Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CD44_0007400
Sequence Length
951 nt
GC Content
0.4795
UUUCAACCACACCACGGGCUUUUGACCACACAAAACAGAACCAGGACUGGACCCAGUGGAACCCAAGCCAUUCAAAUCCGGAAGUGCUACUUCAGACAACCACAAGGAUGACUGAUGUAGACAGAAAUGGCACCACUGCUUAUGAAGGAAACUGGAACCCAGAAGCACACCCUCCCCUCAUUCACCAUGAGCAUCAUGAGGAAGAAGAGACCCCACAUUCUACAAGCACAAUCCAGGCAACUCCUAGUAGUACAACGGAAGAAACAGCUACCCAGAAGGAACAGUGGUUUGGCAACAGAUGGCAUGAGGGAUAUCGCCAAACACCCAAAGAAGACUCCCAUUCGACAACAGGGACAGCUGCAGCCUCAGCUCAUACCAGCCAUCCAAUGCAAGGAAGGACAACACCAAGCCCAGAGGACAGUUCCUGGACUGAUUUCUUCAACCCAAUCUCACACCCCAUGGGACGAGGUCAUCAAGCAGGAAGAAGGAUGGAUAUGGACUCCAGUCAUAGUAUAACGCUUCAGCCUACUGCAAAUCCAAACACAGGUUUGGUGGAAGAUUUGGACAGGACAGGACCUCUUUCAAUGACAACGCAGCAGAGUAAUUCUCAGAGCUUCUCUACAUCACAUGAAGGCUUGGAAGAAGAUAAAGACCAUCCAACAACUUCUACUCUGACAUCAAGCAAUAGGAAUGAUGUCACAGGUGGAAGAAGAGACCCAAAUCAUUCUGAAGGCUCAACUACUUUACUGGAAGGUUAUACCUCUCAUUACCCACACACGAAGGAAAGCAGGACCUUCAUCCCAGUGACCUCAGCUAAGACUGGGUCCUUUGGAGUUACUGCAGUUACUGUUGGAGAUUCCAACUCUAAUGUCAAUCGUUCCUUAUCAGGAGACCAAGACACAUUCCACCCCAGUGGGGGGUCCCAUACCACUCAUGGAUCUGAAUCAGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-233.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -251.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 276.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((..(((.(((((...((((((.((((......(((........)))......))))......(((..(((...((((...((((((((((((.((.((....)).)).))))((((((.......((((....))))...........((((...)))).........(((...((.(((..(((((...)))))..))))).))).........)))))).((.(......))).......))))))))..)))).)))...)))...)))))).....))))).)))...(((((..((((((((...................(((........))).......(((((((((((((((((.(((........((.(((.......))).)).........)))...))))....((((((...((((..((((..((((.............))))..))))..))))..))))))...((((((.....(((....)))...........(((((((((.((((....((((((....))))))(((((((...(..(......)..).)))))))........))))..(((.....)))((((...))))...........)))))..))))..........)))))).....((((((((.((((((((..(.....)..))))))))..))))))))(((.((((((.......((((.((..........(((((((.((((...))))................(((((.........)))))...))))))))))))).......)))))))))........))))))))...((((((...)))))).....((((.....(((((....))))).....)))).......((((....)))))))))...)).)))))).))))).....))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{{..{{,..{{{{{(({(({{{.{{{{......(((........})),.,,,.))))...,,|||||,{{,...((((...((((((((((((.((.((....)).)).)))){(((((......,(({,....||||,.,...{,...((((...)))).,.,.....{{{..,((.(((..(((((...)))))..)))},.)}).........)))))}.,,.......,||,....},,))))))))..)))).},,....||..{{....)}...,}}}}}||||...{{(((,,({(({(((.,,{.,,,...........,,....{{{{.,,,.......||||,{(((((((.,,,.(({.......|{(.(((.......))).}}......,,.|||{{{{{||{{..{(((((...((((..((((..((((.............))))..))))..))))..)))))}...(({{((.{{{{{{(,{{,||}.,|{{,.....{{{{{({({.{{{{....((((((....)))))){((((((,{,(,.,.,..,,},.},))))))}........}}}},,{((....,|||,{(({{{|||,.........)})))))}|}|,},.........}},))).....((((((((.((((((((..(.....)..))))))))..))))))))..{,{,{{{{..||...||||,||}},.......{{{{||||{(({,..,|||,|,.....,.......{{{||.......,,)))))...|||||}},,,|||.....}))))))))))))),)},.)))))))}...((((({...)))))).....{(((.....(((((....))))).....)))}....{{,({({...}))))))})},,,)).))}})),}))))....,},,,
Back