Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0025200
Sequence Length
2829 nt
GC Content
0.4203
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1066.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1117.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 606.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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