Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CDK13_0011700
Sequence Length
1285 nt
GC Content
0.3175
GCUGGUCUUGAAUGCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCACCCAGCCUUCUUGGGAUUGUUCAGAGGCAAAGUAUUGGAAUCUAUCAAUGAACAGAUAGUCUUUGAUCUCUACUCCGUUGACACUUCCUUGAAUGUAAAAAUAAUUUUUAGAGUGUGGUACUUUUUGUUUUAUAAAAAGUAUGUAUCAGUCUGAAUGUUUGUUUGCUUCAUAAAUCAAAACAUUUCCAUAUUUUUGAAAUUACAUCAGUGUUUUAAAAUUCAACUUCCUAGAUUAAAUUUUACAGUUGAAUGUUUUGUCUCAGUAUUUUGCCUAGUUCUUAUUUCUUGUCUAACAGAAACUAAGCAUUUGGAAAGGCCAUUAAUUAGUACACGUUAAAUAUUUUUCUGUACAGUUAGAAAUAUAUUUCAUGUGGUUUUGUGUUUAUUUUUGAAAAUUUACUAUUUUCACGUCUGAAUUAAUAAAACAUUAUAGCAAUUAAUAAAAAGUAUAUUCUAGUUUGCUAAGGUGACUGCUAAAUAUUGCAUUAGAUGAUGCUACAUAUUGCUUAGAAUUUGAUAUACAAUAUAUAAAAUAAUCUUUUACUUAUUCCUUUUUAGUCACCUGAAUUUGUUUAGUUUCUCUACGAUUCAACAUACUUUUAAUUUUUAAGAUUUUUUAAAAAAUACAAGACACUAAAAAUAUUUUUUAAAGUAAAAUAAAAAUUAACUAUUUGUAGAUAGAUUUAUAUAAAUUUAAACAUUUCCUUGAGCCUAGUUAUCCAGUUGCACUUUUAUAACACCAUUGUAUAGGUUUGAUAUACUCAUAGAUCCUUGAUGUGUUUGAGAAACUAGUUGUCAUAAUUUUUACAAAUUUUGUUCUUCCACCCAGUAAAUCAUGUGUCAUCUAAAGUUAGAGGGCAAUAUACAUUAAGGUGCCUGACCUGUGCCCAGCAUUGUUUGGGCUUUGUGUGUGGGGUUCAUAAUAAAGAAUGUUACGAGGUUUUUUAACUUUCUGGGAAAAUACAAAAUAGGGAGUUAAGACAGGUAAGUAUGAUGUAAAUUUAAGAAUGUGAAGAUAAAUAUAUUAUUAAUAGAGAUUAGACUUUAUGAAUAUGCAUCUUUUACUGUGUUGUAAAGGAAGUAUAGCACUUGAAUGAGAAAAAUAGGGAAAGGAUUUUAUUAAAAGGGGAUAAGGCAGCUGGGCACAGUGGCUCACGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGCGCAGAUCACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-348.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -372.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 344.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((.......))).).)(((((((((..(.(((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((((..((((((......((((.(((.(((.((...((.((((((..(((((........)))))..))))))..))...)).)))))).)))).((((.(((((...(((.((((((.((..(((((((((((...)))))))))))....)).)))))).)))..)))))))))......................((((((((.((....))))))))))((((((((...((((......)))).))))))))((((((((((....((((.((((.((((((((.(..(((((((.........(((.(((((.((((((..........(((((.((((((.((((((......)))))).)))))).)))))((((((((((((....(((((((.....)))))))....)))))..)))))))....((((((......................))))))(((((((((....((((((.(((((((...((........)).....)))))))...))))))....(((((........)))))......)))))))))((((((((..(((((.(((((((......(((...((((((((((.....((((((((((((..............)))))))))))).....)))))))))).)))))))))).)))))...))))))))...........)).)))).....))))).))).((((((((((((....(((.(((..((.((((.(((((((..(((((.....))))).........(((.(((((((((..(((..((((((((((.....(((((....((((.((((....)))).))))...(((((((...((((((((((..((((((......))))))......(((((.((((........)))).))))))))).(((((((((((((.............)))))))))))))))))))....))))))).)))))....)).))))).....)))..)))..))))))))))))))))))).)))))).))).))).))))))))))))..)).))).))..)))))))))...)))).))))..............)))))))))).))))))..)))))))))).)))).))))))))))))))))))))))))))))).)..))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(({,......))).).)(((((((((..(.(((((((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((((..((((((..,,..((((,(({{{{{,((,{,(({((((((..{{{((,,,,....|}}}}..}}}})}.,}}...}),))))}}.}}}}.{||{.(((({...{{{.((((((.((..(((((((((((...)))))))))))....)).)))))).}}},.)))))}})}.....{{{{{{{{........{((((((({,((....))))))))))|{((((((...((((......)))).)))))))}||||||{{{||||}||||,|||{.,{{(((({{,,{((.{{.{{{{.,(((((((..(((.....}}}....,,,,,.(((((.((((((.((((((......)))))).)))))).)))))((((((((((((....(((((((.....)))))))....)))))..)))))))....(((((({{{.,,.......,.,..}}},}))))){{{{{{{{{,.,.,,,,.{|{{{,,,,})))),..,,|,||},||,..}}}}.)}.,)))}}},}},||}|},,},...,{|||{,,{{{,||||}}}}|((((((((.|(((((.(((((((......,,,...((((((((((.....((((((((((((..............)))))))))))).....)))))))))).,},))))))).}))}},,.))))))))}......{{,{{|,|{{({.,{,{,{{(,{{{.{{{,{{||||,,..,,||,||||}|||,,|{||{{{,,,..{{{{||{||||,,||||{,{,{,{((({,{{,,,{{{||.,{{,,{{|,,||...,,,,,.......,,((((.((((....)))).))))..}}|||}}}|||{,|{{,{{{{,,((((((......})))))......{((((.((((........)))).))))},|||.,{{((((((((({,.......,....))))))))))})))))))}||}|}|||}||.}||||,.,|||||,}}},,..}}}}}},},.|||||{,,.,.,)))))),,,|{{((.((((((((......)))))))).)))))}}),,,)})))))),...)))).}))),}....,,},,,,,))))))))}}.))))))..)))))))))).)))).))))))))))))))))))))))))))))).)..))))))..)))
Back