Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CCDC66_0003700
Sequence Length
1309 nt
GC Content
0.3789
AUGGGAAAUAAGGCCAAGAUUGCAAAAUGUCCUUUAAGAACAAAAACUGGGCACAUUCUAAAAUCAACACAAGAUACUUGUAUUGGGAGUGAAAAACUUUUGCAAAAGAAGCCAGUUGGUUCAGAAACAUCACAGGCAAAAGGUGAAAAAAAUGGAAUGACUUUUUCAUCCACUAAGGAUUUAUGUAAACAAUGUAUAGAUAAAGACUGUCUUCAUAUCCAGAAAGAGAUUUCACCUGCAACCCCUAAUAUGCAGAAGACUAGAAACACCGUAAAUACAUCUCUAGUAGGUAAACAGAAGCCUCACAAAAAACACAUCACAGCUGAAAACAUGAAGAGCAGUUUGGUGUGUCUAACACAAGACCAACUACAACAGAUUUUGAUGACUGUAAACCAAGGAAAUAGAUCUCUUUCCCUGACUGAGAAUGGAAAGGAGGCAAAAAGUCAAUAUAGUCUAUAUUUAAACAGUAUUUCUAAUCAGCCAAAGGAUGAGAACAUUAUGGGAUUAUUCAAAAAAACUGAAAUGGUUUCAUCUGUCCCAGCUGAAAAUAAAUCUGUCUUAAAUGAACAUCAGGAGACAUCUAAACAGUGUGAGCAAAAAAUUGCCAUAGAGAAUGAAUGGAAACCAGCUGAUAUAUUCAGUACUCUGGGGGAAAGGGAAUGUGAUAGAAGUUCGUUGGAAGCAAAAAAAGCCCAGUGGAGGAAAGAGCUAGAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGCUCUUCAAGCAUUCUAUCACAGUCUCGUAGCCAGGUUAUGGUGGUCCAAGCUGAUGGGGCAUUCACAACUUAGAGCUAGUCAGACUUUAGAGGAAACAGUACUGCUGGAGCACCCUUUCAGUGCUGUGAAACAAGAACUGCAAAGAAAAUGGAUUGAAGAGUUGAAUAAGCAAAUAGAAGAUGACCGUCAAAGAAAAAUAGAGGAAAAAAUUAUAUAUUCAAAGGGUGAGGAACAUGACAGAUGGGCAAUGCACUUUGAUUCAUUAAAGAGUUAUCCUGGUUCUCAAUCUCAGCUGUUCUCUCAGUCAACACACAAACAACCUGAGUACUUCUGUGUCUCUCCUGACACUCAGGAGCUGGCUGAUGUCAGCAGUGUUUGUACACCUACAACCGGAAGCCAGGUUGAACCUUCAGAGGAGGAGCAUAUAGCAAAACCUAUUAAGGAUGUGGUUAUGGCAAACAGUAAGAAAACAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-289.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -315.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 330.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.........)))...(((((((((((((................)))))((((((.....(((.(((((...))))).)))))))))......)))))))).....(((.((.(((........))))).)))....(((((((((...........))))))))).....((..(((((.((.((...)).)).)))))..))((((((.......((((....))))...((((..........))))))))))........((((((.(((((((.((((((((..(((((((.((((......((((((((.(((((.............)))))))))))))....................((((.((.....)))))).......(((((........))))).(((((((((..........(((.....))).....(((((((.(((...((((...(((..(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......))))).........((((((...(((...))).))))))......(..((((.((((....))))))))..)......(((...)))(((((.....))))).((((((((....((((.((((((((((.((((((((..((.......))))))))))...(((((((((((......((((((((..(((........((.((.(((((........)))))..)).))........))).)))))))).........(((..((............))..)))))))).))))))......)))))))))).)))).((((((((((.(((((.((((......)))).)).))).))))).).))))......))))))))...(((((((((..((.....))...)))))))))......)))))))....))).)))))))(((.((((((.........(((..(((((((.((...........)).)..............((((((.((...(..(((.....)))..)...)).))))))...........)))))))))..........)))))).))))))))))))..............))))..))))))).....((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.....))...)))))))).))))))).))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(({.......,|},...{(({{{{,{((((................))))}((((((....,(((.(((((...))))).))))))))).....,||||||},.....(((.{,,{||,.......,}}}}.}}}...{(((((({....{((,,{{{...,,)))))),...((..(((((.((.((...)).)).)))))..))|{{{{,.......||||,,..))))}}||{{,..........))))),,},,........((((((.(((((((.((((((((..(((((((,(((,......{(((((((.(((((.............))))))))))))|,,......}},,........{{((.{{.,..,||||}}.......{{{,,....,{,{|||||,(,{,,{{{,,,|||,,,,,{{{.....))).....,|}}}||{(((({((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((..{{........,..))}.)))).))))))))......)))))....}))})))).})))}}|,...,|,{{||,|,{||...{..((((.((({....})))))))..}...,..{{{...}}}(((((.....))))).{{((({{{,...((({.(((((((((({((((((((..((.......))))))))},.{,(((((((((((...,,{((((((((..{{{....,...,..,,.{||||}.......|||,,..})}}}........))).}}})}))}.........{({........|,,....,))}.,},)))))}})))))}..,}.)))))))))).)))).(((({(((((.(((((.((((......)))).)),})).))))).}.)))}...,|,)}}}}}}}...(((((((((..((.....}),..))))))))).......,,,{||,...,...,||{{{{({{{{{{{,,...,|}........{{{{,{{.||...........,|,|,.....,,......{(({((.(({..(..(((.....)))..)..,}).)))))),||.,,...},})),))))}}))})),,}}))})))))))}}})}})},.............,))))..))))))).....((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((,,...,}.)))))..(((((...))))).((.....))...)))))))).))))))).)))))).....,||.......,...
Back