Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0021100
Sequence Length
2833 nt
GC Content
0.4465
GUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAGGUUGCCAACUUUGCAACAAUGGAAGAUGAAGAAGAGCUAGAAGAGCGUCCUCACAAGGACUGGGAUGAGAUCAUUCCAGAGGAACAAAGGAAAAAAGUAGAGGAGGAAGAGCGGCAGAAGGAGCUAGAAGAAAUUUAUAUGCUGCCUCGAAUUCGGAGUUCCACUAAAAAGGCUCAGACAAAUGACAGUGACUCUGACACUGAGUCUAAGAGGCAGGCCCAGAGAUCCUCUGCUUCUGAGAGUGAAACGGAAGACUCUGAUGAUGACAAGAAGCCAAAGCGCAGAGGGCGUCCGAGGAGUGUGCGGAAGGACCUCGUGGAGGGAUUUACUGAUGCAGAGAUCCGAAGGUUCAUCAAGGCUUAUAAGAAGUUUGGUCUCCCUCUUGAACGGCUGGAGUGCAUAGCACGUGAUGCUGAGCUGGUAGAUAAGUCGGUGGCAGAUCUGAAGCGCCUGGGUGAACUGAUCCACAACAGCUGUGUGUCAGCAAUGCAGGAAUACGAAGAGCAGCUGAAAGAAAAUGCCAGCGAGGGAAAAGGACCAGGGAAAAGGAGAGGUCCAACAAUCAAGAUAUCCGGAGUUCAGGUUAAUGUGAAAUCCAUUAUCCAACAUGAAGAGGAGUUUGAGAUGCUGCAUAAAUCUAUCCCUGUGGACCCUGAAGAAAAAAAAAAAUACUGCUUAACCUGUCGUGUCAAAGCUGCACAUUUUGAUGUAGAGUGGGGGGUGGAAGAUGAUUCUCGCCUGUUGCUGGGGAUUUAUGAACAUGGCUAUGGAAACUGGGAGUUAAUUAAAACAGACCCAGAGCUUAAAUUAACUGACAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-813.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -865.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 721.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...(((((..(((.....((((...(((..((....((.((((((.(((((((((...(((.....)))..................((.((..(((((.(((((...((..(((((...)))))...))...))))))))))..)).)).)))))))))...(((....)))(((....((((((....)))))))))((((((((((((((((((((((((((.........)))....(((((.....)))))............(((..(((((((..(((...............((((..(..(((.(((((.(((..(((((((.(((......))).).))))))..)......))))))).)))..)..)))).......((((((((.(((.(((((((((..(((....)))..))))))..........((((.................)))).(((((.((((..((.(((.......))))).)))).)))))((((((((.((((.(((.......((((((((.((((....(((((...((((((...((.(((....((((((((.(((((((.((........(((((((............((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...........((((...))))....((((((......))))))..(((((((.........(((((.....))))).....((((((((((.....((((((.....((((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((((.(.((((((...((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).((((.(.(((.((((((((....((((.(((.............)))))))....)))))))).))).).).)))......(((........)))(((..((((..((((((.((.(.((((.(((((.((....)).)))))..)))).).))......(((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).))..)))................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))....))))..)))(((((((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).))))))))))))........................))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..(((((.(((...((((..(((((.......)))))..))))...)))))))).(((.....)))(((((....)))))(((((((....)))))))........................(((...((((((((...(((...........)))...))))).)))...)))))...))))))..))))))))))............(((((.......))))))))))))...)))))))..)))))))))..)))).))))...))).))....))))))...)))))))))...((.((((((.(.(((((((((.(...((.((((((.......((((((.(((...)))))))))..)))))).)).).))))........))))).).)))))))).)))))))).((((...))))....(.((..(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))..)).)...))).))))....))))))))............))))))))))))))(((((.(((((..(((((...(((..........)))...)).)))..))))).))))).))))))))))..))).............((((.((.......)).))))...))))))))..))))).)))....)))))))((((.....))))..))))))))....))..)))..))))......)))..(((((.(((......)))...))))))))))...)))))(.....)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((...((((({{{{{{{...,{((,{,,,,,|||.,,.{{{,.||||,{((((((((,.{((({.....,}..,.{|............{{.{{.,||||{,||||{,..{{..,{{||,..|||||,...,.,.}}||||||}|,,||,||,}}}}))))}.,|(((....|||((({..,((((((....}|||||||}.|{((((({{{{{(((((({((({{({,,.{{,.{|,,,,.{(((((.....)))))}....||.,|.,{{{,||||,|||,.{{{,,..|||........{{{{..,..{{|.((((,,((,..(((((((,{({......}}}.}.)))))}..}......))))))).}}},|}||))))}{((((.((,,,||,}||}|,{{((((((..(((....)))..)))))),.{(((((({,({.......{{({{.......))))},|,...||.)))|))))}.,.,,,))))}..,,,.,,.,,((((((({.((((.(((.......(({{((({.{(((....(((((...((((((...,{.(((....((((((((.(((((((.((....,,..(((((((.|||||..,|,.((((.,.((({,.,(((({{.}}||.|||||.....},},....((((,.,((({....}))))))))....,,.....}}|..}}}}}.,,},||||{{......))))})..{{{{{{{.....{{{.(((((.....))))).,},.((((((((((,,(((((.((((....(((((({((((...,,{{,{{{,,||||}|}.,.....{{{.(((......})}}}},}}}}}...((.(((({....})))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).{(({.({((({(((((({(....((((.(((..,..........)))))))...,))))))))}})),}.).)))......)))).))....)))))))))......((((((((.{,((((.(((((.((....)).))))){{||||.{{.{......}.}}..|||}}}...}}}}}}.,..(((....)))....(({...((((((((({.(((((((((((({{.((((((((((((.........(((((({.((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))..,(((..{,{....}}},.,}}|((((((,..{(((({{....,|.,...}}}},),}||.|}|((((((.(((((((..{{{(((((.(((.{.....).))).))))).}))...)))))))...(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))(({{,{{.....,)},)),{((((((..(((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,,))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).)))))))))))}..................,||,{{.,,,.)).,,},.}})))))}},)))))))))))}..)))))))..,....))))))))))))}}}}}(((((.......)))))............,,.}}}|||}},...,|,((((,...,,,,|(((((((....)))))))}.................}},}}}}}.}...{{(,,{....},,))).,,.....,,,...)))))))))...)))...))))))))..}}}|||||||.....,,.{{{,{,{,|,,.},}})))))),}}))).,,)))))))..)))))))))..)))).))))...))).}}....))))))...)))))))))...,||||||||.{|(({{,(((,((.(.,..|,||||}.}}},.((((((.(((...))))))))),.,||}}},||.,|||||.....}}})))))|},|||||,...,|||||}|.((((...)))).,.,,}||,.(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))}}))}}...))).))))....})))))))............)))))}))),))))|((,{{(((,{..,,|||}},,||..........))}..,)),))),,})})}.,,||}.}}}}}}}))),.}},.............,{{{.{{.......}),))}),..}})})}))..}}})}.)))){|{||,||((((((.....})),))))).)))))))})},,},}...,,}))}}}})),..|{(((.(({......}))...)))))}))))...)))))(.....)
Back