Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CDK13_0006200

Sequence Length

909 nt

GC Content

0.3850

CUUACGAGGAAAUAUUUCAGUAAAAGCAGUUAAAAAAGAAGUAGAAAAGAAACUCCGAUGUCUUCUUGCUGAUUUACCGCUGCCCCCUGAGCUACCAGGAGGAGAUGAUCUUUCAAAGAGUCCAGAGGAAAAGAAAACAGCAACACAGUUACAUAGUAAAAGGAGGCCUAAAAUAUGUGGGCCUCGCUAUGGUGAAACCAAAGAAAAAGAUAUUGACUGGGGAAAACGCUGCGUGGAUAAAUUUGAUAUCAUCGGAAUUAUUGGAGAAGGUACUUACGGACAAGUUUACAAAGCCAGGGAUAAAGACACUGGAGAAAUGGUAGCCUUAAAAAAAGUACGUCUGGAUAAUGAAAAGGAAGGCUUUCCAAUUACAGCAAUUCGAGAAAUUAAAAUUCUCCGGCAGCUUACCCAUCAGAGUAUUAUCAAUAUGAAGGAAAUAGUGACUGAUAAAGAAGAUGCUUUGGAUUUCAAGAAGGACAAAGGUGCAUUUUAUCUGGUGUUUGAAUAUAUGGACCAUGAUCUGAUGGGACUACUGGAAUCAGGCUUGGUUCAUUUUAAUGAAAAUCACAUAAAGUCAUUUAUGAGACAGCUCAUGGAGGGUCUGGAUUAUUGUCAUAAGAAGAACUUUUUGCAUAGAGAUAUUAAAUGUUCCAAUAUCCUUCUAAAUAAUAGAGGGCAGAUAAAACUUGCAGACUUUGGACUUGCUCGAUUGUAUAGCUCAGAAGAAAGUCGGCCGUAUACUAACAAGGUAAUUACUUUAUGGUACCGUCCACCUGAACUGCUACUGGGAGAAGAACGAUACACACCAGCCAUUGAUGUAUGGAGCUGUGGCUGUAUCCUUGGCGAACUCUUCACUAAAAAACCUAUAUUUCAAGCAAAUCAGGAACUUGCACAACUAGAAUUAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-202.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -222.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 266.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((....))....((.((((((....((((((.................((((.(((((.((((((((((((.(((....((...(((((.(((....((((((.....))))))....))).))).))...))))).))))....(((((((..........((((((((.......)))))))).((.((((...)))).)).....((((((((.((((......(((((.((((.((.((((((.((.(((((((((((..(((..((((((........(((..((...(((((........).)))).....))..)))........)))))).))).)))))).....((((....))))...........))))))).)))))).)).)))))))))...)))))))).....))))...............)))))))...))))))))...))))))))).....((((...(((((...((((((..((((....(((((((.((((..(((..((((.(((.((.((((.(((..(((((((((((.(((...)))..))))))..((((((((....))))))))(((((((.(...(((((.......((((..((((.(((....))))))).))))......(((((((.....)))))))..)))))....).))))))).))))).))).)))).)))))))))..)))..)).)))))))))..))))))))))..........))))))))).(((((..((((..(((((..((...((((((..((((((((......)))..)))).)..)))))).((((.(((...))).)))).....))...)))))))))..)))))))).)))...))).))).)).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({,,..{{{,...,|||,||,..,|({(({......,.{{{,.....((((.{((((,{(((((({((((.{{{....{{.,(({(((.(((....((((((.....))))))...,}}},))).))...,},,}.)))),...(((((((.,,,,.....((((((((.......)))))))).||.{(((...}))}.}}.....{(({((((.((((..,...(((((.((((.{(.((((((.((.((((({((((({{(((..((((((......,,({(,,({...(((((........).)))).....}},,))},},.....)))))),|||.,,},,,.....{{,|,,,,)))),,,........))))))).)))))).)).)))))))))},.))))}))}.}}}}}.||,.,,,..........)))))))....})}})}).,,)))))))))...{((..(((((.(((({(((((((((((((,{{{(({((((((((.(.((((((,{..,..,|,..))))))).)))))))}.,,.,{{,.,,,},|{,,,{,,,.{{((((((....}))))})}||||||{,{,,,{{{||.,,,,,.{,,{,||||,.,,,,.}.},,,,,)})))).},,,,(((((((.....)))))))))))))))}..))))..)))))..))}||},||||.,,|}}}||},.,,,.,})}}||{||,{{{{,..,{|||,...}}}}}.|||},.,,.)}.(((({..{(({..{(({{..,,...((((((..((((((((......)))}.}))).)..)))))).{(((.(({...})).)))}.....,,...})))}))))..))))).,,,}}}...,,,.,...,,.,..}