Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0024800

Sequence Length

1379 nt

GC Content

0.4394

CUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-377.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -402.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 350.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.....((((..(((.(((..(((....((((((....((((((....))))))))).))).((((((....(((.(((((....((((......((..(((((.....)))))))....))))..)))))..))))))))).........................)))..)))..))).))))))(..(((((.....((((..((....))..)))).((((((...(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........))))))))))).(((((((((.....(((......))).(((((((((((.(((((((((((((((((((...((....))(((((((.((((((..(((((...)))))..))))((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...(((...(((....(((((.(((((((((.....((...(((...))).))....)))))..)))).)))))...)))...)))))))))))))).))))))))((((.((.(((((....(((((((....))))))).....(((.(((......)))))).))))))).)))).........))))))...(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).))).)))))))))))........(((((.((.(((.......(((((......))))).....))).))..))))).....((.(.(((....)))).))........))))))))).((((.(((((.((....)).)))))..))))..........((((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).))))........................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))..))))))...)))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({,,.{((((,,,|||||{{.{{,..,||||((({...{(((((....}))))}|||.}}}.,,,}}},}|||||}.}}}(((((((({{{((.(((.,(((((.....))))),.....{,,..((((((......{{.((((((.{{{.................)}).((((,,((,..(((((({.(({......})).}.)))))}..}......)))))))...((((((((((({,((({((...,}.|,,,..,,((((((..(((....)))..)))))),.((((((({,({.......(((((.......))))).}....}}.))),))))).},...}))))}.....,,.}))))))))))..))))))}}.......)))))),}}.((((((((((..(((({{{.((((((((((((,..((....)){{{{(((,{{{{{,..(((((,,.||||}..||,.((((...((({,.,((((,,.}}}}.}}|||.....}}}}....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.,{||((((({......))))})..,,||||}..,,.|||,{{{||,.,,,))}}}.,},.))}}))))}}})))).)))))))))).(((((({{{{{{(({...{(({{{{||,.........{{{.(((......))}}}},,,.,,...((,(((({....})))).}),.(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).}.,,.,(((((((((((,(....((((.(((..,..........)))))))...}))))))))}})}})})}))),....{((((((((({{{((..((((.,,....},))))..)))))))(((((.((....)).)))))((((((.((.(......}.))..))))))...|,.....,..(.(((((({(...}}..)))))).)..))))))),,||}}}}},,,....)))))),.({{{.{{{{{,,,,|..((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))...||,.}}}}}.}})),,....,},,)))..))))..)))))))))).....))).))))))))))))...(((((((..({{(((((.(((.{.....).))).))))).}))...)))))))...(((((.((((({{({.{{({......))),..,))),....,)))).))))},|,|,|{...,.,)),)))))}).)