Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CDK13_0001100
Sequence Length
1500 nt
GC Content
0.3593
CUGAGAUUGCACCACUGCCUGGGCAACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAGACAAAAAAUGAAAAACAAAAAAAACAAAAAAAGGUCCAGCCCCACACGGUUAGAAAAAUUCUGUUGAUAUUAAUAAGGUCUGGUAAUACACUUUGAACAAAUUCUUGAUGGCUACAGAGAGACUAAUCAAAGUAUGUGCUUUUGUGCAUGUCAAGUACUGAGCUCCCUUCUACUCUUCUCACCUGCUUUUCAUUUUCUGUCUUCAAAAAUACAUAUCAAGGCAUGGUUCAGGGAAACAUGAAGACAAACACAGAAUUUAUGCUCAGUGGACUAGAACAUGUUUGCUUGAGCAAAUCUGCAAAAAGUCAGCCACGUGUCUUUUUGUUGUUGUUGUCGUUACUUUUAAUAUGGCAUAAGAACCAUAAAGGAAGUGUAUUUUUAGAAUAAACACAAAACAUUUCAGUUUUAUGUUAUCUUUUCUAGUUUUAAAAAUAACAUGUUUAUUGAAAUGUAUUUCACAUACUGUACAGUUACUGUUUUAAACUAUAAUUUAUUAGUCUUUAGUCUCUUCAUAGCUUUGUGUAACCACUAAUUUGAGAAUAUUUCAGUCACUCCAGAGAGAAACUCCAUGGCUAUUUAGCAGUCACUCCCCAUUCCCACAUUCCACAGUUUUGGCAACCAACGGUUGGUGAUUUCUUUCUGUCUUUGUAGAUUUACCUAUGCUGGAUAUUUCAUUUCAGUGGAAUCAUAUAAUGUAUGAUCUUUUAUGGCUGGAUUCUUUCACUAAAGCAUAAUGUUUUCAAGGUUUAUCUGUGUUGUAGUAUAUGGAUCAAUAUUCCUUUUAUUGGCCAAAUAUCCCAUUGUAUGGUUAUGCCACAUUUUAUCAUUAGUCAUGGACCUUUGGGUUAACUUUUUGGCUAUUUUUUUAAUGCUGCUAUGAACAUUUGUGUACAAGUUUUUGCAUGAGCAUUUGUUUUUCUCUUGAGCAUAUAUCUAGGAGUAGAAUUGCUGGGUCAUAUGAUAAUUCUAUGUUUAAGAUUUUAAAGAGCUGUCAAGCUGUUUUUUAAAGUAGCUGCAUCAUUUUUAUAUUCAUAUCAGCAACAUAUGAGGGUUCCAGUUUCUUCACAUCCUCAACAAGAGUUGUCUUUUUGAUUGUAGCCAUCUUGGUAUUUGCAGUGGGAUCACAUUUUGGUUUAGAUUUGCAUUUCUCUAAUGACAAAUAAAGUUGAGCAUCUUUUCAUGUGUUUUUGACCAUUUGAGAAAUGGCCAAAAUCUUUUUUUGAGAAAUGUCUACAUGAAUCUCUUGUCCACCCCCACUACCCCCUCUUUUUUUUGAGACAGGGUCUCACUCUGUUGCCCAGGCUAAAGUGCAGUGGCACAAUUUUGGCUCACUGCAGCCUCCAUCUCUAGGACUCAAACAAUUUCCCUAUCUUAGCCUCCUGAGCAGCUGGGACCACAGGUACACGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUCGUAUUUUUGUAUAGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-359.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -391.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 474.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..((((((((((((((((((((..((((((..(((((((((((............................((((((((((((((....)).(((((...))))).............)).))))....)).))))...(((((((..((((((((((((((((((((((...((((((((((..((((.......)))).))))....((((((((((....................((((((((......(..((((.....))))....)......)))))))).....(((...(((((((((.(((..((((((....((((((.(((((.((((((((((.((......)).))))))))((((.(......(((((((..(((((........)))))..))))))).......).)))).(((((((((((((((((..((((((((.(((.........))).))))))))...)))))))))).........((((...(((((..(((...)))..)))))...))))..........((((((((...(((....)))....((((((((((((((((((...(((((((((........(((....))).((((((..((...........(((......)))........))..))))))))))))))).....((((......))))((((((........))))))(((.((((((...)))))))))....))))))))..................))))))))))(((.((.(((((.((..((((.(((.((((((.......))))))))).))))..))...))))).)).))).((((.......((((((..((((....)))).......)))))).......))))..))))))))..)))))))...))..))))).))))))..))))))))).)))))))))..))))))))))))).((((((...((((((.(((...((((.....((((((((((((.((...)).))))))))))))....)))).))).)))))).....))))))))))))...))))..)))))))).......((((.((((....)))).)))).))))))))))..)).))))).((((((...(((....((((((.....(((((((((.......(((.(((((((.((...((((((.(((........))).))))))...)))))...)))).)))))))))))).....))))))...))).....)))))).........)))))))))))..))))))..)))))))))))))))........)))))..)))))))))((((((((((..........((((..............)))).(((((....))))).(((((((......(((....)))......)))))))...............))))..)).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((..((((((((((((((((((((..((((((..(((((((((((.......,,.....,.............,{{{{(((((((,.....}||{{{{,...,}})},||,,.....,..|}.}}|}....|,,|}}},..(((({{(,.((((((((({{{{{{{{{,{{{,,|({{{{{((((,{((({,{{,.,,||||{||||...,{(({{{{{({...,,,{{{{{{..,,,,,.{({{{,,,............|,}},},}|}.,,||||,..,||}|||||,{{{{(((...,,((((((((((((........)))}})||}}))|{|.,,((((((((.((......)).)))))))),,{{{,{{{{{{,,,,,,,..,||||}}.,,...|||||{{|||,|||{,{{,...,}},,.}))},,.((((((((((..((((((((.(((,........))),))))))))...))))))))))....{{{{.{((((..((..({((......((((........))))...))))..)),.}))).,.})))...(((((.{..((((({(({((((((.....((((((((({..,..,{(((....,,,}||||....,,...........{,,......})).,{{{,..}),)))})})))))))))).....((((......)))))))))))))))))..).))))).{((((((...}))))))}}}}}}))),{{((....}}}|,,{{((({...})))}}..,}|...,|||||||},,,{{{|,|||||{{{{{..,,...}}}}}||||,|||,{{{{,,|||}||||,||}},,{{,..,....{{||||,}||||..,.))}}.....,,)))))}.......,|||{||||||||{,{,,{(|||.||}||.,,})).}}}))),.))))),,,||||}}|||||.,|||||}|}}}}}},|{||||||.{{{{((.{{,..,{(({,..,,((((((((((((.{,...)).)))))))))))).,,.)))}.}},.,}}}}}.,},,})))))},,,,|{|||||,..}}},,))}.,,},..||||,||||},.,))}),)))),))))))))))..)).))))).((((((...{((....((((((..,..(((((((((..,.,,,{{,.,,,{{{{.{{,,.{{|{{{.||{.,,,,|.,|||,}}}})))))),))),..},},.,,.))))))))).....))))))...))).....)))))).........}))))))))))..))))))..))))))))))))))}.......,)))))..)))))))))(((({((,(({{(,,......})),,,,........,{{{..,(((((....))))).,,,,)))}....,||{....|||,.....,,))))..........,,,,...,)),}}).))))
Back