Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CCDC66_0003000
Sequence Length
2235 nt
GC Content
0.3781
AUGGGAAAUAAGGCCAAGAUUGCAAAAUGUCCUUUAAGAACAAAAACUGGGCACAUUCUAAAAUCAACACAAGAUACUUGUAUUGGGAGUGAAAAACUUUUGCAAAAGAAGCCAGUUGGUUCAGAAACAUCACAGGCAAAAGGUGAAAAAAAUGGAAUGACUUUUUCAUCCACUAAGGAUUUAUGUAAACAAUGUAUAGAUAAAGACUGUCUUCAUAUCCAGAAAGAGAUUUCACCUGCAACCCCUAAUAUGCAGAAGACUAGAAACACCGUAAAUACAUCUCUAGUAGGUAAACAGAAGCCUCACAAAAAACACAUCACAGCUGAAAACAUGAAGAGCAGUUUGGUGUGUCUAACACAAGACCAACUACAACAGAUUUUGAUGACUGUAAACCAAGGAAAUAGAUCUCUUUCCCUGACUGAGAAUGGAAAGGAGGCAAAAAGUCAAUAUAGUCUAUAUUUAAACAGUAUUUCUAAUCAGCCAAAGGAUGAGAACAUUAUGGGAUUAUUCAAAAAAACUGAAAUGGUUUCAUCUGUCCCAGCUGAAAAUAAAUCUGUCUUAAAUGAACAUCAGGAGACAUCUAAACAGUGUGAGCAAAAAAUUGCCAUAGAGAAUGAAUGGAAACCAGCUGAUAUAUUCAGUACUCUGGGGGAAAGGGAAUGUGAUAGAAGUUCGUUGGAAGCAAAAAAAGCCCAGUGGAGGAAAGAGCUAGAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGGAAACAGUACUGCUGGAGCACCCUUUCAGUGCUGUGAAACAAGAACUGCAAAGAAAAUGGAUUGAAGAGUUGAAUAAGCAAAUAGAAGAUGACCGUCAAAGAAAAAUAGAGGAAAAAAUUAUAUAUUCAAAGGGUGAGGAACAUGACAGAUGGGCAAUGCACUUUGAUUCAUUAAAGAGUUAUCCUGGUUCUCAAUCUCAGCUGUUCUCUCAGUCAACACACAAACAACCUGAGUACUUCUGUGUCUCUCCUGACACUCAGGAGCUGGCUGAUGUCAGCAGUGUUUGUACACCUACAACCGGAAGCCAGGUUGAACCUUCAGAGGAGGAGCAUAUAGCAAAACCUAUUAAGGAUGUGGUUAUGGCAAACAGUAAGAAAACAAACUUUCUCCGUUCUAUGACUGCUCUCUUGGACCCAGCUCAGAUUGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAUUAGAGCAUCAGAAAGCCAUCACUGCCCAGGUAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACUGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCUUCGCUUAGCACAGGAACGUGAAGAGAUGCAGAAACAGUAUGAAGAAGACAUACUUAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAAUCAUGACUCUCAAGACAAAUGAGCUAUUCCAGACAAUGCAGCGAGCACAGGAACUGGCACAGAGACUAAAACAAGAACAAAGAAUCCGAGAAUUGGCGCAAAAGGGACAUGACACUUCUAGACUGAUUAAAAAUCUUGGUGUUGAUACAAUACAAAUGGAAUAUAAUGCAUCUAACAUUUCAAAUUCAAGACAUGAUUCUGAUGAAAUCAGUGGUAAAAUGAAUACAUAUAUGAAUUCUACGACUUCUAAGAAGGAUACUGGUGUGCAAACAGAUGACUUAAAUAUAGGAAUAUUCACCAAUGCAGAAUCACAUUGUGGAUCAUUAAUGGAGAGGGACAUCACAAAUUGUUCAUCUCCUGAGAUUUCGGCAGAACUUAUUGGACAGUUUAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACUAACUCAGGAUAAAGGAGCCAGCUUAGAAAAAGAAAACAAUCGGUGUAAUGACCAGUGUAAUCAGUUCACAAGAAUAGAGAAACAAACAAAACACAUGAAGAAAUAUCCUAAAAGGCCUGAUUGGAAUAUAAAUAAGCCACCUAAAAGGUAUAUUCCAGCAUCAGAAAAGUACCCUAAACAGCUUCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGUAAGGAGGCAGAUGGAAUUGCUUCAUUUGGUAGAAAAAAAUAAUCCUGGGCACCUCUCUCAAAACAGAGGCAUUUCACCAGAAAUUUUUCAUUCAUCUCAUCAAGAAACGGAGUCAAAGUUGAGGUGGCAUCUAGUCAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-462.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -506.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 545.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((........(((.....(((((((((((((................)))))((((((.....(((.(((((...))))).)))))))))......)))))))).....)))(((((((((.......((((.........))))............((((((((.(((((...((..(((((.((.((...)).)).)))))..))....((((.((((...(((((((((..(((((..........)))))...((((((.................))))))((((........))))........((((((((.(((((.............)))))))))))))(((.((((...((.......((((.((.....)))))).......)).......(((((((((((....(((.(((((.....(((.....))).......)))))((((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......)))))....)))))))).))))))........(((....)))...(..((((.((((....))))))))..)......(((...)))(((((.....))))).)))..))))))))))).)))).)))..(((((((...(((........((....))........))).)))))))......((((...)))).........)))))))))......))))))))((((((((........(((..((((...................))))..)))........)))))))).(((((((((..((.....))...)))))))))......................))))).))))))))......................(.((...........)).)...................((.(((((((((....(((((((.(((.((...((((((......))))))...)))))))).))))....))))).)))).)).............(((((((..(((((((((((((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.((((((....(((....))).....))))))))..................(((((((((((((....((((((((((..(((..((((.(((((..........................))))).))))..(((..........)))....)))..))))))...))))..)))).....)))))))))...........(((((((..(........)..)))).)))..(((......)))..)))))))))))..((((((.......))))))...............(((((...(((((.((((............((((((((.(....(((.....)))).)))).))))...........................((((...))))......)))).)))))..)))))..............((((((((((((..(((((...(((.(......).)))....(((.((........)).))).(((((.(((((((.((.(((.(((..(((....)))..))).))).))(((((..(((....(((.........)))....))).....)))))..((((((.((((........)))))))))).......(((((.(((((........))))).)))))...))))))).)))))..)))))......)))))))))))).................)))))))......)))))))))........(((((...((((((.((((.((..(((.....((((....))))...............................(((...))).(((((((((((((......(((........)))))))))))..)))))................((((...)))).((((((.............(((((.((((((((.....)))))))).)............))))((...))))))))...)))..)))))).)))).))...)))))..((((((((....................)))))))))))((........))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((,......{((,....((((((({(((((................))))}((((({....,(((.(((((...))))).)))))))))......}))))))}.....|||,({{((({{......,||||.,,,....{||||,,....{({,,{{{.,,,,)))))},...((..(((((.((.{{...}).)).)))))..)),|||{{|,,|||,{{{{....))))..(((((..........)))))..{((((((..{{{{.{{,......{|||,||((((........)))).,,.....{(((((((.(((((.............))))))))))))}{{......,}...........,{{,(({{{,{{{{{||...{{,,,{{......(((((((((((....,{{.,,|||,,,,.(((.....)))..,,.,}))},|((((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((..{{........,..))}.)))).))))))))......)))))....)))))))).))))))|....,,.{{|..,.|}}...,..((((.((({....}))))))),,|..{{{{{((,,.,,.(((((.....))))).,|||{|}}|||}}}||,|,|.......||||,{{,..,{|.......{(({{{.||,,,..,,{|||,|||||||.,{|||{(({...,,,,..,,,,......,||||}.......|||,,..|||||||,....,||}|,..,||||.........,,,......,,}|}..{{{{{...,,.|||||,,..(((((((((..((.....}),..)))))))))....,.,,,.,,....}}....}}}|||}}}}}|||,,...,,|...,....,,|..{{.||...........,},}......,,.....,||{{{({{({,,(,,(((....,|||,,},.|}|,}}}|||{||..,...)})))}.,})}})))},.,))).,|}|}|||{|||}{||.............(((((((..(((((((((((((((((...)))))}((((((....)))))).{(((,,,,}}}}...(((((.,....,.)))))..(((((...))))).((.{(((((...,(((....))).}.,.))))))))......,.......,...((((((((((({{.,..((((((((((..{((..((((.{((((........,........}........))))}.))))....{..........|||{...})),,))))))...))))..)}},...,,,))))))))...........(((((((..(........}..)))).)))..(((......))).,)))))))))))..((((((.......))))))...............(((((...(((((.((((.........{{.((((((((.{....(((.....)))}.)))).)))).},....,,..................(({,...})))......}))).)))))..)))))....,,........((((((((((((.,(........{({{,.....,........|}}}||...,||,....,||,(((((.{(((((((((.(((.{((..(({....}})..))).))).))){({...,||,,..{{{.,.,.....))}.,..|||.....}))},,,((((({{((((........)))))))))).,,,...(((((.(((((........))))).)))))...))))))}.))))).,,,)))....}}))))))))))))........,........))))))).....,|}}}}}}}|,.......{,......||(((|,..||,||.,({{..{{.((((....)))).}}...,,........,...,..........{{{...,}}.(((((((((((((......,{{.,,.....)))))))))))..})))).........,,.....((({...,))).||||||,..........,.{,((({(({..,,..,}})))),}))).}............,}))}}}}.{{|||,,......)))))},))}),))}))...))))),}}}|||}}|,,..,....}}}}......})),)))).,.)))}))}.....,
Back