Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CDK13_0008500

Sequence Length

987 nt

GC Content

0.3982

AAUAUGUGGGCCUCGCUAUGGUGAAACCAAAGAAAAAGAUAUUGACUGGGGAAAACGCUGCGUGGAUAAAUUUGAUAUCAUCGGAAUUAUUGGAGAAGGUACUUACGGACAAGUUUACAAAGCCAGGGAUAAAGACACUGGAGAAAUGGUAGCCUUAAAAAAAGUACGUCUGGAUAAUGAAAAGGAAGGCUUUCCAAUUACAGCAAUUCGAGAAAUUAAAAUUCUCCGGCAGCUUACCCAUCAGAGUAUUAUCAAUAUGAAGGAAAUAGUGACUGAUAAAGAAGAUGCUUUGGAUUUCAAGAAGGACAAAGGUGCAUUUUAUCUGGUGUUUGAAUAUAUGGACCAUGAUCUGAUGGGACUACUGGAAUCAGGCUUGGUUCAUUUUAAUGAAAAUCACAUAAAGUCAUUUAUGAGACAGCUCAUGGAGGGUCUGGAUUAUUGUCAUAAGAAGAACUUUUUGCAUAGAGAUAUUAAAUGUUCCAAUAUCCUUCUAAAUAAUAGAGGGCAGAUAAAACUUGCAGACUUUGGACUUGCUCGAUUGUAUAGCUCAGAAGAAAGUCGGCCGUAUACUAACAAGGUAAUUACUUUAUGGUACCGUCCACCUGAACUGCUACUGGGAGAAGAACGAUACACACCAGCCAUUGAUGUAUGGAGCUGUGGCUGUAUCCUUGGCGAACUCUUCACUAAAAAACCUAUAUUUCAAGCAAAUCAGGAACUUGCACAACUAGAAUUAAUAAGCCGAAUAUGUGGGAGUCCAUGUCCUGCAGUGUGGCCUGAUGUAAUCAAACUACCAUAUUUCAACACCAUGAAACCAAAGAAGCAAUAUCGUCGAAAGUUAAGAGAAGAAUUUGUUUUUAUUCCUGCAGCUGCGCUAGACUUAUUUGAUUACAUGCUUGCCUUGGAUCCUAGUAAGCGCUGCACUGCUGAACAGGCUCUUCAGUGCGAGUUCCUCCGAGAUGUGGAACCCUCAAAAAUGCCUCCACCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-229.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -250.76

Frequency: 0.0000

Diversity: 295.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((.((((..((....(((((((((((..........(((.((((......(((((.((((.((.((((((.((.(((((((((((..(((..((((((........(((..((...(((((........).)))).....))..)))........)))))).))).)))))).....((((....))))...........))))))).)))))).)).)))))))))...)))))))...((((((((.(((.......))).))).))))).........)))))).)))))....))....)))).)))....(((((((.........((((((((.(.((((((............))))))).))))))))...(((((.............)))))((((((....))))))((((((...(((....)))....(((((....(((((..((.(((((.....(((((((((((((((((.....))))))((((.......)))).((((((...((.(((.........)))..))...))))))((.((..(((((..(((((....))))).))))).)).)).............((((.................)))).....))))).)))))).......)))))))..))))).)))))..........(((((((((.........((((((((((((................(((......)))(((.((.(((.(.((((((((((...(((((((((((........(((((......)))))....((((((((..((.((...........)).))..))))))))..((..((......))..))....)))))))))))((((((...........)))))))))))))))).).))))))))....))))))))))))..))))))))).))))))...........)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{{{{{(({{,,{,,({.,{|{||,||||,||......}|}||..,(((({,....(((((.((((.,{.((((((.((.(((((,{{{(({((({,.((((((.......{((({.(,...(((((,.......}.)))).....|||.}}||||.....}))))).|||.,,,,,,.....,,||}}}}})))},,........})))))}.}))))}.)).)))))))))|,.}}}|||{{{{((((.((..(((..,{....,..}..}).))}..}}.}}}})))))}.,,||,,,{((..(((((.((({{((((((((((({(,{{{{{,((((((((.(.((((((,,.....,,,..))))))).)))))))).,,.,{{,...,|,|{,,,{,,,.||{{((((....})))}}}||||{||{{{{,,,{{||.,,,|,,{,,|,||||,.,,,,.},},,,,,)})})),},,,,(((((((.....)))))))))))))))}..))))..)))))..))},||.||..{{{({({((((.,{...{{{{({{(,,{{{(,..{{(||....,}}}},))))},}},},..)})}.}}}}),}}}}).,......{{{{{{..{(((((((......})}}.}))),),,)))))),||||}|||,}.,)).}}},....,|||||||||.,,......((((((((((((................,{.......,||(((,({.(((.{.((((((((((...(((((((((((........{((((......))))}....((((((((..((.((...........)).))..))))))))..,,.,((......))..),....)))))))))))((((((...{,...},})))))))))))))))).).)))))))),.,.)))))))))))),,)))))))})},..,,,......,,.)))})))),