Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0024900

Sequence Length

1868 nt

GC Content

0.4438

CUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-536.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -569.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 469.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....(((..(((((((...(((....))).((((((((((((((...((((((((.....))))))))((((((.(((((((((.((..((.....((((((.....))))))....)).....)).))))).))))....)).))))........((((..(..(((.(((((.(((..(((((((.(((......))).).))))))..)......))))))).)))..)..)))).(((((.((...)).)))))...((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).)))))...((((((.((.......(((((((((((.((.((((..((((((.....))).))).(((((((((((.(((((((((((((((((((...((....))(((((((.((((((..(((((...)))))..))))((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...(((...(((....(((((.(((((((((.....((...(((...))).))....)))))..)))).)))))...)))...)))))))))))))).))))))))((((.((.(((((....(((((((....))))))).....(((.(((......)))))).))))))).)))).........))))))...(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).))).)))))))))))....(((((((((..(((..(((((..(((((......)))))((((((((((.((..........((.(.(((....)))).))(((((.((((.(((..((((((((((.((......(((((((((((((..(((((((..((((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).))))........................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).))))))))))).)))))...))..))))((((........)))).........))))))))))).))))))))))..))).)))).)))))...(((((((((....))))...)))))....((((....((((((((.(((....)))...))).........)))))....((((.(((((....))))))))).........)))).)).))))))))))............(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..)))).....................))))).)))..)))))))))....(((((((.(((...)))))))))))))).)).))))))))))).......)).)))..))))))))))))....)))).))))))))....)))..)))..((((.(((....((((.((.....)).)))).....))).))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((....(((..((((({{...{{(....}}}{,{{,,(((((((((...((((((({.,,,{|||}}}},((((((.(((((((((.{{{{((.....{(((((.....))))))....)).}}..},.))))).))))....)),,)))........{{{{..{..{{{.((((,,((,.,(((((((,{{,......}}},}.)))))}..}......))))))).))).,},}))))}(((((.((...)).)))))...((((((..(((....)))..)))))){.((((((({{({.......{((((.......})))}.},...}}.)))|))))}.,.||||||,|,,,,,.|,(((((((((((.((.((((...,,,....,.,|,|.|||(((((((({{({.((({(({((((((((((((,,.((....)}{((({((.{{{{{,..{({((,,.||||}..||}.((((...((({{.,((((,,.})}}.}}}}|.....}}}}....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.,{||((((({......))))|)..,,||||}..,,.|||,{{{||,.,,,))}}}.,,,.))))))))}}})))).))))))))||((,((,{((((,{{,.,{,{{{,||{||,,,,,.....{{{.(((......})}}}},}}}}}}}.||}|{{,,....,))))}),..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).}}}.}}|||||||||,{.{,,,,((((,,{({,..{{{{{...,|||,}},..})))}|||||{{|{|,||||||......|||{|{(({|,.||,,{{{(,{{....||}|||..||}|||}(((((.((....)).))))}(((((..(({({{{..,{{{(({(((.{.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((.....,,,,,((.{{{.........))),)).((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))}.)))}...............,........(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))}))))),)))}).,,)),,}}}}}}|||{,||||||},{((,(({.....(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,{{((...{((((((((....)))),,,)}))),..,},))))).))).)).))))))).)))))))),)}}..}},.,)))).....((((.(((((....))))))))).,,,....,)))),))})))))|||||||{{........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..,,,...,,{........,|||}}|{||,..)))),))))....,{{|||{.{||,,,)))))))}},)))).)).))))))))))).......}}.))).,)))))))))))}....}}}).})))))))....)))..)))..((((.(((....((((.{{.....}).)))).....))).))))..