Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0010700

Sequence Length

1315 nt

GC Content

0.4479

UCACUCAGCCUCUGAAGAAGCUUCGGGUUCAGACUCAGGCAGUCAGUCGGAAAGUGAGCAGGGAAGUGAUCCAGGAAGUGGACAUGGCAGCGAGUCGAACAGCAGCUCUGAAUCUUCUGAGAGUCAGUCGGAAUCUGAGAGCGAAUCAGCAGGUUCCAAAUCCCAGCCAGUCCUCCCAGAAGCCAAAGAGAAGCCAGCCUCUAAGAAGGAACGGAUAGCUGAUGUGAAGAAGAUGUGGGAAGAAUAUCCUGAUGUUUAUGGGGUCAGGCGGUCAAACCGAAGCAGACAAGAACCAUCGCGAUUUAAUAUUAAGGAAGAGGCAAGUAGCGGGUCUGAGAGUGGGAGCCCAAAAAGAAGAGGCCAGAGGCAGCUGAAAAAACAAGAAAAAUGGAAACAGGAACCCUCAGAAGAUGAACAGGAACAAGGCACCAGUGCAGAGAGUGAGCCAGAACAAAAAAAAGUAAAAGCCAGAAGACCUGUCCCCAGAAGAACAGUGCCCAAACCUCGUGUUAAAAAGCAGCCGAAGACUCAGCGUGGAAAGAGAAAAAAGCAAGAUUCUUCUGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGAAGCUCCCAAAAGGCAGACUCGUCGAAGAGCGGCUAAAAACGUUAGUUACAAAGAAGAUGAUGACUUUGAGACUGACUCAGAUGAUCUCAUUGAAAUGACUGGAGAAGGAGUUGAUGAACAGCAAGAUAAUAGUGAAACUAUUGAAAAGGUCUUAGAUUCAAGACUGGGAAAGAAAGGAGCCACUGGAGCAUCUACUACUGUAUAUGCGAUUGAAGCUAAUGGCGACCCUAGUGGUGACUUUGACACUGAAAAGGAUGAAGGUGAAAUCCAGUACCUCAUCAAGUGGAAGGGUUGGUCUUACAUCCACAGCACAUGGGAGAGUGAAGAAUCCUUACAGCAACAGAAAGUGAAGGGCCUAAAAAAACUAGAGAACUUCAAGAAAAAAGAGGACGAAAUCAAACAAUGGUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-322.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -346.87

Frequency: 0.0000

Diversity: 245.73

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((((((((((((.....((((((((((.....(((..(((..((.((..((((((.((((((((((((((...(((((.......((..(((..(((((.((((((...(((((.....((((((.((((((((((.(...(((((..(((((((.(((...(((((((((............))).((((.((((((..........((((.((.((((.........(((((...((....((((((.((...)).))))))...))...))...))).........)))))).))))...........)))))).....(((((((((....(((((((..........((((...(.((((.(((...............(((..(((((..((.(((.....)))...)).....(((..((.(......).)).)))............................)))))..)))......))))))))...)))).((((....))))((......(((..........)))......)).....(((((....)))))................))))))).....)))))))))........))))......(((((((.(((((..........))))).)))))))((((.((....))))))...))))))....))).)))..)))).))......(((((...))))))))...).))))))))))..)))))).......)))))....)))))).(((((((((((.(((.(((((((((((...(((...(((..((((((((((........))))(((((.((((........)))))))))...((..((((((....((((.(((.((.....)))))..))))..))))))..))...........(((((..((((.......))).)..))))).............(..(((((.....)))))..)((((..((((.(.......).))))..))))..))))))..))).))))))))))..)))).))).))))).......))))))..........)))))...)))..))...))))).))))))))......)))))).))))))..)).))....)))..)))....)))))))))).((((((....))))))(((....)))..)))))))....))))))..(((((.....)))))((((.....)))).)).(((((((......((((......))))...(((.................)))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(((((((((((((.....((((((((((.....(((..(((.,((.((..((((((.((((((((((((((...(((((.......((..(((..(((((.(((((,...(((((.....((((((.((((((((((.(...((.((..(((((({.(((...(((((({((...,....{...}}}.{(((.((((((......,...,{{,.{({(((,{.{.{{{.{(,{((({......})|||||.}}}.}.).))))),{{{|,..,))}..,|..........,,}}})..}},.....,.....)))))).....(((((((((....(((((((..........((((...,.(((,.(((...............(((..(((((...({(((.....})}..,}}.....(((..((.(......}.)).)))...,,........}}....,,.......)))))..)))......))))))),...)))).{{{{....,}}}{(.({....||.}}.,,....,,,......,||...||||||,,..))))},..,............))))))).....)))))))))........))))......(((((((.(((((..........))))).)))))))(({{{((....)))))}...))))))....))).}))..)))).))....,{(((((...))))))),...).))))))))))..)))))).......||}}|,,.,||}}}),({(((((((({,{(|,({{((((((((...{((...({{.,(({{{,||{{....,,..},}}((((,,((((........)))))))))..{({.{((((({..{{((((.(((.((.....)))))..)))).,))))))}.),,}.........(((((..((((.......))).)..)))))........,{,,,.,,,,{{..,{..,.}||,||{{,...}}}|)}}||.,,||,.,,},,))))..}})))}..})).)))))))))),.)))).,}}.))))),,,}},,})}}},.,,,,,....)))))...)))..))...))))).)))))))}.....,)))))).))))))..)).))..,.)))..)))....)))))))))).((((((....))))))(((....)))..)))))))....))))))..,((((.....))))|((((.....))))})).(((((((......((((......))))...{||.................)})))))))).