Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CDYL_0010400

Sequence Length

1253 nt

GC Content

0.4142

UCCCCAGAUACUCCUCAGCGGUUGUAGCAGAACACACAGCAACAGGGAUUUCCACACAUGCUCAUUGCUGAUAGUGCCUAGUAAGUAAGUUUUCCAGAACUGGUUGUUGGAAAGGUUAGAACAUGAAUUUUGUGAAGUUUCUAGAAUCGGGAGUAUUUGAACCUAACCUAUAUCUUUCCAAAAUUUUAAGUCCUAGUAGUUUGUGAGUAGCUAGGUUGAGUUUUGUCCAGACAAGAAAACUUAACUACAGAAAGUCUGUGUGUUCGCCCGGGGUCACAUAACAAACCAGUUCAAAGUUGGUCCUUGGUACAUUUUUAGACUGCAGAGUCCCUUCAUUGAUUAUUUUUAAAUGCUUCACAGAGAUCAUUUAAAAUGAUUUUAUGCCCUAAAAUUACCAGUCCAUGCUAAUGUGCUUGGACUUAACGCACUUACGCACCAAACUAUUUUCUGUCCCAAGUGUAAUAGGGUAGUUUUUAAAACAAAACAAAACAAAAAACAGUAGAACUGAAUGAGUUUCUUUCAACUGGUUUGAAUGUGCCACCUGCUGUCCAAACUGGAGAAAUGCCCAGUGAUAUAAUAAGCAACUUGCCUUAUCUAAGAGCCGCAAUUUGCCUUAUCUAAGAGCCGCAAUGGCUGUAUAAAUACUAAGAUAACGUAGAUUCCCAUGUCUUUUUAAUUAUACUCGAGUUAUGUAGUUAUAUUUUACUCCAUCCCCAGCAUCUCAAUCUCUGGUUACAGAAAAUGAGACAUUUGCAAAUUAAUUAAAAUCAUGGUAGAUAUCAGUAACUGUAUCAGGCUAUGAUGCAUUUUUCACAGAUGCAGAUUCUCCAGUAAUAAAAUGCUUUUAGGCAGGGUGCGGUGGCUAAUGCAUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUCAAGACCAUCCUAGACAACAUAGCAAAACUCCAUCUCUACAAAAAAAGUUGAAAAAUGAGCCAGGCAUGAUGGCACAAGCCUAUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUUGUUUGAGCCCAGGAGUUCAAGACCACCCUAGACAACAUAGCAAAACUCCAUCUCUUACAAAAAGGUUGAAAAAUGAGCCAGGCAUGAUAGCACAAGCCUGUAGUCCCAGCUACUUAGGAGGCGGAGGCGGGAGGAUUGUUUGAGCCCAGGAGUUAGAGAGCACAGUGAGCCUUGAUUAAACCACUGCACGCCAACCUGAGCAACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-316.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -344.03

Frequency: 0.0000

Diversity: 304.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((((((((....(((((.(((.(((.((((((((((..((.((........)).))..))))))..........((...(((.(((((((..((.....))))))))).)))..))........))))...)))))).))))))))))))))).....((((((...(((((((((...(((.....)))...)))).))).)).))))))(((((((...........)))))))(((((((((...)))))).))).((..((((.(((((..((((((((((.((((..(.((...............((((....))))........(((((((((.(((((..((.....)).))))))))))))))...(((((((........((((((.((......)).))))))........((((((.....((........)).....)))))))))))))(((((......)))))...........((((...))))...)).)..)))).)))))))))).))))))).)).)).......(((((((((.(((...((((....((((((((.(((((((......)))..)))).))).))))).....((((.....))))((((((.((..((((((.............))))))..)).))))))..((((...(((....)))...))))........((((((((...((((....))))...)))))....)))............((((((((.((((.(((...)))))))..)))))))).......))))....)))..))))))))).......(((((..(((..(((((((((((.........((..((((((....)))))).))((((((...(((((..(((((((......)))))))...)))))......((.(((((..((((.((((......................((((.......))))...((((.....((((((....))))))))))))))..))))..)))))))(((((.((.(((((((.((.(((...........((....((((.(((((((......((((........))))((((.((......)).))))(((((....))))).))))))).))))))))).))....))))))))).)).)))..............))))))......))))))))).))..)))))))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{..,,||(,{{,{,,,,,{({{,{,({.(((((((((({....(({,,..}}.....{({{{,{,|{||.,{|.{,,|,||...(((.(((((({,.{{.....,}))))))).))},..,..{{{{{{||}|{,{,,,,||,,,}}||}}},,,}},..}}}|,,|||...|}}}|||||||||,,.,,,}}},|}}),.),)))}},,}}|||{(((((((,{.......,.))))))))}}},{,,...,,)))))})))}||..((((.(((((..((((((((((.((((..(.((.,{{{{,,..,....((((....))))........(((((((((((((((.,({...,,)}.))))))))))))))...{((((((........((((((.((......)).))))))....(({{((..(({..,,,....,,..}))...}}))))..)))))))(((((......}}}}}...........{{{|.,.|}}},..}),)..)))).)))))))))).))))))).)),)}|}.....(((((((((.(((...((((....{({{((((.(((((((......))}..)))).))))})))}.....((((,...,))))((((((.((..((((((..{..........))))))..)).))))))..((((...(((....)))...))))........((((((((.,.((((....))))...)))))....)))............((((((((.((((.(((...)))))))..)))))))).......)))).,..)))..))))))))).......((((,.,(((..(((((((((((.,..,,,..{,..((((({....}))))).}}((((((,,{(((,{..(((((((,...,.)))))}).|.|)))}......,..,((((..((((.{{((..{,.......},}.....,{.((((.......)))).},,((({....((((({....})))))}))))))),.))))..))))|||({(({.((.(({{{{{,{{.(((...........{,....((((.(((((((......((((........))))((((.((......)).))))(((((....))))).))))))).)))),,))).)).}.,))))))))).)).})}......,....,..)))))).,,...))))))))).))..)))))))}..,,,