Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0003000
Sequence Length
2384 nt
GC Content
0.4421
CUCAGAGCUGGGAAGGAGGCUCUAGAUGGCGGCUGUGCCUUAGAGAGAGCGCGCUCUGCUCCCUGCCUUUGCCUCACUUUACGCAACUUUCCCUAACUUUCGGGCAGCCUCAGGGGGCCCCCGUAGCCCCCUGCCUUUCCUAGGGACUUACUGGGGUCGAUUCGAACCUUUUUUUGGGAGAAAAGCAGCUUUUAGGAGCUUUCUUUUCGUGCCUUGUUGGAAAGAAGCAGCCGUACUGAGAGCCCAGGUCGUUGUUUUUUCCAGCUUAGAAGCCAUGGCGCACCUCCAUUUUUGUGCGCUCUCCUAAUGAGGUUUUUUUUCUUUCGGACCUGUUUUAGUAUUAAUUAUUGCUUUAUUUUUUUGACCAGUUAACAUAUUUGAGGGUUAUUUUAUUUAUUUUUCGUUUUUUAACGGAGGAUUUUGCCUUUAUUUUUAAUUAUUUGGGAUCUGAUAUUUUUCUACUAGUAGAUAGGACUCUUGGUUUGGACAUACUACAUGGAUCAGUAAAUACCUGGGCACAGGACUUCAAAGCAAACACAGAUUCCCCCUCCCCCUUAAUAUUUAAGAAUUAAAAGAUGAUGAGAAAUAAGGACAAAAGCCAAGAGGAGGACAGUUCGCUACACAGCAAUGCAUCGAGUCACUCAGCCUCUGAAGAAGCUUCGGGUUCAGACUCAGGCAGUCAGUCGGAAAGUGAGCAGGGAAGUGAUCCAGGAAGUGGACAUGGCAGCGAGUCGAACAGCAGCUCUGAAUCUUCUGAGAGUCAGUCGGAAUCUGAGAGCGAAUCAGCAGGUUCCAAAUCCCAGCCAGUCCUCCCAGAAGCCAAAGAGAAGCCAGCCUCUAAGAAGGAACGGAUAGCUGAUGUGAAGAAGAUGUGGGAAGAAUAUCCUGAUGUUUAUGGGGUCAGGCGGUCAAACCGAAGCAGACAAGAACCAUCGCGAUUUAAUAUUAAGGAAGAGGCAAGUAGCGGGUCUGAGAGUGGGAGCCCAAAAAGAAGAGGCCAGAGGCAGCUGAAAAAACAAGAAAAAUGGAAACAGGAACCCUCAGAAGAUGAACAGGAACAAGGCACCAGUGCAGAGAGUGAGCCAGAACAAAAAAAAGUAAAAGCCAGAAGACCUGUCCCCAGAAGAACAGUGCCCAAACCUCGUGUUAAAAAGCAGCCGAAGACUCAGCGUGGAAAGAGAAAAAAGCAAGAUUCUUCUGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGAAGCUCCCAAAAGGCAGACUCGUCGAAGAGCGGCUAAAAACGUUAGUUACAAAGAAGAUGAUGACUUUGAGACUGACUCAGAUGAUCUCAUUGAAAUGACUGGAGAAGGAGUUGAUGAACAGCAAGAUAAUAGUGAAACUAUUGAAAAGGUCUUAGAUUCAAGACUGGGAAAGAAAGGAGCCACUGGAGCAUCUACUACUGUAUAUGCGAUUGAAGCUAAUGGCGACCCUAGUGGUGACUUUGACACUGAAAAGGAUGAAGGUGAAAUCCAGUACCUCAUCAAGUGGAAGGGUUGGUCUUACAUCCACAGCACAUGGGAGAGUGAAGAAUCCUUACAGCAACAGAAAGUGAAGGGCCUAAAAAAACUAGAGAACUUCAAGAAAAAAGAGGACGAAAUCAAACAAUGGUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-633.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -678.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 384.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((((((.....(((((((((..((((((.((((((((((((((((..((.((((.(((((..((.(.((((((.....(((((((((.((((((.(((.....((((((((.......))))))))(((.....)))((((..(((((...((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.........((((.((((((((((((((.((((.(..(((......)))..))))))))))))))))....))).))))((((((..........)))))).))))))..)))))).)))))))))))..........((((........)))).........(((((..((((.....)))).)))))............((((((....))))))((.(((((.((((((((((.(((((((((((((((.((((..((((.(((((....(((((...))))).....)))))..))))..))))....((((....))))...............))))))))........(((((...))))).......))))))).)))))))))).))))).)).(((((..((..(((((...((......))...)))).)..))..)))))))))))).))))))))....)))))..)))).))).)))))).))..))))))).......))))))).)).))))).)))).))...)).))))).....))))))).))))))))..)))).)))))(((((....)))))....)))))))((((..(((..........((((........))))..........)))..))))((((....(((.(((((((......)))...(((((((.((((((..((((...))))..........(((((((.(((...................((.....))((((..((....((((.......((((((.(((((...(((((((...............(((((.((((.....(((.....)))..(((((((..(((((((......((((((((....((........))...((((((.(((((((((((((((((((...(((......(((.((((....))))((.((....)).)).......)))......)))...))))))))..).))))..(((((((..(((((.((......(((.(.(((......)))).)))......(((((((.(((((..........))))).))))))).(((((..((((....(((((..((.((.....((((.....))))....(((((((...)))))))....((((((..((((.....((((....((((..((((((((.((((.(((....))).)))).......(((...)))....))))))))..))))....((....))(((((.((((........)))))))))..((((..((((((.((((((.(((.(((((((((((.((((......(((((..............(((((..((((.......))).)..)))))........))))).............((((....((((..((((.(.......).))))..))))....))))...((.(((((((((...(((.....)))..................((.((..(((((.(((((...((..(((((...)))))...))...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((....((((((....))))))))))))))))........)))).)))))))....(((((..(((((((((.....))))))........)))..)))))....)))))).)))))).....))))))))......))))..)))))).(((((((.(((......))).).))))))..........)).))))))).....))))..))))))).)))))..)))))))......))))))...)))))).)))))))))))))))...........)))..))))....(((((.((((..((.(((.......))))).)))).))))).........))))))))).......))))))).))))).).))))).......))))....)).))))..(((((........))).))((((..(((((...)))))..))))))).))))))).......)))))).)))))))............((((..(((((....)))))))))...........((((...)))))))))))......)))).))))....(((....)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,({{{.(((((((.,,,.(((((((((..((((((.((((((((((((((((,.((.((((.(((((..((.{.((((((.....(((((((((.((((((.(((.....((((((((.......))))))))(((.....)))((((..((((({((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.........{(((.(({((((((((((((((({,(..(((......)))..))))))))))))))))..,,}}).})}|((((((..........)))))),)))))),.}))))).))))))))))}|{,{{.....((((,.....,,||}}..,......{||{|,,|{{{.,,,,)}}},)))),............((((((....))))))((.{((((,((((((((((.(((((((((((((((.{(((..((((.(((((....(((({...})))).....)))))..))))..))))....((((....))))...............)))))))),.......(((({...})))).......))))))).)))))))))).))))}.)).(((((..((..{((((.,.,,......})...)))).)..))..)))))})))))).))))))))..)))))))..)))).))).)))))).,}..))))))).......))))))).)).))))).)))).))...)).)))))....,))))))).))))))))..)))),})))){((((....))))),...))))))),.{(((((,.{{{.{(....,........}}.)))..}.,))}..((((..(,.((((....{{(.(((({({......||},..(((((((.((((((..((((...))))..........(((((((.(((..,,............,,,({.....|}((((..((..,.((((.......{(((((.(((((...(((((((...............((({{{((((.....(((.....})}..{{{{.....(((((((......((((((((....{(........))...((((((.(((((((((({((((((((...(((......(((.,,{,.....||,((.({....)).)).,.....)))......)))...))))))))..).)))),.(((((((..(((((.(((.....(((.(.(((......)))).)))......(((((((.(((((..........))))).))))))){{{((((.,,,|}}}}}....((((..((((..(((((((..........{((((((...))))))}....{(((((......}))))),,,....((((..((((((((.((((.(((....))).))))....,..(((...)))..,.))))))))..))))..,,{{....,,((((,,((((........))))))))).,|||,.{(((((.((((....(((.(((((((((((.((((.,....{{{{|....,.........(((((..((((.......))).)..)))))........||}},.....,}......{(((.{..((((..((((,{.......).))))..))))..}.)))}...((.(((((((((...{((,....}}}....||............((.((..(((((.(((((...{{..(((({...}))))...,,...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((,...{(((((....)))))))))}))))))........)))).))))))))))).,))))))},|(((((.....))))),.....)))))))..))))..)))).{,.....,}.......,.((((..(..(({.(((({,((,..(((((((.(({......})).).))))))..}......))))))).)))..)..)))),....,))).)))))..))))))).,....))))))...)))))).)))))))))))))))...........|||...,,,}}},{((((.((((..((.(((.......))))).)))).))))).........))))))))).......))))))).))))).))))))).......)))).},.)).)))),,.{(((......,,),}.,,{{{{..(((((...)))))..)))}))).))))))).......)))))).)))))))............((((,.,((({....}))))))))...........,||,..,))..)})))}}......}))).,),,))))|||,,,..,,....
Back