Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CCDC66_0008900

Sequence Length

1203 nt

GC Content

0.3973

GUUGAUCAGUUUCCAUGUAGUUGAGUGGUUUUGAGUGAAUUUCUUAAUCCUGAGUUCUAGUUUGAUUGCACUGUAGUCUGAGAGAUAGUUUGUUAAAAUUUCUGUUCUUUUACAUUUGCUGAGGAGUGCUUUACUUCCAGCUUCGUGGUCAAUUUUGGAAUAAGUGUGAUGUGGUACUGAGAAGAAUGUUUAUUCUGUUGAUUUGGGGUGGAGAGUUCUGUAGAUGUCUGUUAGGUCUGCUUGGUGCAGAGCUGAGUUCAAUUCCUCGAUAUCCUUGUUAACUUUCUGUCUCGUUGAUCUGUCUAAUGUUGACAGUGGGGUGUUAAAGUCUCCCAUUAUUAUUGUGUGGGAGUCUAAGUCUCUUUGUAGGUCUCUAAGGACUUGCUUUAUGAAUCUGGGUGCUCCUGUAUUGGUUGCAUAUAUAUUUAGGAUAGUUAGCUCUUCUUGUUGAAUUGAUCCCUUUACCAGUAUGUAAUGGCCUUCUUUGUCUCUUUUGAUCUUUGUUGGUUUAAAGUCUGUUUUAUCAGAGACUAGGAUUGCAACCCCUGCUUUUUUUUGUUUUCCAUUUGCUUGGUAGAUCUUCCUCCAUCCCUUUAUUUUGAGCCUGUGUGUGUCUCUGCAUGUGAGAUGGGUCUCCGGAAUACAGCACACUGAUGGGUCUUGACUCUUUAUCCAUUUUGCCAGUCUGUGUCUUUUAAUUGGAGCAUUUAGUUCAUGAACAUGUAAGGUUAAUAUUGUUCUGUGUGAAUUUGAUCCUGUCAUUAUGAUGUUAGCUGGUUAUUUUGCUCAUUAGUUGAUGCAGUUUCUUCCUAGCCUCGAUGGUCUUUACAAUUUGGCAUGUUUUUGCAGUGGCUGGUACCGGUUGUUCCUUUCCAUGUUUAGUGCUUCCUUCAGGAGCUCUUGUAAGGCAGGCCUGGUGGUGACAAAAUCUCUCAGCAUUUGUUUGUUUGUAAAGGAUUUUAUUUCUCCUUCAUUUAUGAAGCUUAGUUUGGCUGGAUAUGAAAUUCUGGGUUGAAAAUUCUUUUCUUUAAGAAUGUUGAAUAUUGGCCCCCACUGUCUUCUGGCUUGUAGAGUUUCUGCUUAGGGAUCCACUGUUAGUCCGAUGGGCUUCCCUUUGUGGGUAACCUGACCUUUCUCUCUGGCUGCCCUUAACAUUUUUUCCUUCUUUCAACUUUGGUGAAUCUGACAAUUAUGUGUCUUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-304.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -329.74

Frequency: 0.0000

Diversity: 350.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.((.((((........))))....)).))).....)))))((((((.....(((.((((.(((((.(((.(((((((.(((((....)))))..(((......)))...((((.((((((...))))))))))...............((((.((((((...(.(((((((((((((((....)))))...((((((((((((((((((.....((((((..((((.(((((.....))))).))))............))))))......))))))))))))))..)))).(((....(..((((((((((.(((((((.(((((((.........))))))).))..............(((.((((((.((((((((((......(((.(((((((....((..((((.........((((..(((((.......)))))....)))).((((((((((...((((((((((((((........((.(((((......)))))))........))))))..)))...(((.....))).............)))))))).)))))))......................(((.(.......).))).(((((.((((.(((...((((....((((.(((((((((((...........))))))..((((((.(((((((..(((((..(((((.(((((((((.(..(((..(((((((....((((.....)))))))).)))..)))..).)))..))))))......))))))))))..)))))))..........(((.....))).........))))))........)))))))))...))))....))))))))))))...))))..))..))))))).))))))))))))))))..))).)))........(((((((((..........((((((((((....(((.....((((((.((((......))))...)))))).....)))...)))))))))).......)))))))))...)))))))))))))))..).)))..(((((...)))))(((((.((((((....(((((...))))).......))))))..)))))......)))).)).)))))...)))))).)))).)))))))))).))))))))).)))..........))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((,{{.((((........))))....}).})).....)))))((((((..,{{(((.((((.(((({.(((.(((((((.{({((....}))},..,,,......|||...((((.((((((...))))))))))...}}}.........((((.((((((...(.((((((((((((((,,...,,}},...{{{,,((((((((((({(.....((((((..{{((.(((((.....))))).))||,........,,,))))))...,..}}}}}}}}|}}}}}..)))}.{{{....|..||||{{((((.(({{,((.(((((((.,,....,,))))))).))......,...(({{((({,..,||}|||||,,,{{||...,(((,(({(({{....{(,,(((({{......,((((,,(((((.......))))).,,,}))).,.,{{{{|||,}}|||{({..((({.((((((..,(({({{{{..,,..})))),,.,....,.,)))))).})))..|||,,,,.}}}........|,...|||,,,}}.}))}))}.....}}}}}},,|........((({{,,...}.}.}}}.(((((.((((.(((.,.((((.,,.((((.(((((((((((...........))))))..{(((((.,(({({{...,,{{.{{({{{,,.(((((((((((({(,..,,...|}},}}}}}...}}))))),}}}})},,||||},}}}|.,|||}||,....,{|||||,,,..})),)))).........,||{..,,|}},....,}}..}})))}........))))))))),,.))))..,.))))))))))))..{|||}.,||,,|||||||{||}}||||}||||}}}|||||.|}||,.,....(((((((((..,,,...,.((((((((((....({({{{{{{,{{{,.((((......))))..,,))))).....)))...)))))))))).,...,,)))))))))...)))))))))))))}}..)}),),,|{|||,,,))))},,|||,|{{|||,|..(((((...))))).,|,...)})))}..)}}))...,}})))).)).)))))...)))))).)))).)))))))))).,)))))))).}))...,,.,.,.))))))