAAUAUACACAUAUGCCAAGUGUGUCUUGUGUAGUGCUUUUGUGAUUUUUAAAUUUUAUCUGUGGUUAAUUUUGGGUAAAGAAACAGUGUCACUGUUUUUCUAUUUAUUUUUACACUUCUGCUAGCUCUUCAAGCAUUCUAUCACAGUCUCGUAGCCAGGUUAUGGUGGUCCAAGCUGAUGGGGCAUUCACAACUUAGAGCUAGUCAGACUUUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-509.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -552.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((......(((((((.((((((((((((.(((.....))).(((..((((.((.((((....(((.((((.....)))).)))....)))))))))).))).....(((((((((((((................)))))((((((.....(((.(((((...))))).)))))))))......))))))))......)))).))))))))..........((((.((((((((((((((((((.(((......((((.....))))((((.((.((...)).)).))))(.(((((.(((.(((((((((.......(((((((((..........)))))...((((((.................))))))(((((((...(((..((((((((.((((((((.(((((.............)))))))))))))...(((((((((..(((.....((((((......((........)).....))))))((((((.(........).))))))..((((..............((((((((((.((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......)))))....))))))))(((((.(((.(((.(.((((((.((...........((((....))))(((((((..((((((((.(((((((((.....))))(((((.(((((.((((((((.........)))).((((..((.......)))))).((((((....(((.((.....((((.((((((((((.((((((((......))))).......(((....)))(((((.....)))))..........((((((((((.............((((..((......))..)))).......(((((.................))))).))))))))))....))).))))))))))...(((((((((((....)))))))))))...((((..((...((((..(((.(((.(((..(((((((((.........)).)))))))..)))..)))....))).)))).))..)))).))))((((((...(((((((((((((.(((.((((..........((((((...........((((((.....(((.((((.....)))))))))))))...........))))))...(((((((..((((((((.........))).))))))))))))((((((......))))))...........((((((((((.........)))))))))))))).))))))............((.((((((((...)))))))).)).(((((((...((((.((.((.........(((((.(((((..........)).))).))))))))).)))).)))))))......(((((((.....((((((.....)))).)).)))))))..(((((((....)))))))(((((...))))).))).)))))))))))))..((((......)))).)).)))..))))))..))))..))))).)))))((((.....(((.((((((((((.......))))))))))..))).......))))(((((..(((...)))..))))).....))))).))))))))..))))))))).)))))).).)))))))))))))))))))))((((((.((((........))))))))))(((((..(((((.........)))))...)).)))(((((((..((((((.......))))))))))))))))).)))..))))))))).....))))))))..)))....)))))))))))....)))))))))..)))))))).)....))).)))))))).))))))).))).)))).....)))))))...))))).((((((..((((((((((.(((((.((((......)))).)).))).))))).).))))...))))).....)
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((..,.,.(((((({.((((((((((((.(((.....))).(((..((((.((.((((....(((.((((.....)))).)))....)))))))))).))).....((((((({(((((................)))))((((((.....(((.(((((...))))).)))))))))......})))))))......))))},)))))))..........((((.((((((((((((((((((.(({....,,|(((.....)))|((((.((.{,...}|,||,||||{.{{{{(,({,.{{{{{{{{{,,,,,,.||,,(((((..........)))))...((((((.................)))))){(((,,{.,,{{|||{(((({{{.((((((((.(((((.............))))))))))))),,.(((((((((,.{((....,(({(({,,.,{{((,,......,}.....,,,|||((((((,(.....,,.,.))))))}.(((,....}}}......,||{{((((((.((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((..{{........,..))}.)))).))))))))......)))))....)))))))){{{|{{((,{(((.(.((((((.((..{{,.,{((.((({....})))||||,((,,((((((((.(((((((({.....||||(((((.(((((..((((,,,..,,.....,}}},{(((..((.......))})}|.((((((....(((.{{,{..,{{{{,((((({(({(.{{,{{{{,......||}}}.......(({....})){{{{{.....}}}||,,,,||,...(((((((({,.......,,....{((({.((......)),})))}.......{{{{{..........,,,,,..}})))}})))))))))....,}},))))))})}}...{{(((((((({....))))))))))),.,((((..((...((((..(((.,((.,((..(((((((((.........)).)))))))..}},.,)},,,..))).)))).))..)))).||,|{{((({...((((((({,({....{{{({,{.,,,,,,...((((((...........((((((.....(((.((((.....)))))))))))))...........))))))...(((((((..(((((((({......},))).))))))))))))((((((.,....}}}))},{{{{,.,,,,(((((((,,,.{{,,,...,}}}}},,,,))))},,,)|||||||,,,,,,,||,{(((((((...)))))))}.}}.(((((((...((((.((.((.........(((((.(((((..,.....,.)).))).)))))))}),)))).)))))))......{((((((,....,,((((.....)))).}},)}))))}..(((((({....}))))))(((((...))))).)),.)))))))))))))|.|{{{.....,)))),)),)))..)))))),.))))..))))).)))))})))}},..|}}}((((((((((.......))))))))))..,.........,|{.(((((..(({...}))..)))))},...))))).))))))},,,)))))),)).)))))).).))))))))}}}}}}}}|||}}(((((({((((........)))))))))){{{{{..{(({{.........))))}.,.))}}}}(((((((,.{(((((.,....,)))))))))))))})},.)))}.)))))))))}).,.)))))))}.........})))))))))},,..,))))}))),,||{|||||...}}})))})))))))).))))))).))).)))).,...)))))))..,))))).,(((((..((((((((((.(((((.((((......)))).))}})).))))).).))))...)))))...,.,
Back