Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0016400

Sequence Length

2134 nt

GC Content

0.4311

AGAAAAAUGGAAACAGGAACCCUCAGAAGAUGAACAGGAACAAGGCACCAGUGCAGAGAGUGAGCCAGAACAAAAAAAAGUAAAAGCCAGAAGACCUGUCCCCAGAAGAACAGUGCCCAAACCUCGUGUUAAAAAGCAGCCGAAGACUCAGCGUGGAAAGAGAAAAAAGCAAGAUUCUUCUGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGAAGCUCCCAAAAGGCAGACUCGUCGAAGAGCGGCUAAAAACGUUAGUUACAAAGAAGAUGAUGACUUUGAGACUGACUCAGAUGAUCUCAUUGAAAUGACUGGAGAAGGAGUUGAUGAACAGCAAGAUAAUAGUGAAACUAUUGAAAAGGUCUUAGAUUCAAGACUGGGAAAGAAAGGAGCCACUGGAGCAUCUACUACUGUAUAUGCGAUUGAAGCUAAUGGCGACCCUAGUGGUGACUUUGACACUGAAAAGGAUGAAGGUGAAAUCCAGUACCUCAUCAAGUGGAAGGGUUGGUCUUACAUCCACAGCACAUGGGAGAGUGAAGAAUCCUUACAGCAACAGAAAGUGAAGGGCCUAAAAAAACUAGAGAACUUCAAGAAAAAAGAGGACGAAAUCAAACAAUGGUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-563.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -601.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 509.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(.....((....)).....)((((((.(((((..(((((..(((..(((.(((((.((((((((....((........))...((((((.(((((((((((((((((((...(((......(((.((((....))))((.((....)).)).......)))......)))...))))))))..).))))..(((((((..(((((.((......(((.(.(((......)))).)))......(((((((.(((((..........))))).))))))).(((((..((((....(((((..((.((.....((((.....))))....(((((((...)))))))....((((((..((((.....((((....((((..((((((((.((((.(((....))).)))).......(((...)))....))))))))..))))....((....))(((((.((((........)))))))))..((((..((((((.((((((.(((.(((((((((((.((((......(((((..............(((((..((((.......))).)..)))))........))))).............((((....((((..((((.(.......).))))..))))....))))...((.(((((((((...(((.....)))..................((.((..(((((.(((((...((..(((((...)))))...))...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((....((((((....))))))))))))))))........)))).)))))))....(((((..(((((((((.....))))))........)))..)))))....)))))).)))))).....))))))))......))))..)))))).(((((((.(((......))).).))))))..........)).))))))).....))))..))))))).)))))..)))))))......))))))...)))))).))))))))((((((.......(((((.(((.........(((((.((((..((.(((.......))))).)))).))))).......)))))))).......))))))))))))))..))))))))....))))).((((((((((((...((....))(((((((.((((((..(((((...)))))..))))((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...(((...(((....(((((.(((((((((.....((...(((...))).))....)))))..)))).)))))...)))...)))))))))))))).))))))))))((((((.(((((((.....(((((((((..........(((.(((......)))))).........((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).......(((((((((((.(....((((.(((.............)))))))...)))))))))))).))))))))).....(((((((((((.((..((((.........))))..)))))))(((((.((....)).)))))((((((.((.(......).))..))))))((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))....................))).)))...(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))...)))))))...))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(.....((....)).....,((((({.{{{({..((({..,{{({,((({{{{{{.((((((((....((........)}...((((((.(((((((((({((((((((...(((......(((.,,{,.....|||((.({....}).)).,,....)))......)))...))))))))..}.)))),.(((((((..(((((.(((.....(((.{.(((......)))).)))......(((((((.(((((..........))))).))))))){({((({.,,,|}}}},....((((..((((..(((((((..........{((((((...))))))}....{(((((......}))))),|,....((((..((((((((.((((.(((....))).))))....,..(((...)))....))))))))..))))..,.{{....,,((((,,((((........))))))))).,|||{.{(((((.((((....(((.(((((((((((.((((,,....{{{{|....,.........(((((..((((.......))).)..)))))........||}},.....,,......((((.,..((((..((((,{.......).))))..))))..}.)))}...((.(((((((((...{((,....,}}....||............((.((..(((((.(((((,..{{..(((({...}))))...,,...))))))))))..)).)).))))))))).})(((....)))(((,...{(((((....)))))))))}))))))........)))).))))))))))).}}}))))},|(((((.....))))),.....)))))))..))))..)))).{,.....,},......,.{(((..(..(({.(((({,((,..(((((((.(({......})).).))))))..}......))))))).))).,}..)))),..,,,))}.)))))..))))))).,....))))))...)))))).))))))))||||||,......,{{((.({{.....,|,.(((((.((((..((.(((.......))))).)))).))))).......}})))))),......}}}}}}})})}))),,||||||||..,,|||}}.(((((((((({(,,.{(....}}{{{{{((.{{{{{,..{((((,,.||}|}..||,.((((...((({{.,((((,,.}}}|.}}|||.....}}}}....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.,|||({{{{{......})))|}...,||||}...,.|||,{{|||,.,,,))}}}.,,,.))))))))}}})))).))))))))))(((((({(((((((.....((((((({{..........{{{.(((......)))})}.........((,(((({....})))).)),.(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).}.,...(((((((((((.(....((((.(((..,..........)))))))...))))))))))})}})))))))}....,((((((((({{{((..((((.,,....,,))))..)))))))(((((.((....)).)))))((((((.((.(......}.))..)))))){{{({{....{{{,{,((((((({...{{.,,||||{,{{{{|.||,{(((({{{{.......|||{{.{{(,.......,))),)}.((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))})))))))){{((((..,,{{{.{|{.....))).)))...))))}},,,,,,))))}}}}}}}}}}}}...))))),}|.,.|||}}}}}.|,|||{.,.}}}}}}..,,||,.,..,,.,,}...))),)}}...(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).))))).,,}})}}}}.,.))))))))))))