Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CCDC66_0002500
Sequence Length
2308 nt
GC Content
0.3769
UUAUAAAGAAUAAGCUUCUGGUGUUUUAACAGAUGGGAAAUAAGGCCAAGAUUGCAAAAUGUCCUUUAAGAACAAAAACUGGGCACAUUCUAAAAUCAACACAAGAUACUUGUAUUGGGAGUGAAAAACUUUUGCAAAAGAAGCCAGUUGGUUCAGAAACAUCACAGGCAAAAGGUGAAAAAAAUGGAAUGACUUUUUCAUCCACUAAGGAUUUAUGUAAACAAUGUAUAGAUAAAGACUGUCUUCAUAUCCAGAAAGAGAUUUCACCUGCAACCCCUAAUAUGCAGAAGACUAGAAACACCGUAAAUACAUCUCUAGUAGGUAAACAGAAGCCUCACAAAAAACACAUCACAGCUGAAAACAUGAAGAGCAGUUUGGUGUGUCUAACACAAGACCAACUACAACAGAUUUUGAUGACUGUAAACCAAGGAAAUAGAUCUCUUUCCCUGACUGAGAAUGGAAAGGAGGCAAAAAGUCAAUAUAGUCUAUAUUUAAACAGUAUUUCUAAUCAGCCAAAGGAUGAGAACAUUAUGGGAUUAUUCAAAAAAACUGAAAUGGUUUCAUCUGUCCCAGCUGAAAAUAAAUCUGUCUUAAAUGAACAUCAGGAGACAUCUAAACAGUGUGAGCAAAAAAUUGCCAUAGAGAAUGAAUGGAAACCAGCUGAUAUAUUCAGUACUCUGGGGGAAAGGGAAUGUGAUAGAAGUUCGUUGGAAGCAAAAAAAGCCCAGUGGAGGAAAGAGCUAGAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGGAAACAGUACUGCUGGAGCACCCUUUCAGUGCUGUGAAACAAGAACUGCAAAGAAAAUGGAUUGAAGAGUUGAAUAAGCAAAUAGAAGAUGACCGUCAAAGAAAAAUAGAGGAAAAAAUUAUAUAUUCAAAGGGUGAGGAACAUGACAGAUGGGCAAUGCACUUUGAUUCAUUAAAGAGUUAUCCUGGUUCUCAAUCUCAGCUGUUCUCUCAGUCAACACACAAACAACCUGAGUACUUCUGUGUCUCUCCUGACACUCAGGAGCUGGCUGAUGUCAGCAGUGUUUGUACACCUACAACCGGAAGCCAGGUUGAACCUUCAGAGGAGGAGCAUAUAGCAAAACCUAUUAAGGAUGUGGUUAUGGCAAACAGUAAGAAAACAAACUUUCUCCGUUCUAUGACUGCUCUCUUGGACCCAGCUCAGAUUGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAUUAGAGCAUCAGAAAGCCAUCACUGCCCAGGUAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACUGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCUUCGCUUAGCACAGGAACGUGAAGAGAUGCAGAAACAGUAUGAAGAAGACAUACUUAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAAUCAUGACUCUCAAGACAAAUGAGCUAUUCCAGACAAUGCAGCGAGCACAGGAACUGGCACAGAGACUAAAACAAGAACAAAGAAUCCGAGAAUUGGCGCAAAAGGGACAUGACACUUCUAGACUGAUUAAAAAUCUUGGUGUUGAUACAAUACAAAUGGAAUAUAAUGCAUCUAACAUUUCAAAUUCAAGACAUGAUUCUGAUGAAAUCAGUGGUAAAAUGAAUACAUAUAUGAAUUCUACGACUUCUAAGAAGGAUACUGGUGUGCAAACAGAUGACUUAAAUAUAGGAAUAUUCACCAAUGCAGAAUCACAUUGUGGAUCAUUAAUGGAGAGGGACAUCACAAAUUGUUCAUCUCCUGAGAUUUCGGCAGAACUUAUUGGACAGUUUAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACUAACUCAGGAUAAAGGAGCCAGCUUAGAAAAAGAAAACAAUCGGUGUAAUGACCAGUGUAAUCAGUUCACAAGAAUAGAGAAACAAACAAAACACAUGAAGAAAUAUCCUAAAAGGCCUGAUUGGAAUAUAAAUAAGCCACCUAAAAGGUAUAUUCCAGCAUCAGAAAAGUACCCUAAACAGCUUCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGUAAGGAGGCAGAUGGAAUUGCUUCAUUUGGUAGAAAAAAAUAAUCCUGGGCACCUCUCUCAAAACAGAGGCAUUUCACCAGAAAUUUUUCAUUCAUCUCAUCAAGAAACGGAGUCAAAGUUGAGGUGGCAUCUAGUCAAAAAGGAAGAAGAGCCUCUGAAUAUUCAUUCAUUCAGCAAGGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-481.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -525.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............((((.(((((((((.......((((......((.......))......))))....((((...((((((...((((((.....(((.(((((...))))).))))))))).....(((((.....))))))))))).)))).))))))))).))))....(((((((((...........))))))))).....((..(((((.((.((...)).)).)))))..)).(((((...(((.((((....))))..(((((..........)))))..(((((((..((((.(((......((((.((((((........)))).)).....((((((((.(((((.............)))))))))))))(((.((((...((.......((((.((.....)))))).......)).......(((((((((((....(((.(((((.....(((.....))).......)))))((((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......)))))....)))))))).))))))........(((....)))...(..((((.((((....))))))))..)......(((...)))(((((.....))))).)))..))))))))))).)))).)))..(((((((...(((........((....))........))).)))))))..(((.(((...(((.(((.((....((((((((((.....(((((((.((((((((........(((..((((...................))))..)))........)))))))).(((((((((..((.....))...)))))))))...........(((.........((((((..............(((((.((((....(((((.................................((((((..((((.(((....(((.((.((((((..((((..........(((..((((((((........((((......))))..............(((((((..(((((((((((((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.((((((....(((....))).....))))))))..................(((((((((((((....((((((((((..(((..((((.(((((..........................))))).))))..(((..........)))....)))..))))))...))))..)))).....)))))))))...........(((((((..(........)..)))).)))..(((......)))..)))))))))))..((((((.......))))))...............(((((...(((((.((((............((((((((.(....(((.....)))).)))).))))...........................((((...))))......)))).)))))..)))))..............((((((((((((..(((((...(((.(......).)))....(((.((........)).))).(((((.(((((((.((.(((.(((..(((....)))..))).))).))(((((..(((....(((.........)))....))).....)))))..((((((.((((........)))))))))).......(((((.(((((........))))).)))))...))))))).)))))..)))))......)))))))))))).................))))))).....))))))))..)))...........)))))))))).)).)))......))))))).......................................(((...))).(((((((((((((......(((........)))))))))))..))))).....)))))).....(((((....((.................))...))))).))))).....)))))))))...........))))))...)))(((((........)))))))))))).)))))))))))).))).)))....))).)))))))......))).))))...))))))).....))).))))).(((((((((........))))))..)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,........,..((((.(((((((((......{(({......,{|,....{((((({{{((((................))))}((((((.....(((.(((((...))))).)))))))))......}))))))}..,,,}||,,}},}))}.))))))))).))))....(((((((({...,.......})))))))),....((..(((((.((.({...}}.)).)))))..)).(((((...(((.((((....))))..(((((..........)))))..(((((((..((((.({{......((({.({((((........)))).}}.....{(((((((.(((((.............))))))))))))},{......}}............,{.(({{{,{{{{{||...,,..,{,......|||(((((({(.....,,.,,))}}}}},||{.....)))..,,,,}))}.|{{((({((((.{(({....(((((....((((((({.((((.(((,.{{...........))).)))).))))))))......)))))....}})))))).))))}}}....,,,|||,...}}}......((((.((({....)))))))){{(,,(((((((({,,,.(((((.....)))))..{|{{||{({||||{{{{.,.......}})).|{{...,},......((((((.{{{{,..{,(((((({{{{{{,{{{{{((((...,,,...,,,,,.....,||||}.......|||,,..|||(({{{.....||,{{,.,{|||.........,,........,|||..||{{{...{,,|||||},..(((((((((..((.....}),..)))))))))....,.....,{....,}....|}||||||}|}|||,,...,,|........,,|.,|{.||...........,},}......,,......{{{{((,(({..(..(((.....)))..)..,}).)))))}|||.,,...},})}},}})}})))}..,))),,}}|,||{{|{|.{{,.............(((((((..(((((((((((((((((...)))))}((((((....)))))).{(((,,,,}}}}...(((((.,....,.)))))..(((((...))))).((.{(((((...,(((....))).}.,.))))))))......,.......,...((((((((((({{.,..((((((((((..{((..((((.{((((........,........}........))))}.))))....{..........|||{...})),,))))))...))))..)}},...,,,))))))))...........(((((((..(........}..)))).)))..(((......))).,)))))))))))..((((((.......))))))...............(((((...(((((.((((.........{{.((((((((.{....(((.....)))}.)))).)))).},....,,..................(({,...})))......}))).)))))..)))))....,,........((((((((((((.,(........{({{,.....,........|}}}||...,||,....,||,(((((.{(((((((((.(((.{((..(({....}})..))).))).))){({...,||,,..{{{.,.,.....))}.,..|||.....}))},,,((((({{((((........)))))))))).,,,...(((((.(((((........))))).)))))...))))))}.))))).,,,)))....}}))))))))))))........,........)))))))....,|||||,.,|||,,.....,.......,,{|||,..,,))}.{{{{..((.((((....)))).}}...,}.......,,,,.,,.........|||...,}}.(((((((((((((......,{{.,,.....)))))))))))..}))))........,},.....((({,..,})).}}}}}},..........,,,,(((((({......,)))))),}})).}............,})))))).(((((........))))),.|}}}.}))))...}))))})))})))),,,,,,,...))))......))).))))...))))))).....))).))))).(((((((((........))))))..}))....
Back