Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0018300

Sequence Length

2515 nt

GC Content

0.4350

AACAGUGCCCAAACCUCGUGUUAAAAAGCAGCCGAAGACUCAGCGUGGAAAGAGAAAAAAGCAAGAUUCUUCUGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGAAGCUCCCAAAAGGCAGACUCGUCGAAGAGCGGCUAAAAACGUUAGUUACAAAGAAGAUGAUGACUUUGAGACUGACUCAGAUGAUCUCAUUGAAAUGACUGGAGAAGGAGUUGAUGAACAGCAAGAUAAUAGUGAAACUAUUGAAAAGGUCUUAGAUUCAAGACUGGGAAAGAAAGGAGCCACUGGAGCAUCUACUACUGUAUAUGCGAUUGAAGCUAAUGGCGACCCUAGUGGUGACUUUGACACUGAAAAGGAUGAAGGUGAAAUCCAGUACCUCAUCAAGUGGAAGGGUUGGUCUUACAUCCACAGCACAUGGGAGAGUGAAGAAUCCUUACAGCAACAGAAAGUGAAGGGCCUAAAAAAACUAGAGAACUUCAAGAAAAAAGAGGACGAAAUCAAACAAUGGUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-702.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -748.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 526.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((.(((((........(((((...((.(((..((.(.((((.....(((((.....(((..(.((((((.((((((..((........((......))........))..))))))))))))).)))......(((((((.(((((..........))))).)))))))((((((..((((..((..((((..((.((.((.((.((((((........(((((((...)))))))....((((((......))))))((((((((((((.((((.((.(((...((((((((....(((.((((....)))).)))....)))))))).((((........))))(((((.((((........)))))))))..((((((((((((.((((((.(((.(((((((((((.((((......(((((..............(((((..((((.......))).)..)))))........))))).............((((....((((..((((.(.......).))))..))))....))))...((.(((((((((...(((.....)))..................((.((..(((((.(((((...((..(((((...)))))...))...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((....((((((....))))))))))))))))........)))).)))))))....(((((..(((((((((.....))))))........)))..)))))....)))))).)))))).....................(((((.(((..(((((((.(((......))).).))))))..)......)))))))...(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........)))))))))))....))))))........))).)))))).)))))))).......)))))))))).)))))).))))))..))))))..))))))..(((((...)))))((((..((((((.(((...(((((((...((.(((((.............((((..(((((....)))))))))....(((....)))..))))).)))))))))))).)).)))).))))))))).........).))).))).))).)).))))))))))))))((.(((.(((((((((..((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((((.(.((((((...((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).((((.(.(((.((((((((....((((.(((.............)))))))....)))))))).))).).).)))......(((........)))(((..((((..((((((.((.(.((((.(((((.((....)).)))))..)))).).))......(((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).))..)))................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))....))))..)))(((((((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).))))))))))))........................))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..)))).))).)).))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.((.(((((....(((((((.....|||{{||,.,.{((,{{,.,,...,,,......||..,.{{((((.,,,|||||{,........(((({..((,({....)).)).,)))))},,}}|}}))}......(((((((.(((((..........))))).)))))))((((((..((((.,((..((((..((.(,{((.((.((((({........{((((((...))))))}....((((((......))))))((((((((((((.((((.((.(((...((((((((....(((.((((....)))).)))....)))))))).((((........))))((((,,((((........)))))))))..((((({((({{({,,,,.,.|||.{{{,,..{((({(((,{{{{,.{{{{{..............(((((..((((.......))).)..))))}........||}}}............{(((((..(((..{{(((((((({{.{(((((....||||...,|||,.,,{{.((({(((((,.,((({.....,}..,.{,........,,..,,.{,..{((((||(({,{,.{{,.,,{||,..,||||....|,..||||||||||,{|},||,|}},)))))...{{{....|||{({,...{(((((....))))))|||.}}},}},,,,,.|,|}}|}}|||}}}||.||,,||,,,,.{(((((.....)))))}..,,}|.}}.}},})}|||.,.,,.}}}}},,}}}.........,.......},},||||,,||},}||{{{||,{|,......}}}|}.}}}}},..),,}....)))))).}))}})))||((.{((((.((...}).))))}.))((((((..(((....)))..))))))..((((((({,({.......(((((.......))))).}....}}.))),))))).)}}..))).)))))}.}}.))))))))))).,)}))))))........))).)))))).)))))))).......)))))))))).)))))).))))))..)))})),,))))))..(((((.,,||}}},.,,,.(,{{.,.|||,..,{{||||.})}},}||||...,,}}}}....((((,.,((({....}))))))))....,,.....}}}..,|}}|.,|},((((({......))))}),,,,}||},...,.|||.{{|{|,.,,,))}}}.,,,.,)))))))))((.{((.(((((((((..((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((({,(.((((((...((.(((((....})))).)),.(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).|,({.{{((((((((((((....((((.(((.............)))))))...,))))))||||||{,,,.|||......||}.,||||},.||}}|||||{{..,,{{||.|..|,|{||,(((((.((....)).)))))..}}}}.|,||.,,,..|{|((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((.....,,,,,((.{{{.........))),)).((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).})..,}}..,......{{{{,..(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))||||}|,...,,,)},))}{((((((..(((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,}))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).)))))))))))}..,.}}},,..,.......,,},.))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..)))).))).)).))}.))