Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0018700

Sequence Length

1449 nt

GC Content

0.4286

AACAGUGCCCAAACCUCGUGUUAAAAAGCAGCCGAAGACUCAGCGUGGAAAGAGAAAAAAGCAAGAUUCUUCUGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGAAGCUCCCAAAAGGCAGACUCGUCGAAGAGCGGCUAAAAACGUUAGUUACAAAGAAGAUGAUGACUUUGAGACUGACUCAGAUGAUCUCAUUGAAAUGACUGGAGAAGGAGUUGAUGAACAGCAAGAUAAUAGUGAAACUAUUGAAAAGGUCUUAGAUUCAAGACUGGGAAAGAAAGGAGCCACUGGAGCAUCUACUACUGUAUAUGCGAUUGAAGCUAAUGGCGACCCUAGUGGUGACUUUGACACUGAAAAGGAUGAAGGUGAAAUCCAGUACCUCAUCAAGUGGAAGGGUUGGUCUUACAUCCACAGCACAUGGGAGAGUGAAGAAUCCUUACAGCAACAGAAAGUGAAGGGCCUAAAAAAACUAGAGAACUUCAAGAAAAAAGAGGACGAAAUCAAACAAUGGUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-358.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -386.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 436.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.............((.((((.((((..(((((.((.(((.(((.((.....(((..((...........((((((.((((.................(((((((((((((......((((.....)))).......(((((((.(((((..........))))).)))))))((((((..((((..((..((((..((.((.((.((.((((((........(((((((...)))))))....((((((......))))))((((((((((((.((((.((.(((...((((((((....(((.((((....)))).)))....)))))))).((((........))))(((((.((((........)))))))))..((((((((((((.((((((.(((.(((((((((((.((((......(((((..............(((((..((((.......))).)..)))))........))))).............((((....((((..((((.(.......).))))..))))....))))...((.(((((((((...(((.....)))..................((.((..(((((.(((((...((..(((((...)))))...))...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((....((((((....))))))))))))))))........)))).)))))))....(((((..(((((((((.....))))))........)))..)))))....)))))).)))))).....................(((((.(((..(((((((.(((......))).).))))))..)......)))))))...(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........)))))))))))....))))))........))).)))))).)))))))).......)))))))))).)))))).))))))..))))))..))))))..(((((...)))))......((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...(((...(((....(((((.(((((((((.....((...(((...))).))....)))))..)))).)))))...)))...))))))))).))))))).((((.....))))(((((....(((((((....))))))).....(((.(((......)))))).)))))...((.(((((....))))).)))))).))))))))..))).....)).)))))).)))))))..)))).))))..))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....,.......{{,({{(,({{{..(((({,{{.(((,(((,((,....(((.......,..,..,,((((((.((((,,.........,,,,,.{(({(({,{{||{,}.,||||||..|||||||,......(((((((.(((((..........))))).)))))))((((((..((((.,((..((((..((.(,{((.((.((((({........{((((((...))))))}....((((((......))))))((((((((((((.((((.((.(((...((((((((....(((.((((....)))).)))....)))))))).((((........))))((((,,((((........)))))))))..((((({((({{({,,,,.,.|||.{{{,,..{((({(((,{{{{,.{{{{{..............(((((..((((.......))).)..))))}........||}}}............{(((((..(((..{{(((((((({{.{(((((....||||...,|||,.,,{{.((({(((((,.,((({.....,}..,.{,........,,..,,.{,..{((((||(({,{,.{{,.,,{||,..,||||....|,..||||||||||,{|},||,|}},)))))...{{{....|||{({,...{(((((....))))))|||.}}},}},,,,,.|,|}}|}}|||}}}||.||,,||,,,,.{(((((.....)))))}..,,}|.}}.}},})}|||.,.,,.}}}}},,}}}.........,.......},},||||,,||},}||{{{||,{|,......}}}|}.}}}}},..),,}....)))))).}))}})))||((.{((((.((...}).))))}.})((((((..(((....)))..))))))..((((((({,({.......(((((.......))))).}....}}.))),))))).)}}..))).)))))}.}}.))))))))))).,)}))))))........))).)))))).)))))))).......))))}))))).)))))).))))))..)))})),,))))))..(((((...)))}}..,,..({{{,,.|{||,.,{(((||.}}}|.|||||.....|,,,....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.||||||||{{....,.))))}),,,,}}|}}..,,,|||,{{|||}.,,,))|||.,,.,}}||||||}}.}||}}}|,{{{{,{{,,,|||(((((.,,{{{{{,,,..,.)))}},}.....{{{.|{{,.....)))})),))}))...||}{((((....})))).}))))).))))})})},)}}.....)).)))))).}))))))..)))}.}))),.}),,..