Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CCDC66_0008600

Sequence Length

977 nt

GC Content

0.4084

CUCUUCAAGCAUUCUAUCACAGUCUCGUAGCCAGGUUAUGGUGGUCCAAGCUGAUGGGGCAUUCACAACUUAGAGCUAGUCAGACUUUAGAGGAAACAGUACUGCUGGAGCACCCUUUCAGUGCUGUGAAACAAGAACUGCAAAGAAAAUGGAUUGAAGAGUUGAAUAAGCAAAUAGAAGAUGACCGUCAAAGAAAAAUAGAGGAAAAAAUUAUAUAUUCAAAGGGUGAGGAACAUGACAGAUGGGCAAUGCACUUUGAUUCAUUAAAGAGUUAUCCUGGUUCUCAAUCUCAGCUGUUCUCUCAGUCAACACACAAACAACCUGAGUACUUCUGUGUCUCUCCUGACACUCAGGAGCUGGCUGAUGUCAGCAGUGUUUGUACACCUACAACCGGAAGCCAGGUUGAACCUUCAGAGGAGGAGCAUAUAGCAAAACCUAUUAAGGAUGUGGUUAUGGCAAACAGUAAGAAAACAAACUUUCUCCGUUCUAUGACUGCUCUCUUGGACCCAGCUCAGAUUGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAUUAGAGCAUCAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACUGGAGGAAGAGCAAAGAAAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCUUCGCUUAGCACAGGAACGUGAAGAGAUGCAGAAACAGUAUGAAGAAGACAUACUUAAGCAAAAACAAAAGGAAGAAAUCAUGACUCUCAAGACAAAUGAGCUAUUCCAGACAAUGCAGCGAGCACAGGAACUGGCACAGAGACUAAAACAAGAACAAAGAAUCCGAGAAUUGGCGCAAAAGGGACAUGACACUUCUAGACUGAUUAAAAAUCUUGGUGUUGAUACAAUACAAAUGGAAUAUAAUGCAUCUAACAUUUCAAAUUCAAGACAUGAUUCUGAUGAAAUCAGUGGUAAAAUGAAUACAUAUAUGAAUUCUACGACUUCUAAGAAGGAUACUGGUGUGCAAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-209.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -230.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 188.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((.....(((((..((((((((((.(((((.((((......)))).)).))).))))).).))))...))))).........(((((((((..((.....))...)))))))))......)))).)))............))))))))(((.....(((..(((.(((((..(.((...........)).).........(((((((...(((((..(..(((.....)))..)....)))))((((((......))))))..((((((((....(((.(((((((((((((................)))))...(((((((((((((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.((((((....(((....))).....))))))))..................(((((((((((((....((((((((((.......((((.(((((..........................))))).)))).....))))))...))))..)))).....)))))))))...........(((((((..(........)..)))).)))..(((......)))..)))))))))))..((((((.......))))))...............((((....((((...((....))...))))....)))))))....))))))))....))))))))..............(((((......((((..((((.((.................)).)))).....)))).....)))))((((((...)))))).....)))))))...)))))...((((((...(((.((......))))))))))).(((.(((.(((..(((....)))..))).))).)))(((.....)))..))).))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((.({((((.,...(((((..((((((((((.(((((.((((......)))).))}})).))))).).))))...)))))...,,},,.(((((((((..((.....}),..)))))))))..........,|....,}...,})..))))))))(((,,,.......,,...,.,..,{.||...........}||}......,,.,.}}}}},..((.(((((((((.,..(((((((.(((.{{...((((((......))))))...}})))))),,)))....))))).)))).)).............,,,{{{{,{...,}}|||}}{((((|...)))))}((((((....))))))..{(((((((((((..(((((,,...,,.)))))..(((((..(((((..((.((((((....(((....))).,...)))))))).....,,.......,...((((((((((({{.,..((((((((((.......((((.(((((........,........}........))))).)))).....))))))...))))..)}},...,,,)))))))).,,...,...,{{({{{{..{........,..)))).))}.,|,{..{{,.,||{{|(((((({.....((((((.......))))))...............(((((...(((((.((((.........||.((((((((.{....(((.....)))}.)))).)))).,,....,,.......,..........({{{...}))}......}))).)))))..))))).....|{{,.....|||,.((((((...))))))....,,,......)))))))....}}}}}..}}}..,,,.{{{{{{,,,,)}}}))}||,{{{.,,{,,((,,...,,),.)))}}})..)))))..))))).....)))))))))))))