Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CCDC66_0005100

Sequence Length

2216 nt

GC Content

0.3849

GUCAAUAUAGUCUAUAUUUAAACAGUAUUUCUAAUCAGCCAAAGGAUGAGAACAUUAUGGGAUUAUUCAAAAAAACUGAAAUGGUUUCAUCUGUCCCAGCUGAAAAUAAAUCUGUCUUAAAUGAACAUCAGGAGACAUCUAAACAGUGUGAGCAAAAAAUUGCCAUAGAGAAUGAAUGGAAACCAGCUGAUAUAUUCAGUACUCUGGGGGAAAGGGAAUGUGAUAGAAGUUCGUUGGAAGCAAAAAAAGCCCAGUGGAGGAAAGAGCUAGAUGAACAGGUUGCUUUAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGUUUCUGAAAAAUGGAAUGAUCCUUGGAAAAAAUCUGAAAGUGAUAAAAUAAUAUGGGAAAAACAUCAAAUUCUUGACCAAUCUAGGGAAACAGUACUGCUGGAGCACCCUUUCAGUGCUGUGAAACAAGAACUGCAAAGAAAAUGGAUUGAAGAGUUGAAUAAGCAAAUAGAAGAUGACCGUCAAAGAAAAAUAGAGGAAAAAAUUAUAUAUUCAAAGGGUGAGGAACAUGACAGAUGGGCAAUGCACUUUGAUUCAUUAAAGAGUUAUCCUGGUUCUCAAUCUCAGCUGUUCUCUCAGUCAACACACAAACAACCUGAGUACUUCUGUGUCUCUCCUGACACUCAGGAGCUGGCUGAUGUCAGCAGUGUUUGUACACCUACAACCGGAAGCCAGGUUGAACCUUCAGAGGAGGAGCAUAUAGCAAAACCUAUUAAGGAUGUGGUUAUGGCAAACAGUAAGAAAACAAACUUUCUCCGUUCUAUGACUGCUCUCUUGGACCCAGCUCAGAUUGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAUUAGAGCAUCAGAAAGCCAUCACUGCCCAGGUAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACUGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCUUCGCUUAGCACAGGAACGUGAAGAGAUGCAGAAACAGUAUGAAGAAGACAUACUUAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAAUCAUGACUCUCAAGACAAAUGAGCUAUUCCAGACAAUGCAGCGAGCACAGGAACUGGCACAGAGACUAAAACAAGAACAAAGAAUCCGAGAAUUGGCGCAAAAGGGACAUGACACUUCUAGACUGAUUAAAAAUCUUGGUGUUGAUACAAUACAAAUGGAAUAUAAUGCAUCUAACAUUUCAAAUUCAAGACAUGAUUCUGAUGAAAUCAGUGGUAAAAUGAAUACAUAUAUGAAUUCUACGACUUCUAAGAAGGAUACUGGUGUGCAAACAGAUGACUUAAAUAUAGGAAUAUUCACCAAUGCAGAAUCACAUUGUGGAUCAUUAAUGGAGAGGGACAUCACAAAUUGUUCAUCUCCUGAGAUUUCGGCAGAACUUAUUGGACAGUUUAGCACCAAGAAAAACAAGCAAGAACUAACUCAGGAUAAAGGAGCCAGCUUAGAAAAAGAAAACAAUCGGUGUAAUGACCAGUGUAAUCAGUUCACAAGAAUAGAGAAACAAACAAAACACAUGAAGAAAUAUCCUAAAAGGCCUGAUUGGAAUAUAAAUAAGCCACCUAAAAGGUAUAUUCCAGCAUCAGAAAAGUACCCUAAACAGCUUCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGUAAGGAGGCAGAUGGAAUUGCUUCAUUUGGUAGAAAAAAAUAAUCCUGGGCACCUCUCUCAAAACAGAGGCAUUUCACCAGAAAUUUUUCAUUCAUCUCAUCAAGAAACGGAGUCAAAGUUGAGGUGGCAUCUAGUCAAAAAGGAAGAAGAGCCUCUGAAUAUUCAUUCAUUCAGCAAGGAAAGGUCUCCAUCAUCACCAGUUCCAGUAGUGAAAAACAGAACCCAACAAACUCAAAAUACAUUACAUUUACCACUAAAAAACAGUAGCUAUGAGAGAGAGAAUUUGAUCUCAGGAAGUAAUCAAACAGAAUUAUCAUCUGGGAUUUCUGAAUCAUCCCAUUUUAUUCCGUAUGUUCGAACAAAUGAGAUCUAUUACCUUGAUCCCGAUGCACCAUUGUCUGGGCCUUCAACCCAGGACCCUCAGUACCAAAAUUCACAAGACUGUGGCCAAAAACGACAGCUAUUUGAUUCUGACUGUGUCAGGGAUCCACUUCUUAAUCCUAACAUGGUGAAAAAUAGGGAUCGACAGCAAGCAAUCCUUAAGGGACUUUCAGAACUGAGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-460.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -507.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 561.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((......((...(((((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......)))))....)))))))).))))))).))....(((....)))...(..((((.((((....))))))))..)....(((((...((((((((.....))))....))))((((..(((...((((((((.(((((((...(((........((....))........))).)))))))..((((((((..(((........((.((.(((((........)))))..)).))........))).))))))))..(((((.((((((.....(((((((((((..........(((......((((((((((((...((((((((.((........)).)))).))))...(((((((......(((......)))......)))..))))....................................(((((.((...(((((((((..((...(((((((((((.........(((..((((((((........((((......))))..............(((((((..(((((((((((((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.((((((....(((....))).....))))))))..................(((((((((((((....((((((((((..(((..((((.(((((..........................))))).))))..(((..........)))....)))..))))))...))))..)))).....)))))))))...........(((((((..(........)..)))).)))..(((......)))..)))))))))))..((((((.......))))))...............(((((...(((((.((((............((((((((.(....(((.....)))).)))).))))...........................((((...))))......)))).)))))..)))))..............((((((((((((..(((((...(((.(......).)))....(((.((........)).))).(((((.(((((((.((.(((.(((..(((....)))..))).))).))(((((..(((....(((.........)))....))).....)))))..((((((.((((........)))))))))).......(((((.(((((........))))).)))))...))))))).)))))..)))))......)))))))))))).................))))))).....))))))))..))).............(((((((..((.....(((..((.((((....)))).))...)))..))..)))).)))........(((...))).(((((((((((((......(((........)))))))))))..)))))................((((...)))).(((((((((((((..(.((((((((((........)))))).)))).)..............((((...(((((........))))).......))))...)))))).))).))))...........))))))))).))...)).))))).))))....(((.((....(((((((((........))))))..))).....))))).)).))))).))))))))))))..........)))......((((...(((.......................)))....))))...))))))))))).((((((....(((...((((.......)))).)))))))))....)))))).))))).(((.(((....))).)))...)))))))))))..))))......)))))..(((((.......))))))))(((((((........(((..((.((((.(.......).))))))...))).((((((...))))))(((((.((.......((......))........)))))))............((((...))))........))))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((...,,,{{,{.{((((({((((.((((....(((((....((((((({.((((.(((..{{........,..))}.)))).))))))))......)))))....}))))))).})))}}|....,,.{{|,.,,||}...{..((((.((({....})))))))..}...,.,{{{...|||(((((.....)))))...{{{{(((,..((({..((((((((.{((((((,,.{((........|(|...}}.,....,,||}.}}}}}}}..||||||||...,,....{,,,,......}}))}....,,,{{|||,,|||{{{{{.....||},||,}||||...,,,,.,{({{,.....||{{{{{{{{{......|||,|||......((((((((((((..,((((({{(,({{{......}}.))}).)}})....,||,{{.....{(({,.....}........,,{..,{.||...........,|,|......,,...,.}}},...(((((.({...(((((((({..({...{((((((((((......,..{{,,,{(((((((,..(((.{(((({{,,,{||(|..............{{{{{({..(((((((((((((((((...)))))}((((((....)))))).{(((,,,.}}}}...(((((.,....,.)))))..(((((...))))).((.{(((((...,(((....))).}.,.))))))))......,.......,...((((((((((({{.,..((((((((((..{((..((((.{((((........,........}........))))}.))))....{..........|||{...})),,))))))...))))..)}},...,,,))))))))...........(((((((..(........}..)))).)))..(((......))).,)))))))))))..((((((.......))))))...............(((((...(((((.{(((...,.....||.((((((((.{....(((.....))),.)))).)))).,,....{{..................(((,...}})}......}))).)))))..))))).,.,||........((((((((((((.,(........(({{,,....,........|}}}||...,||,....,||,(((((.{(((((((((.(((.{((..(({....}})..))).))).))){({...,||,,..{({.,.,.....))}.,..|||.....}))},,,((((({{((((........)))))))))).,,,...(((((.(((((........))))).)))))...))))))}.))))).,,,)))....}}))))))))))))........,..,.....})))))).....})))}}))}}|}},....|,......|,(((,.....})).,{||..{{.((((....)))).)}...,}.......,,.,.,,.........{{{...})).(((((((((((((......,{{.,,.....)))))))))))..}))))....,...........((({...}))).(((((((((((({..,.{,,,(((((({......,)))))).||||.|..............{(((...(((((........)))))...,,}.))))...)))))).))).))))...........)))))))))},}...)}.))))).)))}....((,,((....(((((((((........))))))..))).....))))).}).))))).))))))))))))..........}}}......{{{{...{{{.,....,{,.....,,.......)))....)))),,.)))))))}}||{(((((..{{{(({.....|,,})}}..))))))}))}))},.}}})})))),))}}}|{{{.{{|,,..})}.})).},)))))))).,,..)))),,,,,.,}},},|(((((.......)))))}})||||||{........{{,..{{.((((,{.......).))))}}..,}}},{{{|{{|{,}|}}||((({{.,{.......||,...,,)),.......}}))))),.......,...{((|...}))),}}}},,.,})))),,,)