Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CCDC66_0003500

Sequence Length

656 nt

GC Content

0.3674

AUGGGAAAUAAGGCCAAGAUUGCAAAAUGUCCUUUAAGAACAAAAACUGGGCACAUUCUAAAAUCAACACAAGAUACUUGUAUUGGGAGUGAAAAACUUUUGCAAAAGAAGCCAGUUGGUUCAGAAACAUCACAGGCAAAAGGUGAAAAAAAUGGAAUGACUUUUUCAUCCACUAAGGAUUUAUGUAAACAAUGUAUAGAUAAAGACUGUCUUCAUAUCCAGAAAGAGAUUUCACCUGCAACCCCUAAUAUGCAGAAGACUAGAAACACCGUAAAUACAUCUCUAGUAGGUAAACAGAAGCCUCACAAAAAACACAUCACAGCUGAAAACAUGAAGAGCAGUUUGGUGUGUCUAACACAAGACCAACUACAACAGAUUUUGAUGACUGUAAACCAAGGAAAUAGAUCUCUUUCCCUGACUGAGAAUGGAAAGGAGGCAAAAAAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGCUCUUCAAGCAUUCUAUCACAGUCUCGUAGCCAGGUUAUGGUGGUCCAAGCUGAUGGGGCAUUCACAACUUAGAGCUAGUCAGACUUUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-129.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -141.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 168.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...((((((.((((((.....(((((................)))))((((((.....(((.(((((...))))).))))))))).....(((((((....((((((....))))........))....)))))))..........((((.(((.....))))))).(((((((((((((.....((((..(((((.....)))))..))))(((..........(((((((((..........)))))...((((((.................))))))((((........))))........((((((((.(((((.............))))))))))))).....................((((((((............(((((((.........((((((.(........).))))))(((((((............))))))).........(((((......)))))..............)))))))..))))))))...))))..........))).....)))).)))))))))..)))))).))).)))......))))))(.((((((..((((((((((.(((((.((((......)))).)).))).))))).).))))...)))))...).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((...{{((((.((((((,....(((((................))))}((((((....,(((.(((((...))))).))))))))).....{|||{||,..,{,,(((.{,,||||,,{,,...||,,.,|,...,{(({{{,....{((,,{{{....,))))))}...((,,(((((.({.{{...}}.}}.})}}}..})||{{{{,,.,,,,|,,{||{{||||,,||{{{..........)))))..,((((((.................))))))((((........))))........{(((((((.(((((.............))))))))))))},,......}},,.........{(({{({{,.,,.,|,,...{{{{{{{....,,|||((((((,(.....,,...))))))||{((({............)))))}}.........,,.....,,.})))))......,}}},},.))))))).....,||},...},)}}.........{{,......}}}||,..}})}),.)))))).))),)))......))))))(.,(((((..((((((((((.(((((.((((......)))).))}})).))))).).))))...)))))...,.)