Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CD44_0004300

Sequence Length

492 nt

GC Content

0.4797

CUUUGAUGAGCACUAGUGCUACAGCAACUGAGACAGCAACCAAGAGGCAAGAAACCUGGGAUUGGUUUUCAUGGUUGUUUCUACCAUCAGAGUCAAAGAAUCAUCUUCACACAACAACACAAAUGGCUGUUUCAACCACACCACGGGCUUUUGACCACACAAAACAGAACCAGGACUGGACCCAGUGGAACCCAAGCCAUUCAAAUCCGGAAGUGCUACUUCAGACAACCACAAGGAUGACUGCAGAUGUAGACAGAAAUGGCACCACUGCUUAUGAAGGAAACUGGAACCCAGAAGCACACCCUCCCCUCAUUCACCAUGAGCAUCAUGAGGAAGAAGAGACCCCACAUUCUACAAGCACAAUCCAGGCAACUCCUAGUAGUACAACGGAAGAAACAGCUACCCAGAAGGAACAGUGGUUUGGCAACAGAUGGCAUGAGGGAUAUCGCCAAACACCCAAAGAAGACUCCCAUUCGACAACAGGGACAGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-108.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -116.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 72.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((....)))).(((...)))(((.((((((((.((......(((((.......))))))).)))))))))))..))))))))(..........(((((...............((((((((((............(((((....((((......(((........)))......)))).....))))).......((((...((((((((........((....((((...(((...((((((.......((((....))))...........((((...)))).........(((...((.(((..(((((...)))))..))))).))).........)))))).)))..)))).))........))))))))..)))).)))))))))).((....))....((.(((((....))))).))....(((.............)))...))))).((((...........)))).....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((({({,...,|||}.,,|,..)))(((.((((((((.((,.....{((((.......))))))).)))))))))))..)))))))){,..,{,....||||{...............((((((((((............(((((..,.((((......(((........)))......)))).....))))).......((((...((((((((...,....{{....((((...(((...((((((......,(({,....|}||,.....,,...((((...))))...,.....{{{..,((.(((..(((((...)))))..)))},.))).........)))))).)))..)))).})........))))))))..)))).)))))))))).((....))....{{,(((((((....{{({.|.....,|.}}))))))))).}.....}}}},.((((...........))))....})